Это команда mauveAligner, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
mauveAligner - эффективное построение множественных выравниваний генома
СИНТАКСИС
mauveAligner [параметры] ...
имя файла>
ОПИСАНИЕ
Алгоритмы выравнивания mauveAligner и прогрессивный Mauve были реализованы как
программы командной строки, включенные в загружаемое программное обеспечение Mauve. Когда бежишь из
в командной строке эти программы предоставляют параметры, которые еще не доступны в графическом интерфейсе.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--output =Имя выходного файла.
Печатает на экран по умолчанию
- мамы Найдите только MUM, не пытайтесь определять локально коллинеарные блоки (LCB)
- без рекурсии Не выполнять рекурсивную идентификацию якоря (подразумевает
- выравнивание без зазора)
--no-lcb-расширение При определении LCB не пытайтесь расширить LCB.
- размер семян =Размер начального совпадения, по умолчанию - log_2 (средняя длина последовательности)
--max-extension-iterations =Ограничьте расширения LCB этим количеством попыток,
по умолчанию 4
- исключить включения Устранение связанных включений в совпадениях подмножеств.
--weight =Минимальный вес LCB в парах оснований на последовательность
--match-input =Использовать указанный файл соответствия вместо поиска совпадений
--lcb-match-input Указывает, что входной файл совпадений содержит совпадения, которые были
сгруппированы в LCB
--lcb-input =Использовать указанный файл lcb вместо построения LCB (пропускает LCB
поколение)
--scratch-path =Для больших геномов используйте каталог для хранения временных данных.
Следует давать два или более раз с разными путями.
--id-matrix =Сгенерируйте статистику LCB и запишите ее в указанный файл
--island-size =Найдите острова больше указанного числа
--island-output =Вывести острова данного файла (требуется - размер острова)
--backbone-size =Найдите участки позвоночника длиннее заданного количества п.н.
--max-backbone-gap =Позвольте позвоночнику быть прерванным зазорами до этой длины в
бп
--backbone-output =Вывести острова данного файла (требуется - размер острова)
--coverage-output =Вывести список покрытия в указанный файл (- для стандартного вывода)
- повторяет Создает повторяющуюся карту. Можно указать только одну последовательность
--output-guide-tree =Запишите дерево направляющих в указанный файл
--коллинеарен Предположим, что входные последовательности коллинеарны - в них нет перегруппировок.
Пробел выравнивание управления:
- выравнивание без зазора Не выполняйте выравнивание с зазором
--max-gapped-aligner-length =Максимальное количество пар оснований для попытки выравнивания с
выравниватель с зазором
--min-рекурсивная-длина-зазора =Минимальный размер промежутков, которые Mauve будет выполнять рекурсивно
Привязка MUM включена (по умолчанию 200)
Подписанный перестановка матрица опции:
--permutation-matrix-output =Запишите LCB в виде матрицы перестановок со знаком в
данный файл
--перестановка-матрица-минимальный вес =Матрица перестановок будет написана для каждого
набор LCB с весом между этим значением и значением --масса
центровка выходной опции:
--alignment-output-dir =Выводит набор файлов выравнивания (по одному на каждый LCB) в
данный каталог
--alignment-output-format =Выбирает выходной формат для --alignment-output-dir
--output-alignment =Запишите выравнивание формата XMFA в указанный файл
Поддерживаемые выходные форматы выравнивания: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon.
Используйте mauveAligner онлайн с помощью сервисов onworks.net
