nifti_tool - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

nifti_tool - универсальный инструмент для работы с файлами NIfTI

СИНТАКСИС

nifti_tool -Помощь показать эту помощь

nifti_tool -help_hdr показать информацию о поле nifti_1_header

nifti_tool -help_ним показать информацию о поле nifti_image

nifti_tool -help_ana показать информацию о поле nifti_analyze75

nifti_tool -help_типы данных показать таблицу типов данных

nifti_tool -вер показать текущую версию

nifti_tool -история показать историю изменений

nifti_tool -nifti_ver показать версию библиотеки nifti

nifti_tool -nifti_hist показать историю библиотеки nifti

nifti_tool -with_zlib была скомпилирована библиотека с zlib

nifti_tool -check_hdr -файлы f1 ...

nifti_tool -check_ним -файлы f1 ...

nifti_tool -copy_brick_list -файлы f1 "[индексы ...]"

nifti_tool -copy_collapsed_image I J K T U V W -файлы f1

nifti_tool -copy_im -файлы f1

nifti_tool -make_im -префикс new_im.nii

nifti_tool -disp_hdr [-поле ИМЯ ПОЛЯ] [...] -файлы f1 ...

nifti_tool -disp_ним [-поле ИМЯ ПОЛЯ] [...] -файлы f1 ...

nifti_tool -disp_ana [-поле ИМЯ ПОЛЯ] [...] -файлы f1 ...

nifti_tool -disp_exts -файлы f1 ...

nifti_tool -disp_ts I J K [-dci_lines] -файлы f1 ...

nifti_tool -disp_ci I J K T U V W [-dci_lines] -файлы f1 ...

nifti_tool -mod_hdr [-mod_field ИМЯ ПОЛЯ NEW_VAL] [...] -файлы f1

nifti_tool -mod_ним [-mod_field ИМЯ ПОЛЯ NEW_VAL] [...] -файлы f1

nifti_tool -swap_as_nifti -записать -файлы f1

nifti_tool -swap_as_analyze -записать -файлы f1

nifti_tool -swap_as_old -записать -файлы f1

nifti_tool -add_afni_ext "расширение in цитаты" [...] -файлы f1

nifti_tool -add_comment_ext "расширение in цитаты" [...] -файлы f1

nifti_tool -add_comment_ext "файл FILENAME "[...] -infiles f1

nifti_tool -rm_ext ИНДЕКС [...] -файлы f1 ...

nifti_tool -strip_extras -файлы f1 ...

nifti_tool -diff_hdr [-поле ИМЯ ПОЛЯ] [...] -файлы f1 f2

nifti_tool -diff_ним [-поле ИМЯ ПОЛЯ] [...] -файлы f1 f2

ОПИСАНИЕ

Этот инструмент может

отображать, изменять или сравнивать отличные структуры в наборах данных

скопировать набор данных, выбрав список томов из оригинала

скопировать набор данных, свернув все измерения, каждое в один индекс

отображать временной ряд для вокселя или, в более общем смысле, данные из любого свернутого
изображение в тексте ASCII

Эта программа может использоваться для отображения информации из наборов данных nifti, для изменения информации
в наборах данных nifti, чтобы искать различия между двумя наборами данных nifti (например, UNIX
команда "diff"), и чтобы скопировать набор данных в новый, либо путем ограничения каких-либо измерений,
или скопировав список томов (измерение времени) из набора данных.

Разрешен только один тип действия, например, нельзя изменить набор данных, а затем взять "diff".

можно отобразить

любые или все поля в структуре nifti_1_header

любое или все поля в структуре nifti_image

любое или все поля в структуре nifti_analyze75

расширения в структуре nifti_image

временной ряд из четырехмерного набора данных, заданный i, j, k

данные из любого свернутого изображения, учитывая тусклый цвет. список

можно проверить

выполнить внутреннюю проверку структуры nifti_1_header (с помощью nifti_hdr_looks_good ())

выполнить внутреннюю проверку структуры nifti_image (с помощью nifti_nim_is_valid ())

можно изменить

любые или все поля в структуре nifti_1_header

любое или все поля в структуре nifti_image

поменять местами все поля в структуре заголовка NIFTI или ANALYZE add / rm - любое или все
расширения в структуре nifti_image remove - все расширения и описания
из наборов данных

можно сравнить

любая или все пары полей структур nifti_1_header

любая или все пары полей структур nifti_image

можно скопировать

произвольный список объемов набора данных (временные точки)

набор данных, сворачивающийся по произвольным измерениям (ограничивая эти измерения
данные индексы)

можно создать

новый набор данных из ничего

Примечание: чтобы узнать, какие поля существуют в одной из структур, или узнать поле "s
тип, размер каждого элемента или количество элементов в поле, используйте либо
параметр "-help_hdr" или параметр "-help_nim". Никаких дополнительных опций не требуется.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Проверка кредита

-check_hdr : проверьте правильность структуры nifti_1_header

Это действие используется для проверки структуры nifti_1_header на наличие проблем. В
Функция nifti_hdr_looks_good () используется для теста и в настоящее время проверяет:

dim [], sizeof_hdr, magic, тип данных

Дополнительные тесты можно запросить у автора.

например, выполнить проверку заголовков некоторых наборов данных nifti_tool -check_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii nifti_tool -check_hdr -infiles * .nii * .hdr

например, добавьте параметр -quiet, чтобы сообщать только об ошибках nifti_tool -check_hdr -quiet
-infiles * .nii * .hdr

-check_ним : проверьте правильность структуры nifti_image

Это действие используется для проверки структуры nifti_image на наличие проблем. Это проверено через
и nifti_convert_nhdr2nim (), и nifti_nim_is_valid (), хотя вызываются другие функции
под ними, конечно. Текущие проверки:

dim [], sizeof_hdr, тип данных, fname, iname, nifti_type

Обратите внимание, что создание структуры nifti_image зависит от хороших полей заголовка. Итак, ошибки
являются терминальными, то есть эта проверка, вероятно, сообщит не более одной ошибки, даже если
существовать. -check_hdr действие более полное.

Дополнительные тесты можно запросить у автора.

например, nifti_tool -check_nim -infiles dset0.nii dset1.nii например, nifti_tool -check_nim
-infiles * .nii * .hdr

Создавай кредита

-make_im : создать новый набор данных из ничего

С его помощью пользователь может создать новый набор данных базового стиля, который затем может быть изменен.
с другими вариантами. Это создаст заполненные нулями данные подходящего размера.

По умолчанию используется изображение короткометражек размером 1x1x1. Эти настройки можно изменить с помощью -new_dim
параметр, чтобы установить 8 значений измерения, и -new_datatype, чтобы предоставить интегральный тип
для данных.

См. -New_dim, -new_datatype и -infiles для получения дополнительной информации.

Обратите внимание, что любой набор данных -infiles с именем MAKE_IM также будет создан «на лету».

-new_dim D0 .. D7: укажите тусклый массив для нового набора данных.

например -new_dim 4 64 64 27 120 0 0

Этот список измерений будет применяться к любому набору данных, созданному с помощью MAKE_IM или -make_im. Все 8
значения обязательны. Напомним, что D0 - это количество измерений, а с D1 по D7 -
размеры.

-новый_тип_данных ТИП: укажите тусклый массив для нового набора данных.

например -new_datatype 16 по умолчанию: -new_datatype 4 (короткий)

Этот список измерений будет применяться к любому набору данных, созданному с помощью MAKE_IM или -make_im. ТИП
должно быть одним из чисел NIFTI_TYPE_ * из nifti1.h.

Копировать кредита

-copy_brick_list : скопировать список томов в новый набор данных

-cbl : (более короткая альтернативная форма)

-copy_im : (более короткая альтернативная форма)

Это действие позволяет пользователю скопировать список томов (с течением времени) из одного набора данных в
Другая. Перечисленные тома могут быть в любом порядке и содержать повторы, но, конечно,
ограничен набором значений {1, 2, ..., nt-1} из измерения 4.

Эта опция - флаг. Список индексов определяется входным набором данных, содержащимся в
квадратных скобках. Обратите внимание, что квадратные скобки являются специальными для большинства оболочек UNIX, поэтому они
должны быть заключены в одинарные кавычки. Синтаксис индексного списка:

Примечания:

индексы начинаются с нуля

индексы заканчиваются на nt-1, который имеет специальный символ "$"

отдельные индексы следует разделять запятыми, "," например -infiles
dset0.nii "[0,3,8,5,2,2,2]"

диапазоны могут быть указаны с помощью ".." или "-" например, -infiles dset0.nii "[2..95]" например
-infiles dset0.nii "[2 .. $]"

диапазоны могут иметь значения шага, указанные в () пример: от 2 до 95 с шагом
3, т.е. {2,5,8,11, ..., 95} eg -infiles dset0.nii "[2 95 ..(3)] ​​"

Эта функция применима только к 3- или 4-мерным наборам данных.

например, чтобы скопировать набор данных: nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii

например, чтобы скопировать подблоки 0 и 7: nifti_tool -cbl -prefix new_07.nii -infiles
dset0.nii "[0,7]"

например, чтобы скопировать весь набор данных: nifti_tool -cbl -prefix new_all.nii -infiles
dset0.nii "[0 .. $]"

например, чтобы скопировать любую другую временную точку, пропуская первые три: nifti_tool -cbl -prefix
new_partial.nii -файлы dset0.nii "[3 .. $ (2)]"

-copy_collapsed_image ...: скопировать список томов в новый набор данных

-cci IJKTUVW: (более короткая, альтернативная форма)

Это действие позволяет пользователю скопировать свернутый набор данных, в котором есть некоторые измерения.
свернуто до заданного индекса. Например, размер X может быть уменьшен до i = 42 и
временные измерения могут быть сжаты до t = 17. Чтобы свернуть размер, установите Di равным
желаемый индекс, где i находится в {0..ni-1}. Любой размер, который нельзя сворачивать, должен
будет указан как -1.

Любое количество (допустимых) измерений может быть свернуто, даже до одного значения, с помощью
указание достаточного количества действительных индексов. В результате в наборе данных будет уменьшено количество
нетривиальные размерности.

Предположим, что dset0.nii имеет nim-> dim [8] = {4, 64, 64, 21, 80, 1, 1, 1}. Обратите внимание, что это
4-мерный набор данных.

например, скопируйте временной ряд для вокселей i, j, k = 5,4,17 nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1
-префикс new_5_4_17.nii

например, прочитать единичный том в момент времени 26 nifti_tool -cci -1 -1 -1 26 -1 -1 -1 -префикс
new_t26.nii

Предположим, что dset1.nii имеет nim-> dim [8] = {6, 64, 64, 21, 80, 4, 3, 1}. Обратите внимание, что это
6-мерный набор данных.

например, скопируйте все временные ряды для вокселей i, j, k = 5,0,17, с v = 2 (и добавьте команду в
история) nifti_tool -cci 5 0 17-1-1 2-1 -keep_hist -префикс new_5_0_17_2.nii

например, скопируйте все данные, где i = 3, j = 19 и v = 2 (я не утверждаю, что знаю вескую причину для
this) nifti_tool -cci 3 19-1-1-1 2-1 -префикс new_mess.nii

См. "-Disp_ci" для получения дополнительной информации (который отображает / печатает данные, а не копирует их.
в новый набор данных).

Дисплей кредита

-disp_hdr : отображать поля nifti_1_header для наборов данных

Этот флаг означает, что пользователь желает видеть некоторые из полей nifti_1_header в одном или нескольких
наборы данных nifti. Пользователь может захотеть указать вместе с этим несколько параметров "-field".
Эта опция требует ввода одного или нескольких файлов через "-infiles".

Если параметр «-field» не указан, будут отображаться все поля.

например, для отображения содержимого всех полей: nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii

например, для отображения содержимого полей выбора: nifti_tool -disp_hdr -field dim -infiles
dset0.nii nifti_tool -disp_hdr -field dim -field descrip -infiles dset0.nii

-disp_ним : отображать поля nifti_image для наборов данных

Эта опция флага работает так же, как опция "-disp_hdr", за исключением того, что поля в
вопрос взят из структуры nifti_image.

-disp_ana : отображать поля nifti_analyze75 для наборов данных

Эта опция флага работает так же, как опция "-disp_hdr", за исключением того, что поля в
вопрос взят из структуры nifti_analyze75.

-disp_exts : отображать все расширения типа AFNI

Эта опция флага используется для отображения всех данных nifti_1_extension, только для этих расширений.
типа AFNI (код = 4). Единственная другая используемая опция - это «-infiles».

например, для отображения расширений в наборах данных: nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii

-disp_ts IJK: отображать временные ряды ASCII в i, j, k = I, J, K

Эта опция используется для отображения данных временных рядов для вокселя с индексами i, j, k I, J, K.
Данные отображаются в виде текста, либо все в одной строке (по умолчанию), либо в виде одного числа на каждую.
строка (через параметр "-dci_lines").

Ноты:

Эта функция применима только к 4-мерным наборам данных.

Параметр «-quiet» может использоваться для подавления текстового заголовка, оставляя только данные.

Этот параметр является сокращением от использования "-disp_ci" (отображать свернутое изображение), ограниченного
4-х мерные наборы данных. то есть: -disp_ci ИЖК -1 -1 -1 -1

например, для отображения временного ряда в вокселе 23, 0, 172: nifti_tool -disp_ts 23 0 172
-infiles dset1_time.nii nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -dci_lines -infiles dset1_time.nii
nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -quiet -infiles dset1_time.nii

-disp_collapsed_image : отображать значения ASCII для свернутого набора данных

-disp_ci IJKTUVW: (более короткая, альтернативная форма)

Этот параметр используется для отображения всех данных из свернутого изображения с учетом размера
список. Данные отображаются в текстовом виде, либо все в одной строке (по умолчанию), либо как одна
количество в строке (с помощью флага "-dci_lines").

Параметр «-quiet» может использоваться для подавления текстового заголовка.

например, для отображения временного ряда в вокселе 23, 0, 172: nifti_tool -disp_ci 23 0 172-1 0 0 0
-infiles dset1_time.nii

например, для отображения z-среза 14 в момент времени t = 68: nifti_tool -disp_ci -1-1 14 68 0 0 0 -infiles
dset1_time.nii

См. "-Ccd" для получения дополнительной информации, которая копирует такие данные в новый набор данных вместо
выводит его в окно терминала.

Модификация кредита

-mod_hdr : изменить поля nifti_1_header для наборов данных

Это действие используется для изменения некоторых полей nifti_1_header в одном или нескольких наборах данных.
Пользователь должен указать список полей для изменения с помощью одной или нескольких опций "-mod_field",
которые включают имена полей вместе с новыми (набором) значений.

Пользователь может изменить набор данных на месте или использовать «-префикс» для создания нового набора данных, чтобы
какие изменения были применены. Обычно рекомендуется использовать "-префикс".
вариант, чтобы не испортить набор данных.

Обратите внимание, что некоторые поля имеют длину больше 1, что означает, что поле представляет собой массив
числа или строка символов. Чтобы изменить массив чисел, пользователь должен
укажите правильное количество значений и заключите эти значения в кавычки, чтобы они
рассматривается как единичный вариант.

Чтобы изменить строковое поле, заключите строку в кавычки.

Параметр -mod_field принимает имя_поля и список значений.

например, для изменения содержимого различных полей:

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field qoffset_x -17.325

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field dim »4 64 64 20 30 1 1 1
1"

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field описать "пиво, сосиски и
сыр, ммммм ... "

например, для изменения содержимого нескольких полей: nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles
dset0.ni -mod_field qoffset_x -17.325 -mod_field слайс_старт 1

например, для изменения содержимого нескольких файлов (необходимо перезаписать): nifti_tool -mod_hdr
-перезаписать -mod_field qoffset_x -17.325 -файлы dset0.nii dset1.nii

-mod_ним : изменить поля nifti_image для наборов данных

Эта опция действия используется так же, как и "-mod_hdr", за исключением того, что поля в
вопрос взят из структуры nifti_image.

-strip_extras : удалить расширения и описания из наборов данных

Это действие используется для попытки «очистить» набор данных от общего текста, чтобы сделать его
более анонимный. Этим действием очищаются расширения и поле описания nifti_image.

например, чтобы удалить все наборы данных * .nii в этом каталоге: nifti_tool -strip -overwrite -infiles
* .nii

-swap_as_nifti : поменять местами заголовок согласно nifti_1_header

Возможно, заголовок NIfTI сформирован неправильно, и пользователь явно хочет поменять его местами перед
выполнение других операций. Это действие поменяет местами байты поля в предположении
что заголовок имеет формат NIfTI.

** Рекомендуемый способ действий - сделать копию набора данных и перезаписать
заголовок через -overwrite. Если заголовок нуждается в такой операции, вероятно, что данные
иначе не было бы прочитано правильно.

-swap_as_analyze : поменять местами заголовок согласно nifti_analyze75

Возможно, заголовок ANALYZE сформирован неправильно, и пользователь явно хочет поменять его местами перед
выполнение других операций. Это действие поменяет местами байты поля в предположении
что заголовок имеет формат ANALYZE 7.5.

** Рекомендуемый способ действий - сделать копию набора данных и перезаписать
заголовок через -overwrite. Если заголовок нуждается в такой операции, вероятно, что данные
иначе не было бы прочитано правильно.

-swap_as_old : поменять местами заголовок старым методом

Начиная с версии библиотеки 1.35 (3 августа 2008 г.), nifticlib теперь меняет местами все поля NIfTI.
набор данных (включая НЕИСПОЛЬЗУЕМЫЕ), и он меняет местами наборы данных ANALYZE в соответствии с
структура nifti_analyze75. Это существенно отличается в случае АНАЛИЗА.
наборы данных.

Параметр -swap_as_old был добавлен для сравнения результатов методов подкачки или для
отменить один метод подкачки и заменить его другим (например, чтобы отменить старый метод и
применить новый).

Добавить, удаление кредита

-add_afni_ext EXT: добавить расширение AFNI в набор данных

Эта опция используется для добавления расширений типа AFNI к одному или нескольким наборам данных. Этот вариант может
использоваться более одного раза для добавления нескольких расширений.

Если EXT имеет форму "файл: ИМЯ ФАЙЛА", то расширение будет считано из файла,
ИМЯ ФАЙЛА.

Для создания нового набора данных рекомендуется использовать параметр «-prefix». В таком случае только
в качестве входных данных можно использовать один файл. Использование "-overwrite" позволяет пользователю перезаписывать
текущий файл или добавить расширения к нескольким файлам, перезаписав их.

например, чтобы добавить общее расширение AFNI: nifti_tool -add_afni_ext "вау, мое первое расширение"
-префикс dnew -файлы dset0.ni

например, чтобы добавить несколько расширений AFNI: nifti_tool -add_afni_ext "вау, мое первое расширение
:) " -add_afni_ext "смотри, мой второй ..." -префикс dnew -infiles dset0.nii

например, чтобы добавить расширение и перезаписать набор данных: nifti_tool -add_afni_ext "некоторые AFNI
расширение "-запись -файлы dset0.nii dset1.nii

-add_comment_ext EXT: добавить расширение COMMENT к набору данных

Эта опция используется для добавления расширений типа COMMENT к одному или нескольким наборам данных. Этот вариант
может использоваться более одного раза для добавления более одного расширения. Эта опция также может быть использована
с "-add_afni_ext".

Если EXT имеет форму "файл: ИМЯ ФАЙЛА", то расширение будет считано из файла,
ИМЯ ФАЙЛА.

Для создания нового набора данных рекомендуется использовать параметр «-prefix». В таком случае только
в качестве входных данных можно использовать один файл. Использование "-overwrite" позволяет пользователю перезаписывать
текущий файл или добавить расширения к нескольким файлам, перезаписав их.

например, чтобы добавить комментарий к набору данных: nifti_tool -add_comment "преобразованный из
MY_AFNI_DSET + orig " -префикс новый -файлы dset0.ni

например, чтобы добавить несколько расширений: nifti_tool -add_comment "добавить расширение комментария"
-add_afni_ext "и расширение стиля AFNI XML" -добавить комментарий "набор данных скопирован из
dset0.nii " -префикс dnew -infiles dset0.nii

-rm_ext ИНДЕКС: удалить расширение, данное ИНДЕКС

Эта опция используется для удаления любого отдельного расширения из набора данных. Несколько расширений
требуется несколько вариантов.

примечания - индексы расширений начинаются с 0 (нуля)

для просмотра текущих расширений см. "-disp_exts"

все расширения можно удалить, используя ALL или -1 для INDEX

например, чтобы удалить расширение # 0: nifti_tool -rm_ext 0 -overwrite -infiles dset0.nii

например, чтобы удалить ВСЕ расширения: nifti_tool -rm_ext ALL -prefix dset1 -infiles dset0.nii
nifti_tool -rm_ext -1 -префикс dset1 -infiles dset0.nii

например, чтобы удалить расширения №2, №3 и №5: nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext 3 -rm_ext 5
-записать -файлы dset0.ni

разница кредита

-diff_hdr : отображать различия в полях заголовков между двумя наборами данных

Эта опция используется для поиска различий между двумя наборами данных. Если какие-либо поля
различное, отображается содержимое этих полей (если не используется опция "-quiet").

Список полей можно указать с помощью нескольких параметров «-field». Если нет "-поля"
задана опция, все поля будут проверены.

Ровно два имени набора данных должны быть указаны через «-infiles».

например, чтобы отобразить все различия полей nifti_1_header: nifti_tool -diff_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii

например, для отображения выбранных различий полей nifti_1_header: nifti_tool -diff_hdr -field dim
-поле намерение_код -файлы dset0.nii dset1.nii

-diff_ним : отображать различия поля nifti_image между наборами данных

Этот параметр работает так же, как "-diff_hdr", за исключением того, что рассматриваемые поля взяты из
структура nifti_image.

Прочее кредита

-отлаживать УРОВЕНЬ: установить уровень отладки

Уровень 0 будет пытаться работать без вывода на экран, но с ошибками. Уровень 1 - это
дефолт. Уровни 2 и 3 дают все больше информации.

например -debug 2

-field FIELDNAME: укажите поле для работы

Эта опция используется для предоставления поля для отображения, изменения или сравнения. Этот вариант может быть
используется вместе с одним из вариантов действий, представленных выше.

См. "-Disp_hdr" выше для полных примеров.

например, nifti_tool -field descrip например, nifti_tool -field descrip -field dim

-файлы file0 ...: предоставить список файлов для работы

Этот параметр необходим для любого действия, чтобы предоставить список файлов для
процесс. Если имена входных файлов не имеют расширения, каталог, в котором выполняется поиск
любые подходящие файлы (например, .nii или .hdr).

Примечание: если имя файла имеет вид MAKE_IM, то будет создан новый набор данных без
необходимость ввода файла.

См. "-Mod_hdr" выше для полных примеров.

например, nifti_tool -infiles file0.nii например, nifti_tool -infiles file1.nii file2 file3.hdr

-mod_field NAME "VALUE_LIST": укажите новые значения для поля

Этот параметр необходим для любых действий по модификации. Если пользователь хочет изменить
любые поля набора данных, здесь указываются поля и значения.

NAME - это имя поля (либо в структуре nifti_1_header, либо в nifti_image
структура). Если опция действия - "-mod_hdr", то ИМЯ должно быть именем
поле nifti_1_header. Если действие - "-mod_nim", ИМЯ должно быть из nifti_image
структуры.

VALUE_LIST должен быть одним или несколькими значениями, необходимыми для поля, содержащегося в
кавычки, если предоставлено более одной.

Используйте nifti_tool -help_hdr, чтобы получить список полей nifti_1_header. Используйте nifti_tool
-help_nim ", чтобы получить список полей nifti_image

См. "-Mod_hdr" выше для полных примеров.

например, изменение полей nifti_1_header: -mod_field описание "тога, тога, тога"

-mod_field qoffset_x 19.4 -mod_field qoffset_z -11

-mod_field pixdim "1 0.9375 0.9375 1.2 1 1 1 1"

-keep_hist : добавить команду как КОММЕНТАРИЙ (в "историю")

Когда используется эта опция, текущая команда будет добавлена ​​как тип NIFTI_ECODE_COMMENT
расширение. Это дает возможность вести историю команд, влияющих на набор данных.

например -keep_hist

-записать : во входные файлы будут внесены любые изменения

Эта опция используется для того, чтобы все модификации полей, включая добавление расширений или
удаления будут внесены в файлы, которые вводятся.

Как правило, пользователю рекомендуется использовать параметр «-префикс» для создания новых файлов. Но
если предпочтительнее перезапись содержимого входных файлов, вот как это сделать.

См. "-Mod_hdr" или "-add_afni_ext" выше для полных примеров.

например, перезаписать

-префикс : укажите выходной файл для записи изменений

Эта опция используется для указания выходного файла для записи после внесения изменений.
сделал. Если вносятся изменения, то требуется либо «-prefix», либо «-overwrite».

Если расширение не задано, выходным расширением будет «.nii».

например -prefix new_dset например -prefix new_dset.nii например -prefix new_dset.hdr

-тихо : сообщать только об ошибках или запрошенной информации

Эта опция эквивалентна «-debug 0».

Помощь кредита

-Помощь : показать эту справку

например, nifti_tool -help

-help_hdr : показать информацию о поле nifti_1_header

например, nifti_tool -help_hdr

-help_ним : показать информацию о поле nifti_image

например, nifti_tool -help_nim

-help_ana : показать информацию о поле nifti_analyze75

например, nifti_tool -help_ana

-help_типы данных [TYPE]: отображать таблицу типов данных

например, nifti_tool -help_datatypes например, nifti_tool -help_datatypes N

Это отображает содержимое таблицы nifti_type_list. Дополнительная буква "D" или "N"
параметр ограничивает имя типа именами "DT_" или "NIFTI_TYPE_", "T" будет проверять.

-вер : показать номер версии программы

например, nifti_tool -ver

-история : показать историю изменений программы

например, nifti_tool -hist

-nifti_ver : показать номер версии библиотеки nifti

например, nifti_tool -nifti_ver

-nifti_hist : показать историю изменений библиотеки nifti

например, nifti_tool -nifti_hist

-with_zlib : распечатать, была ли библиотека скомпилирована с помощью zlib

например, nifti_tool -with_zlib

ПРИМЕРЫ

A. проверки заголовок (для проблемы):

1. nifti_tool -check_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii 2. nifti_tool -check_hdr -infiles
* .nii * .hdr 3. nifti_tool -check_hdr -quiet -infiles * .nii * .hdr

B. произошел заголовок различия:

1. nifti_tool -diff_hdr -поле dim -поле намерение_код -файлы dset0.nii dset1.nii

2. nifti_tool -diff_hdr -new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -файлы my_dset.nii MAKE_IM

C. дисплей структур or поля:

1. nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii 2. nifti_tool -disp_hdr
-field dim -field descrip -infiles dset.nii 3. nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
dset1.nii dset2.nii 4. nifti_tool -disp_ts 23 0 172 -infiles dset1_time.nii 5. nifti_tool
-disp_ci 23 0 172-1 0 0 0 -infiles dset1_time.nii

6. nifti_tool -disp_ana -infiles analysis.hdr 7. nifti_tool -disp_nim -infiles nifti.nii

D. Создайте a новый Набор данных от ничего такого:

1. nifti_tool -make_im -prefix new_im.nii 2. nifti_tool -make_im -prefix float_im.nii
-new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -new_datatype 16

3. nifti_tool -mod_hdr -mod_field descrip «набор данных с модами» -new_dims 3 10 20 30 0 0 0
0 -префикс new_desc.nii -infiles MAKE_IM

E. копия набор данных кирпич список or рухнули Изображение:

1. nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii 2. nifti_tool -cbl -prefix
new_07.nii -infiles dset0.nii "[0,7]" 3. nifti_tool -cbl -prefix new_partial.nii -файлы
dset0.nii "[3 .. $ (2)]"

4. nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1 -префикс new_5_4_17.nii 5. nifti_tool -cci 5 0 17 -1
-1 2 -1 -keep_hist -префикс new_5_0_17_2.nii

F. изменять заголовок (изменить поля or обмен весь заголовок):

1. nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field dim »4 64 64 20 30 1 1
1 1 "

2. nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field descrip "пиво, сосиски"
и сыр, ммммм ... "

3. cp old_dset.hdr nifti_swap.hdr nifti_tool -swap_as_nifti -overwrite -infiles
nifti_swap.hdr 4. cp old_dset.hdr analysis_swap.hdr nifti_tool -swap_as_analyze -overwrite
-infiles analysis_swap.hdr 5. nifti_tool -swap_as_old -prefix old_swap.hdr -infiles
old_dset.hdr nifti_tool -diff_hdr -infiles nifti_swap.hdr old_swap.hdr

G. полоса, or удаление расширения: (в примере №3 расширение копируется из текста
файл)

1. nifti_tool -strip -overwrite -infiles * .nii 2. nifti_tool -add_comment "преобразованный из
MY_AFNI_DSET + orig " -префикс dnew -infiles dset0.nii

3. nifti_tool -добавить комментарий "файл: my.extension.txt" \ fR -префикс dnew -infiles dset0.nii

4. nifti_tool -rm_ext ВСЕ -prefix dset1 -infiles dset0.nii 5. nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext
3 -rm_ext 5 -запись -файлы dset0.ni

Используйте nifti_tool онлайн через сервисы onworks.net