Это команда pbdagcon, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
pbdagcon - консенсус последовательностей с использованием ориентированных ациклических графов
ОПИСАНИЕ
пбдагкон - это инструмент, реализующий DAGCon (Консенсус направленного ациклического графа), который является
алгоритм консенсуса последовательности, основанный на использовании направленных ациклических графов для кодирования нескольких
выравнивание последовательностей.
Он использует информацию о выравнивании из хулиган(1) для выравнивания считывания последовательности с «остовом»
последовательность. На основе лежащего в основе ориентированного ациклического графа (DAG) он сможет
использовать новую информацию из чтений, чтобы найти расхождения между чтениями и
«магистральные» последовательности. Затем к группе DAG применяется процесс динамического программирования,
найти оптимальную последовательность оснований как консенсус. Новый консенсус можно использовать как
новая базовая последовательность для многократного улучшения качества консенсуса.
Хотя код разработан для обработки необработанных данных последовательности PacBio ™, алгоритм может
использоваться для достижения общего консенсуса. В настоящее время требуется только ввод FASTA. Для короче
читать последовательности, может потребоваться настроить хулиган(1) параметры выравнивания, чтобы получить
строка выравнивания правильно.
Код и лежащая в основе графическая структура данных использовались для некоторого алгоритма.
разработка прототипа, включая поэтапное чтение, предварительную сборку и работу над
генерировать консенсус из промежуточных выходных данных Celera Assembler.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Сводка параметров доступна в меню справки программы.
--Помогите Показать сводку опций.
Используйте pbdagcon онлайн с помощью сервисов onworks.net
