Это команда parseval, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
parseval - сравнительный анализ двух альтернативных источников аннотации
СИНТАКСИС
парсеваль [кредита] ссылка.gff3 предсказание.gff3
ОПИСАНИЕ
Основные варианты:
-d| --debug:
Распечатать отладочные сообщения
-h| --help:
Распечатать справочное сообщение и выйти
-l| --delta: INT
Удлините локусы генов этим количеством нуклеотидов; по умолчанию 0
-V| --verbose:
Печатать подробные предупреждающие сообщения
-v| --version:
Распечатать номер версии и выйти
Варианты вывода:
-a| --datashare: STRING
Местоположение, из которого копируются общие данные для вывода HTML (если `make install 'не
еще был запущен)
-f| --outformat: STRING
Укажите желаемый формат вывода; возможные варианты: 'csv', 'text' или 'html'
(по умолчанию = 'текст'); в режиме «текст» или «csv» будет создан один файл; в 'html'
режим, создаст каталог
-g| --nogff3:
Не печатать вывод GFF3, соответствующий каждому сравнению
-o| --outfile: ИМЯ ФАЙЛА
Файл / каталог, в который будет записан вывод; по умолчанию - терминал (STDOUT)
-p| --nopng:
В режиме вывода HTML пропустить создание графики PNG для каждого локуса гена.
-s| --сводка:
Печатать только сводную статистику, не печатать отдельные сравнения
-w| --записать:
Принудительная перезапись любых существующих выходных файлов
-x| --refrlabel: STRING
Необязательная метка для справочных аннотаций
-y| --predlabel: STRING
Необязательная метка для аннотаций прогнозов
Параметры фильтрации:
-k| --makefilter
Создайте файл конфигурации по умолчанию для фильтрации полученных результатов и выйдите,
не проводить никаких сравнений
-r| --filterfile: STRING
Используйте указанный файл конфигурации для фильтрации полученных результатов;
-t| --maxtrans: INT
Максимальное количество транскриптов, разрешенных на локус; используйте 0, чтобы отключить ограничение; по умолчанию 32
Используйте parseval онлайн с помощью сервисов onworks.net
