macsyfinder - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

macsyfinder - страница руководства для macsyfinder 1.0.2

ОПИСАНИЕ

использование: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon, order_replicon, gembase, unordered}]
[--replicon-topology {линейная, круговая}] [--topology-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-required-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-genes-required MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--мультилокусы
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-значение-поиск
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--профиль покрытия COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-суффикс
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-суффикс RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profile-suffix PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--previous-run PREVIOUS_RUN] системы [системы ...]

MacSyFinder - это инструмент для обнаружения систем секреции белков дидермных бактерий.
из набора данных по белкам.

позиционный аргументы:
системы
Системы обнаружения. Это обязательная опция без ключевого слова, связанного с
Это. Чтобы обнаружить все системы секреции белка и связанные с ними придатки: установите значение
"все" (без учета регистра). В противном случае можно указать одну или несколько систем.
Например: «T2SS T4P».

необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти

вход Набор данных опции:
--sequence-db SEQUENCE_DB
Путь к набору данных последовательности в формате fasta.

--db-тип {unordered_replicon, orders_replicon, gembase, unordered}
Тип обрабатываемого набора данных. unordered_replicon соответствует
несобранный геном, "неупорядоченный" в метагеномный набор данных, "порядковый_репликон" в
собранный геном и «гембаза» для набора репликонов, где идентификаторы последовательности
следуйте этому соглашению: «> RepliconName SequenceID».

--репликон-топология {линейный, круговой}
Топология репликонов (этот параметр имеет смысл, только если db_type равен
'заказанный_репликон' или 'гембаза'.

--topology-файл ТОПОЛОГИЯ_ФАЙЛ
Путь к файлу топологии. Файл топологии позволяет указать топологию (линейную или
круговой) для каждого репликона (этот параметр имеет смысл, только если db_type равен
'заказанный_репликон' или 'гембаза'. Файл топологии - это табличный файл с двумя
столбцы: 1-й - имя репликона, 2-й - соответствующая топология:
«РепликонА линейный»

--idx Вынуждает строить индексы для набора данных последовательности, даже если они ранее были
вычисляется и присутствует в расположении набора данных (по умолчанию = False)

системы обнаружение опции:
--интер-ген-макс-пространство INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Критерий совместной локализации: максимальное количество компонентов, не совпадающих по профилю
разрешено между двумя согласованными компонентами, чтобы они считались смежными. Вариант
имеет смысл только для «упорядоченных» наборов данных. Первое значение должно соответствовать системе,
второй по ряду компонентов. Этот вариант можно повторить несколько раз:
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --интер-ген-макс-пространство Жгутик 20 дюймов

--min-обязательные-гены-требуемые MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
Минимальное количество обязательных генов, необходимое для оценки системы. Первое
значение должно соответствовать имени системы, второе значение - целому числу. Этот вариант
может повторяться несколько раз: "--minmandatory-genes-required T2SS 15
--min-requiredgenes-required Жгутик 10 дюймов

--min-genes-требуется MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
Минимальное количество генов, необходимое для оценки системы (включает оба
обязательные и дополнительные компоненты). Первое значение должно соответствовать
имя системы, второе значение - целое число. Этот вариант можно повторять несколько раз.
раз: "--min-genesrequired T2SS 15 --min-genes-требуется Жгутик 10 дюймов

--max-nb-гены MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
Максимальное количество генов, необходимое для оценки системы. Первое значение должно
соответствуют имени системы, второе значение - целому числу. Этот вариант может быть
повторяется несколько раз: "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-гены Жгутик 10

--мультилокус MULTI_LOCI
Разрешить хранение систем с несколькими локусами для указанных систем. Системы
указан в виде списка, разделенного запятыми (--мультилокус sys1, sys2) по умолчанию False

Возможности для Хммер казнь и хиты фильтрация:
--хммер ХММЕР_EXE
Путь к программе Hmmer.

--index-дб INDEX_DB_EXE
Индексатор, который будет использоваться для Hmmer. Значение может быть либо makeblastdb, либо
'formatdb' или путь к одному из этих двоичных файлов (по умолчанию = makeblastb)

--e-значение-поиск E_VALUE_RES
Максимальное электронное значение для совпадений, о которых будет сообщено во время поиска Hmmer. (по умолчанию = 1)

--i-оценить-выбрать I_EVALUE_SEL
Максимальное независимое значение e-value для хитов Hmmer должно быть выбрано для обнаружения системы.
(по умолчанию = 0.001)

--покрытие-профиль COVERAGE_PROFILE
Минимальное покрытие профиля, необходимое для выравнивания попаданий, чтобы обеспечить возможность выбора попаданий.
для обнаружения системы. (по умолчанию = 0.5)

Тропа опции:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
Путь к файлам описания системы.

-o ВЫХ_КАТАЛОГ, --out-dir OUT_DIR
Путь к каталогу, в котором будут храниться результаты. если указан outdir res-search-dir
будут проигнорированы.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-поиск-каталог RES_SEARCH_DIR
Путь к каталогу, в котором будут храниться каталоги результатов поиска MacSyFinder.
(текущий рабочий каталог по умолчанию).

--res-search-суффикс RES_SEARCH_SUFFIX
Суффикс для необработанных выходных файлов Hmmer.

--res-extract-суффикс RES_EXTRACT_SUFFIX
Суффикс для выходных файлов отфильтрованных попаданий.

-p ПРОФИЛЬ_КАТАЛОГ, --profile-dir PROFILE_DIR
Путь к каталогу профилей.

--profile-суффикс ПРОФИЛЬ_СУФФИКС
Суффикс файлов профиля. Для каждого элемента "Гена" соответствующий профиль
выполняется поиск в 'profile_dir', в файле, имя которого основано на имени Гена +
суффикс профиля. Например, если ген назван 'gspG', а суффикс -
'.hmm3', тогда профиль должен быть помещен в указанное место и иметь имя
'gspG.hmm3'

Общие опции:
-w РАБОЧИЙ_NB, - рабочий WORKER_NB
Количество воркеров, которые будет использовать MacSyFinder. В случае, если пользователь хочет запустить
MacSyFinder в многопоточном режиме. (0 означает, что будут использоваться все ядра, по умолчанию 1)

-v, - многословие
Повышает уровень детализации. Есть 4 уровня: сообщения об ошибках (по умолчанию),
Предупреждение (-v), Информация (-вв) и отладка. (-ввв)

--бревно ЛОГ-ФАЙЛ
Путь к каталогу, в котором будет храниться файл журнала macsyfinder.log.

--config CFG_ФАЙЛ
Путь к предполагаемому файлу конфигурации MacSyFinder, который будет использоваться.

--предыдущий запуск PREVIOUS_RUN
Путь к предыдущему каталогу запуска MacSyFinder. Это позволяет пропустить Hmmer
шаг поиска в том же наборе данных, поскольку он использует результаты предыдущего запуска и, следовательно, параметры
относительно обнаружения Hmmer. Файл конфигурации из этого предыдущего запуска будет
использовал. (конфликт с опциями --config, --sequence-db, --profile-суффикс,
--resextract-суффикс, --e-значение-res, --db-тип, --хммер)

Для получения дополнительных сведений посетите веб-сайт MacSyFinder и см. Документацию MacSyFinder.

Используйте macsyfinder в Интернете с помощью сервисов onworks.net