Это команда maskfeate, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
maskfeat - написать последовательность с замаскированными функциями
СИНТАКСИС
маска -последовательность Seqall [Типа string] [-снизить тумблер] -маскар string -outseq вывод
маска -Помощь
ОПИСАНИЕ
маска это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Редактировать, Таблицы функций».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
вход .
-последовательность Seqall
дополнительный .
Типа string
По умолчанию любой объект в таблице объектов с типом, начинающимся с "повтор", маскируется.
Вы можете установить любой тип объекта, который хотите замаскировать. Видеть
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ список типов функций EMBL и см.
Приложение A к руководству пользователя Swissprot в http://www.expasy.org/sprot/userman.html
для списка типов объектов Swissprot. Тип может быть дополнен символом "*". Если
вы хотите замаскировать более одного типа, разделите их имена пробелами или запятыми, например:
* UTR repeat * Значение по умолчанию: repeat *
-снизить тумблер
Область можно «замаскировать» путем преобразования символов последовательности в нижний регистр, некоторые
Программы, не относящиеся к EMBOSS, например fasta, могут интерпретировать это как замаскированную область. Последовательность
без изменений, кроме смены корпуса. Вы можете убедиться, что вся последовательность
находится в верхнем регистре перед маскированием указанных областей в нижний регистр с помощью
флаг -supper. Значение по умолчанию: N
-маскар string
Персонаж, используемый при маскировке. По умолчанию «X» для белковых последовательностей, «N» для нуклеиновых последовательностей.
последовательности. Если в качестве символа маски задан символ ПРОБЕЛА или нулевой символ,
тогда последовательность "маскируется" путем изменения ее на нижний регистр, как и в случае с
Флаг '-lowercase'. Значение по умолчанию: @ ($ (acdprotein)? X: N)
Результат .
-outseq вывод
Используйте maskfeate онлайн с помощью сервисов onworks.net
