Это каталог команд, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
palogist - Проведите общегеномный ассоциативный анализ с использованием логистической модели
СИНТАКСИС
палогист [ командной строки кредита ]
ОПИСАНИЕ
палогист эффективно выполняет линейную регрессию для больших наборов условно исчисленных данных.
Возможности
необходимые команду линия кредита
-п, - фено ФАЙЛОВ
Считайте данные фенотипа из ФАЙЛОВ
-я, --Информация ФАЙЛОВ
Прочтите информацию о SNP из ФАЙЛОВ (например, файл MLINFO).
-д, --доза ФАЙЛОВ
Имя файла предиктора SNP (например, MLDOSE / MLPROB).
По желанию команду линия кредита
-м, --карта ФАЙЛОВ
Имя файла карты, содержащего позиции пар оснований для каждого SNP.
-н, --ниды НОМЕР
Количество людей для анализа.
-с, --хром ФАЙЛОВ
Хромосома (передается на вывод).
-о, --из ФАЙЛОВ
Имя выходного файла (по умолчанию регрессия.out.txt ).
-с, - пропустить НОМЕР
Сколько столбцов пропустить в файле предиктора (доза / вероятность) (по умолчанию 2).
-т, --нтрайты НОМЕР
Сколько черт анализируется (по умолчанию 1).
-грамм, --ngpreds НОМЕР
Сколько столбцов предикторов на маркер (по умолчанию 1 = MLDOSE; в противном случае используйте 2 для MLPROB).
-a - сепарат ФАЙЛОВ
Символ для разделения полей (по умолчанию - пробел).
-р, --счет
Воспользуйтесь оценочным тестом.
-е, - без головы
Не сообщать строку заголовка в выводе.
-l --allcov
Сообщайте оценки для всех ковариат (большие результаты!).
-б, --взаимодействие
Какую ковариату использовать для взаимодействия с анализом SNP (по умолчанию нет
взаимодействие, 0).
-к, --interaction_only
Подобно --взаимодействие но без ковариаты, действующей во взаимодействии с SNP (по умолчанию
нет взаимодействия, 0).
-в, --mmscore ФАЙЛОВ
Оценка теста в выборках связанных лиц. Аргумент FILE - это имя
файл с обратной корреляционной матрицей. ОБРАТИТЕ ВНИМАНИЕ, ЧТО ЭТА ФУНКЦИЯ ВСЕ ЕЩЕ
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ!
--крепкий
Сообщайте о надежных стандартных ошибках (также известных как сэндвич, или Хьюберта-Уайта).
--Помогите Распечатать справку.
Воспользуйтесь палогистом онлайн с помощью сервисов onworks.net
