Это команда NCLconverter, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
NCLconverter - отчет о содержимом файла NEXUS
ОПИСАНИЕ
NCLconverter считывает файл и записывает отчет о содержимом в префикс файла.
(указывается -o флаг) в выбранном формате вывода (указанном с помощью -e флаг).
Команда самых общий пользования is просто:
NCLconverter
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-h в командной строке отображается это справочное сообщение
-q подавлять сообщения о состоянии NCL при чтении файлов
-lчитает файл и обрабатывает каждую строку файла как путь к файлу NEXUS
-a вывод AltNexus (нет таблицы перевода в деревьях)
-x НЕ проверяйте внутренние метки в деревьях как метки таксонов
-X НЕ относитесь к числам в деревьях как к номерам таксонов, относитесь к ним как к произвольным
метки (не должны использоваться с файлами NEXUS).
-sконтролирует уровень строгости NEXUS.
уровень по умолчанию эквивалентен -s2 вызов программы с -s3 или выше
number преобразует некоторые предупреждения в фатальные ошибки. Бег с -s1 вызовет
парсер принимает опасные конструкции и работает с -s0 приведет к тому,
парсер делает все возможное, чтобы закончить разбор файла (предупреждение об очень серьезном
ошибки).
Обратите внимание, что когда -s0 используется уровень строгости, и парсер не завершает работу, он
часто является результатом более ранней ошибки, чем ошибка, указанная в
последнее сообщение.
-iопределяет длину чередующихся страниц для создания
-fуказывает ожидаемый формат входного файла:
-фнексус
NEXUS (это тоже по умолчанию)
-фаафаста
Данные по аминокислотам в фасте
-фднафаста
Данные ДНК в fasta
-фрнафаста
Данные РНК в fasta
Полный список названий форматов, которые могут следовать -f флаг:
nexus dnafasta aafasta rnafasta dnaphylip rnaphylip aaphylip distephylip
днафилипин с чередованием рнафилин с чередованием аафилин с чередованием
дискретный
дискретнорелаксированныйфилип dnarelaxedphylipinterleaved rnarelaxedphylipinterleaved
aarelaxedphylipinterleaved дискретныйrelaxedphylipinterleaved dnaaln rnaaln aaaln
phyliptree расслабленный
-eуказывает ожидаемый формат выходного файла:
-энексус
"нормализованный" вывод NEXUS
-эфаста
Символьные данные в fasta (может привести к нескольким выходным файлам)
-эфилип
Деревья и символьные данные в phylip (может привести к нескольким выходным файлам)
-эрелакседфилип
Деревья и символьные данные в расслабленном филлипе (может привести к нескольким выходным файлам)
-enexml
вывод nexml (это тоже значение по умолчанию)
-oуказывает выходной префикс.
Добавляются соответствующий суффикс и расширение
-dуказывает единственное место назначения вывода. Или вы можете использовать -д- указать, что
вывод должен быть направлен на стандартный вывод. использование этой опции может привести к
в неверном выводе из-за объединения отдельных «блоков» информации в
единый файл!
-u преобразует символы подчеркивания в пробелы в форматах, отличных от NEXUS.
-yпереводить в «безопасные» названия таксонов и сохранять новые названия как NEXUS.
файл под названием с блоком TaxaAssociation. Первый блок таксонов в
ассоциативный блок будет содержать исходные имена, а второй - "безопасный"
имена
-Yведет себя как -y, кроме -Y файл перевода будет создан даже
если исходные имена уже были "безопасными"
-zиспользуйте файл в формате NEXUS с именем с блоком TaxaAssociation
восстановить оригинальные имена.
Предполагает, что первый блок таксонов в TaxaAssociation
блок содержит исходное имя, а второй - текущее имя. Эта функция
полезно для «устранения» эффектов -y опцию.
-j Подавить создание NameTranslationFile
Используйте NCLconverter онлайн с помощью сервисов onworks.net
