Это команда kalign, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
kalign - выполняет множественное выравнивание биологических последовательностей.
СИНТАКСИС
Калин [infile.fasta] [Outfile.fasta] [Параметры]
Калин [-я infile.fasta] [-о Outfile.fasta] [Параметры]
Калин [< infile.fasta] [> Outfile.fasta] [Параметры]
ОПИСАНИЕ
Калинь это инструмент командной строки для выполнения множественного выравнивания биологических последовательностей. Это
использует алгоритм сопоставления строк Muth-Manber для повышения точности и скорости
выравнивания. Он использует глобальный, прогрессивный подход к выравниванию, обогащенный использованием
приблизительный алгоритм сопоставления строк для расчета расстояний между последовательностями и путем включения
local совпадает с глобальным выравниванием.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-s -gpo -закрыть -gap_open x
Разрыв открытого пенальти.
-e -gpe -gap_ext -расширение зазора x
Штраф за продление зазора.
-t -тгпе -терминальный_зазор_расширение_пенальти x
Штрафы за разрыв терминала.
-m -бонус -matrix_bonus x
Константа, добавленная в матрицу подстановки.
-c -Сортировать <вход, пробелы.>
Порядок, в котором последовательности появляются в выходном выравнивании.
-g -характерная черта
Выбирает режим функции и указывает, какие функции должны использоваться: например, all, maxplp,
СТРУКТУРА, ПФАМ-А?
-same_feature_score
Оценка за совмещение одинаковых функций.
-diff_feature_score
Штраф за выравнивание различных функций.
-d -расстояние <у, пара>
Метод расстояния
-b -дерево -гид-дерево <Нью-Джерси, upgma>
Метод направляющего дерева.
-z -zcutoff
Параметр, используемый при расчете расстояния на основе wu-manber.
-i -in -вход
Имя входного файла.
-o -вне -выход
Имя выходного файла.
-a -gap_inc
Увеличивает штрафы за пропуски в зависимости от количества существующих пропусков.
-f -формат <фаста, MSF, альн, ключ, macsim>
Формат вывода.
-q -тихо
Ничего не печатать в STDERR. Ничего не читать из STDIN.
Ссылки
· Тимо Лассманн и Эрик Л.Л. Зоннхаммер (2005) Калин - точное и быстрое умножение
алгоритм выравнивания последовательностей. BMC Биоинформатика 6: 298
· Тимо Лассманн, Оливер Фрингс и Эрик Л.Л. Соннхаммер (2009) Калин2:
высокоэффективное множественное выравнивание последовательностей белков и нуклеотидов, позволяющее
внешние особенности. Исследование нуклеиновых кислот 3: 858-865.
АВТОРЫ
Тимо Лассманн <[электронная почта защищена]>
Автор апстрима Kalign.
Чарльз Плесси <[электронная почта защищена]>
Написал man-страницу.
АВТОРСКИЕ ПРАВА
Авторские права © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Тимо Лассманн
Kalign - бесплатное программное обеспечение. Вы можете распространять и / или изменять его в соответствии с условиями
Стандартная общественная лицензия GNU, опубликованная Free Software Foundation.
Эта страница руководства была написана Чарльзом Плесси.[электронная почта защищена]> для Debian (TM)
система (но может использоваться другими). Разрешается копировать, распространять и / или
изменить этот документ на тех же условиях, что и сам kalign.
В системах Debian полный текст Стандартной общественной лицензии GNU версии 2 может быть
найти в / usr / share / общие-лицензии / GPL-2.
Используйте kalign онлайн с помощью сервисов onworks.net
