mafft-homologs - онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mafft-homologs - выравнивает последовательности вместе с гомологами, автоматически собираемыми из
SwissProt через NCBI BLAST

СИНТАКСИС

маффт-гомологи [кредита] вход [> выходной]

ОПИСАНИЕ

Значительно повышена точность выравнивания нескольких отдаленно связанных последовательностей.
при выравнивании вместе со своими близкими гомологами. Причина улучшения:
наверное так же, как и для PSI-BLAST. То есть позиции сильно законсервированных
остатки, те, у которых много пробелов, и другая дополнительная информация вносится близко
гомологи. Согласно Katoh et al. (2005), улучшение за счет добавления близких гомологов составляет
10% или около того, что сопоставимо с улучшением за счет включения структурной информации
пары последовательностей. Mafft-гомологи на сервере mafft работают так:

1. Соберите количество (по умолчанию 50) близких гомологов (по умолчанию E = 1e-10) входных данных.
последовательности.

2. Совместите входные последовательности и гомологи вместе, используя стратегию L-INS-i.

3. Удалите омологи.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-a n
Количество собранных последовательностей (по умолчанию: 50).

-e n
Пороговое значение (по умолчанию: 1e-10).

-o ххх
Параметры для mafft (по умолчанию: "--op 1.53 --ep 0.123 --maxiterate 1000 --localpair
--Изменение порядка").

-l
Локально выполняет поиск BLAST вместо NCBI BLAST (требуется локальная установка
BLAST и база данных).

-f
Также на выходе собраны гомологи (по умолчанию: выключено).

-w
целые последовательности подвергаются поиску BLAST (по умолчанию: только хорошо выровненная область)

ТРЕБОВАНИЯ

Версия MAFFT> 5.58.

Либо из

lynx (при использовании удаленного сервера BLAST)

BLAST и база данных последовательностей белков (при использовании локального BLAST)

Ссылки

Катох, Кума, Тох и Мията (Nucleic Acids Res. 33: 511-518, 2005) MAFFT, версия 5:
повышение точности множественного выравнивания последовательностей.

Используйте mafft-homologs онлайн с помощью сервисов onworks.net