Это команда mauveToXMFA, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
addUnalignedIntervals - часть пакета mauveAligner
alignmentProjector - часть пакета mauveAligner
backbone_global_to_local - часть пакета mauveAligner
bbAnalyze - часть пакета mauveAligner
createBackboneMFA - часть пакета mauveAligner
getAlignmentWindows - часть пакета mauveAligner
getOrthologList - часть пакета mauveAligner
makeBadgerMatrix - часть пакета mauveAligner
mauveToXMFA - часть пакета mauveAligner
mfa2xmfa - часть пакета mauveAligner
projectAndStrip - часть пакета mauveAligner
randomGeneSample - часть пакета mauveAligner
scoreAlignment - часть пакета mauveAligner
stripGapColumns - часть пакета mauveAligner
stripSubsetLCBs - часть пакета mauveAligner
toGrimmFormat - часть пакета mauveAligner
toMultiFastA - часть пакета mauveAligner
toRawSequence - часть пакета mauveAligner
uniqueMerCount - часть пакета mauveAligner
uniquifyTrees - часть пакета mauveAligner
xmfa2maf - часть пакета mauveAligner
ОПИСАНИЕ
Эти инструменты принадлежат пакету mauveAligner. Они явно не задокументированы, но
печатают синопсис, который здесь повторяется.
addUnalignedInterval интервал файл> <выход интервал файл>
выравниваниеПроектор xmfa> <выход xmfa> <мфа далее ввод> <мфа далее вывод> <список of
последовательности в включают, начиная at 0>
backbone_global_to_local <xmfa файл> <магистраль файл> <выход файл>
bbAnalyze <xmfa файл> <руководство дерево> <магистраль последовательности файл> <магистраль кол файл> <аннотировано
далее индекс> <выход файл>
аннотированный индекс seq начинается с 0.
создатьBackboneMFA интервал файл> <выход МИД имя>
getAlignmentWindows <XMFA выравнивание> <окно длина> <окно сдвиг сумма> <база выходной
имя файла>
getOrthologList getOrthologList xmfa> <магистраль далее файл> <ссылка геном> <CDS
ортолог имя файла> <CDS выравнивание Использование темпера с изогнутым основанием имя>
сделатьBadgerMatrix сделатьBadgerMatrix xmfa> <выход барсук файл> <LCB координировать файл>
сиреневый сиреневый <Лиловый центровка ввод> <XMFA вывод>
mfa2xmfa <МИД выравнивание ввод> <XMFA выравнивание вывод> [Невыровненный ФастА выход]
проектAndStrip xmfa> <выход xmfa> ...
Идентификаторы числовой последовательности начинаются с 0.
случайныйГенОбразец xmfa> <магистраль далее файл> <образец геном> <число of гены>
<выход Использование темпера с изогнутым основанием имя> [случайный семя]
оценка <правильно выравнивание> <рассчитано выравнивание> [развитый последовательность файл] [слаган]
полосаGapколонны XMFA> <выход XMFA>
полосаПодмножествоLCB xmfa> bbcols> <выход xmfa> [мин LCB размер] [мин геномы]
[случайно подвыборка в X кб]
toGrimmFormat <Лиловый Выравнивание> <геном 1 CHR длина> ... N CHR длина>
toMultiFastA интервал файл> <выход Использование темпера с изогнутым основанием имя>
toRawSequence последовательность> <выход файл>
уникальныйMerCount <Отсортировано море Список>
uniquifyДеревья <связь вход файл> <связь выходной файл>
Все деревья во входном файле должны иметь одинаковое количество таксонов и один и тот же таксон.
этикетки
xmfa2maf <xmfa ввод> <маф вывод>
Используйте mauveToXMFA в Интернете с помощью сервисов onworks.net
