Это команда obminimize, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
ограничивать - оптимизировать геометрию, минимизировать энергию молекулы
СИНТАКСИС
ограничивать [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] имя файла
ОПИСАНИЕ
Инструмент obminimize может использоваться для минимизации энергии молекул внутри (мульти) молекулы.
файлы (например, MOL2 и т. д.)
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Если имя файла не указано, obminimize предоставит все параметры, включая доступные
силовые поля.
-n шага
Укажите максимальное количество шагов (по умолчанию = 2500)
-cg Использовать алгоритм сопряженных градиентов (по умолчанию)
-сд Использовать алгоритм наискорейшего спуска
-c Критерии
Установить критерии сходимости (по умолчанию = 1e-6)
-FF. силовое поле
Выберите силовое поле
ПРИМЕРЫ
Просмотрите возможные варианты, включая доступные силовые поля:
ограничивать
Минимизируйте энергию молекулы (ей) в файле test.mol2:
уменьшить test.mol2
Минимизируйте энергию молекулы (ей) в файле test.mol2, используя химическое силовое поле:
obminimize -ff Химический тест.mol2
Минимизируйте энергию молекулы (ей) в файле test.mol2, взяв не более 300 геометрических фигур.
шаги оптимизации
уменьшить -n 300 тест.моль2
Минимизируйте энергию молекулы (ей) в файле test.mol2 с помощью наискорейшего спуска.
алгоритм и критерии сходимости 1e-5:
obminimize -sd -c 1e-5 test.mol2
Используйте obminimize онлайн с помощью сервисов onworks.net
