Это команда macs2_bdgpeakcall, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
macs2_bdgpeakcall - Анализ на основе модели для ChIP-секвенирования
ОПИСАНИЕ
использование: macs2 bdgpeakcall [-h] -i ФАЙЛ [-c ОТРЕЗКА] [-l МИНЛЕН] [-g МАКС.ГАП]
[--cutoff-analysis] [--no-trackline]
[--outdir ВНЕШНИЙ_КАТАЛОГ] (-o ОФИЛЕ | --o-префикс ОПРЕФИКС)
необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
-i ИФИЛЕ, --ifile ИФИЛЕ
Оценка MACS в bedGraph. ТРЕБУЕТСЯ
-c ОТРЕЗАТЬ, --отрезать ОТРЕЗАТЬ
Отсечка зависит от того, какой метод вы использовали для отслеживания очков. Если файл содержит
pvalue оценки от MACS2, оценка 5 означает pvalue 1e-5. ПО УМОЛЧАНИЮ: 5
-l МИНЛЕН, --мин-длина МИНЛЕН
минимальная длина пика, лучше установить ее как значение d. ПО УМОЛЧАНИЮ: 200
-g МАКСГАП, --max-разрыв МАКСГАП
максимальный разрыв между значимыми точками в пике, лучше задать его как размер тега.
ПО УМОЛЧАНИЮ: 30
--cutoff-анализ
Пока установлено, bdgpeakcall проанализирует количество или общую длину пиков, которые могут быть
вызывается другой отсечкой, а затем выводит сводную таблицу, чтобы помочь пользователю выбрать лучший
отрезать. Обратите внимание, что minlen и maxgap могут повлиять на результаты. ПО УМОЛЧАНИЮ: Неверно
--без трассы
Сообщает MACS не включать треклайн в файлы bedGraph. Треклайн обязателен
пользователя UCSC.
--outdir ВНЕШНИЙ
Если указано, все выходные файлы будут записаны в этот каталог. По умолчанию:
текущий рабочий каталог
-o ОФИЛЕ, --файл ОФИЛЕ
Имя выходного файла. Взаимоисключающий с --o-префикс.
--o-префикс ОПРЕФИКС
Префикс выходного файла. Взаимоисключающий с -o/ - офиле.
Используйте macs2_bdgpeakcall онлайн с помощью сервисов onworks.net
