Это командный метастудент, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
metastudent - предсказатель терминов генной онтологии из белковой последовательности
СИНТАКСИС
метастудент -i ФАСТА_ФАЙЛ -o RESULT_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--silent]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontologies =МСН or BPO or CCO or
МФО, БПО or ...] [--with-images] [--blast-kickstart-databases =BLAST_RESULT_FILE (S)]
[--temp-dir =DIR] [--config =КОНФИГ_ФАЙЛ] !!! Убедитесь, что ваш файл fasta содержит не более 500
последовательности !!!
ОПИСАНИЕ
Metastudent предсказывает термины генной онтологии (GO) из онтологии молекулярных функций (MFO),
Онтология биологического процесса (BPO) и онтология клеточных компонентов (CCO) для входящего белка
последовательности путем вывода на основе гомологии из уже аннотированных белков.
Скачиваются большие (всего 1 ГБ) файлы данных, необходимые для работы метастудента.
автоматически при первом использовании программы. Скачивание можно перезапустить. Вы также можете
сделать явный вызов
метастудентданные (по умолчанию / usr / bin / metastudentdata) для загрузки файлов данных.
В случае, если каталог данных (по умолчанию / usr / share / metastudent-data) не доступен для записи и
вы не root, операция
повторная попытка с Sudo(8).
Результат формат
Для каждой выбранной онтологии (см. --онтологии) создается один выходной файл (см. -o). каждый
строка в каждом файле связывает белок с термином GO и надежностью для
ассоциация (от 0.0 до 1.0). Используется следующий формат:
ID>
Ссылки
Хэмп, Т., Касснер, Р., Симайер, С., Виседо, Э., Шефер, К., Ахтен, Д., ... и Рост, Б.
(2013). Вывод на основе гомологии устанавливает высокую планку для предсказания функции белков. BMC
Биоинформатика, 14 (Приложение 3), S7.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-i ФАСТА_ФАЙЛ
Входной файл фаста. Пожалуйста, попробуйте удалить любое специальное форматирование (например, пробелы)
в последовательностях, прежде чем использовать их в качестве входных. Из-за большого использования памяти убедитесь, что ваш
Файл fasta содержит не более 500 последовательностей.
-o РЕЗУЛЬТАТ_ФИЛЕ_ПРЕФИКС
Префикс имени файла для выходных файлов. Термины GO организованы в онтологии.
Metatstudent обрабатывает каждую онтологию по-разному и выводит для каждой один файл результатов.
Например, если =. / myresult и MFO (онтология молекулярных функций) и BPO
(Онтология биологического процесса) выбраны онтологии (см. --онтологии), тогда
metastudent создает два выходных файла: ./myresult.MFO.txt и ./myresult.BPO.txt.
--отлаживать
Распечатать дополнительные отладочные сообщения.
- температура
Сохранять ли временные каталоги после завершения метастудента (они могут быть
полезно при возникновении ошибок или в сочетании с --blast-kickstart-базы данных).
--тихий
Нет сообщений о ходе выполнения (stdout), только ошибки (stderr).
--output-взрыв
Выводить ли результат выполнения BLAST. Полезно в сочетании с
--blast-kickstart-базы данных. Формат имени выходного файла:
RESULT_FILE_PREFIX. .взрыв.
- только взрыв
Выводить ли только результат выполнения BLAST и ничего больше. Посмотреть варианты
--output-взрыв и --blast-kickstart-базы данных.
--все прогнозы
Выводить ли результаты предсказания отдельных предикторов. Имя файла
формат выходного файла . . .текст.
--без имен
Следует ли исключить фактические имена терминов GO в качестве столбца в прогнозе вывода
файл (ы).
--с-изображениями
Следует ли также создавать изображение, которое отображает предсказанные термины GO в виде графика GO.
Эта опция может использоваться только с одной входной последовательностью и только при подключении
к Интернету.
--ontologies =МСН or BPO or CCO or МФО, БПО or ...
Список онтологий, разделенных запятыми, для которых создаются прогнозы. По умолчанию
МФО, BPO, CCO. При использовании в сочетании с --blast-kickstart-базы данных, число и
порядок онтологий должен соответствовать файлам кикстарта.
--blast-kickstart-databases =
Поскольку выполнение BLAST обычно занимает больше всего времени у метастудента, это
опция позволяет повторно использовать результат предыдущего прогона. Это полезно для проверки, так как
например, другие параметры или когда вы потеряли прогноз. Количество
Файлы кикстарта должны соответствовать количеству онтологий (см. опцию --онтологии).
Разделите пути к файлам запятыми. Например:
--blast-kickstart-databases = , (кикстарт для обоих
онтологии) или --blast-kickstart-databases =, (только кикстарт BPO;
обратите внимание на запятую).
--temp-dir = КАТАЛОГ
Родительский временный каталог, который следует использовать вместо того, который указан с помощью tmpDir в
файл конфигурации metastudent.
--config = ФАЙЛ
Путь к настраиваемому файлу конфигурации метастудента; отменяет все настройки
файлы конфигурации, которые можно найти в разделе ФАЙЛЫ на этой странице руководства.
Используйте metastudent в Интернете с помощью сервисов onworks.net
