Это команда kraken-build, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
kraken-build - присвоение таксономических меток коротким последовательностям ДНК
СИНТАКСИС
кракен-билд [задача вариант] [кредита]
ОПИСАНИЕ
Сложность задачи кредита (точно one должен be выбрано):
--скачать-таксономии
Скачать таксономическую информацию NCBI
--download-библиотека ТИП
Загрузить частичную библиотеку (TYPE = один из «бактерии», «плазмиды», «вирусы», «человек»)
- добавить в библиотеку ФАЙЛОВ
Добавить ФАЙЛ в библиотеку
--строить
Создать БД из библиотеки (требуется таксономия d / l'ed и хотя бы один файл в библиотеке)
- перестроить
Создайте БД из библиотеки, например --строить, но удалите существующие файлы, не относящиеся к библиотеке / таксономии
перед сборкой
--чистый
Удалите ненужные файлы из созданной базы данных
--сокращаться NEW_CT
Уменьшите существующую БД, чтобы в ней были только NEW_CT k-mers
- стандарт
Скачать и создать базу данных по умолчанию
--Обновить
Обновите существующую старую базу данных, чтобы использовать скремблированный порядок минимизатора (см. README
для более подробной информации)
--Помогите Распечатать это сообщение
--версия
Информация о версии для печати
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--дб ИМЯ
Kraken DB / имя библиотеки (обязательно, кроме --Помогите/--версия)
--потоки #
Количество потоков (по умолчанию: 1)
--new-дб ИМЯ
Новое имя Kraken DB (только для задачи сжатия; обязательно для задачи сжатия)
--кмер-лен NUM
Длина K-mer в bp (только для задач сборки / сжатия; по умолчанию: 31)
--минимайзер-длина NUM
Минимизирующая длина в битах (только для задач сборки / сжатия; по умолчанию: 15)
--jellyfish-хэш-размер STR
Передайте конкретный аргумент размера хэша медузе при построении базы данных (задача сборки
только)
--max-db-размер РАЗМЕР
Сжимайте БД перед полной сборкой, убедившись, что база данных и индекс вместе используют <=
SIZE гигабайт (только для задачи сборки)
--shrink-block-offset NUM
При сжатии выберите k-мер, который находится на ЧИСЛО позиции от конца блока
k-mers (по умолчанию: 1)
- работа на диске
Выполнять большинство операций на диске, а не в ОЗУ (замедлит сборку в большинстве
случаи)
Используйте kraken-build онлайн с помощью сервисов onworks.net
