mafft - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mafft - программа множественного выравнивания аминокислотных или нуклеотидных последовательностей

СИНТАКСИС

маффт [кредита] вход [> выходной]

Линси вход [> выходной]

Джинси вход [> выходной]

Эйнси вход [> выходной]

ффтнси вход [> выходной]

ffns вход [> выходной]

нвнс вход [> выходной]

нвнси вход [> выходной]

mafft-профиль group1 group2 [> выходной]

вход, group1 и group2 должен быть в формате FASTA.

ОПИСАНИЕ

МАФФТ это программа множественного выравнивания последовательностей для unix-подобных операционных систем. Это предлагает
ряд различных методов выравнивания.

Ориентированный на точность методы:
· L-INS-i (вероятно, наиболее точный; рекомендуется для <200 последовательностей; итеративное уточнение
метод, включающий информацию о локальном попарном выравнивании):

маффт --localpair --maxiterate 1000 вход [> выходной]

Линси вход [> выходной]

· G-INS-i (подходит для последовательностей одинаковой длины; рекомендуется для <200 последовательностей;
метод итеративного уточнения, включающий информацию о глобальном попарном выравнивании):

маффт --globalpair --maxiterate 1000 вход [> выходной]

Джинси вход [> выходной]

· E-INS-i (подходит для последовательностей, содержащих большие невыровненные области; рекомендуется для
<200 последовательностей):

маффт --эп 0 --genafpair --maxiterate 1000 вход [> выходной]

Эйнси вход [> выходной]

Для E-INS-i --эп 0 вариант рекомендуется допускать большие зазоры.

Ориентированный на скорость методы:
· FFT-NS-i (метод итеративного уточнения; только два цикла):

маффт --завод 2 --maxiterate 2 вход [> выходной]

ффтнси вход [> выходной]

· FFT-NS-i (метод итерационного уточнения; макс. 1000 итераций):

маффт --завод 2 --maxiterate 1000 вход [> выходной]

· FFT-NS-2 (быстрый; прогрессивный метод):

маффт --завод 2 --maxiterate 0 вход [> выходной]

ffns вход [> выходной]

· FFT-NS-1 (очень быстро; рекомендуется для> 2000 последовательностей; прогрессивный метод с грубым
направляющее дерево):

маффт --завод 1 --maxiterate 0 вход [> выходной]

· NW-NS-i (итерационный метод уточнения без приближения БПФ; только два цикла):

маффт --завод 2 --maxiterate 2 --ноффт вход [> выходной]

нвнси вход [> выходной]

· NW-NS-2 (быстрый; прогрессивный метод без приближения БПФ):

маффт --завод 2 --maxiterate 0 --ноффт вход [> выходной]

нвнс вход [> выходной]

· NW-NS-PartTree-1 (рекомендуется для ~ 10,000 50,000 - ~ XNUMX XNUMX последовательностей; прогрессивный метод
с алгоритмом PartTree):

маффт --завод 1 --maxiterate 0 --ноффт --parttree вход [> выходной]

Группа в группу выравнивание

mafft-профиль group1 group2 [> выходной]

или:

маффт --maxiterate 1000 --семя group1 --семя group2 / dev / null [> выходной]

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Алгоритм
--авто
Автоматически выбирает подходящую стратегию из L-INS-i, FFT-NS-i и FFT-NS-2,
в зависимости от размера данных. По умолчанию: выключено (всегда FFT-NS-2)

--6мерпара
Расстояние рассчитывается исходя из количества общих 6 человек. По умолчанию: вкл.

--globalpair
Все попарные выравнивания вычисляются с помощью алгоритма Нидлмана-Вунша. Более
точен, но медленнее, чем -6merpair. Подходит для набора глобально согласованных
последовательности. Применимо до ~ 200 последовательностей. Комбинация с --maxiterate 1000
рекомендуется (G-INS-i). По умолчанию: выключено (используется 6-мерное расстояние)

--localpair
Все попарные выравнивания вычисляются с помощью алгоритма Смита-Уотермана. Более точным
но медленнее, чем -6merpair. Подходит для набора локально выравниваемых последовательностей.
Применимо до ~ 200 последовательностей. Комбинация с --maxiterate 1000 является
рекомендуется (L-INS-i). По умолчанию: выключено (используется 6-мерное расстояние)

--genafpair
Все попарные выравнивания вычисляются локальным алгоритмом с обобщенным
Стоимость аффинного разрыва (Altschul 1998). Точнее, но медленнее, чем -6merpair. Подходящее
когда ожидаются большие внутренние зазоры. Применимо до ~ 200 последовательностей. А
рекомендуется комбинация с --maxiterate 1000 (E-INS-i). По умолчанию: выключено (6мер
расстояние используется)

--fastapair
Все попарные выравнивания вычисляются с помощью FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA - это
требуется. По умолчанию: выключено (используется 6-мерное расстояние)

- вес номер
Весовой коэффициент для члена согласованности, рассчитанный на основе парных сопоставлений. Действительный
когда любой из --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair или --blastpair
выбрано. По умолчанию: 2.7

--завод номер
Путеводное дерево построено номер раз в прогрессивной стадии. Действительно с 6-мерным расстоянием.
По умолчанию: 2

--maxiterate номер
номер выполняются циклы итерационного уточнения. По умолчанию: 0

--fft
Используйте приближение БПФ при групповом выравнивании. По умолчанию: вкл.

--ноффт
Не используйте аппроксимацию БПФ при групповом выравнивании. По умолчанию: выключено

--носкоре
Оценка согласования не проверяется на этапе итеративного уточнения. По умолчанию: выключено (оценка
проверено)

--memsave
Используйте алгоритм Майерса-Миллера (1988). По умолчанию: автоматически включается, когда
длина выравнивания превышает 10,000 XNUMX (аа / нт).

--parttree
Используйте метод быстрого построения дерева (PartTree, Katoh and Toh 2007) с 6-мерным расстоянием.
Рекомендуется для ввода большого количества (> ~ 10,000 XNUMX) последовательностей. По умолчанию: выключено

--dpparttree
Алгоритм PartTree используется с расстояниями, основанными на DP. Чуть точнее и
медленнее, чем --parttree. Рекомендуется для большого количества (> ~ 10,000 XNUMX) последовательностей.
Вход. По умолчанию: выключено

--fastaparttree
Алгоритм PartTree используется с расстояниями на основе FASTA. Чуть точнее
и медленнее, чем --parttree. Рекомендуется для большого количества (> ~ 10,000 XNUMX) последовательностей
вводятся. Требуется FASTA. По умолчанию: выключено

- размер номер
Количество разделов в алгоритме PartTree. По умолчанию: 50

--groupsize номер
Не делайте выравнивание больше, чем номер последовательности. Действительно только с - * parttree
параметры. По умолчанию: количество входных последовательностей.

Параметр
--оп номер
Штраф за открытие разрыва при расстановке групп. По умолчанию: 1.53

--эп номер
Значение смещения, которое работает как штраф за удлинение промежутка для выравнивания от группы к группе.
По умолчанию: 0.123

--лоп номер
Штраф за открытие разрыва при локальном попарном выравнивании. Действительно, когда параметр --localpair или
Выбрана опция --genafpair. По умолчанию: -2.00

--леп номер
Значение смещения при локальном попарном выравнивании. Действительно, когда параметр --localpair или --genafpair
выбран вариант. По умолчанию: 0.1

--leexp номер
Штраф за расширение зазора при локальном попарном выравнивании. Действительно, когда параметр --localpair или
Выбрана опция --genafpair. По умолчанию: -0.1

--LOP номер
Штраф за открытие пробела, чтобы пропустить выравнивание. Действительно, если задана опция --genafpair
выбрано. По умолчанию: -6.00

--LEXP номер
Штраф за удлинение зазора, чтобы пропустить выравнивание. Действительно, если задана опция --genafpair
выбрано. По умолчанию: 0.00

--бл номер
БЛОСУМ номер матрица (Хеникофф и Хеникофф 1992). номер= 30, 45, 62 или 80.
По умолчанию: 62

--jtt номер
JTT ПАМ номер (Jones et al. 1992) используется матрица. номер> 0. По умолчанию: BLOSUM62

--тм номер
Трансмембранный ПАМ номер (Jones et al. 1994) используется матрица. номер> 0. Дефолт:
БЛОСУМ62

--aamatrix матричный файл
Используйте определяемую пользователем матрицу оценки AA. Формат матричный файл такое же, как у
ВЗРЫВ. Игнорируется при вводе нуклеотидных последовательностей. По умолчанию: BLOSUM62

--fмодель
Включите информацию о составе AA / nuc в оценочную матрицу. По умолчанию: выключено

Результат
-Кланируйте
Формат вывода: формат Clustal. По умолчанию: выключено (формат fasta)

--inputorder
Порядок вывода: такой же, как и при вводе. По умолчанию: вкл.

--Изменение порядка
Порядок вывода: выровненный. По умолчанию: выключено (порядок ввода)

--treeout
Дерево направляющих выводится в вход.tree файл. По умолчанию: выключено

--тихий
Не сообщайте о прогрессе. По умолчанию: выключено

вход
--нук
Предположим, что последовательности нуклеотидные. По умолчанию: авто

--амино
Предположим, что последовательности являются аминокислотными. По умолчанию: авто

--семя выравнивание1 [--семя выравнивание2 --семя выравнивание3 ...]
Выравнивание семян дано в выравнивание_n (формат fasta) выровнены с последовательностями в
вход. Выравнивание внутри каждого семени сохраняется.

Используйте mafft онлайн с помощью сервисов onworks.net