PerM - онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

химическая завивка - Эффективное отображение коротких чтений с периодическими разнесенными начальными числами

Если у вас есть какие-либо вопросы по использованию, отправьте электронное письмо «yanghoch at usc dot edu».

СИНТАКСИС

Чтобы использовать командную строку, введите химическая завивка с аргументами в порядке.

ПРИМЕРЫ

Что касается односторонний гласит:

химическая завивка ссылка Читает [кредита]

Примеры:

химическая завивка Ref.fasta Reads.fasta -v 5 -o out.mapping -u ummappedReads.fa

химическая завивка RefFilesList.txt ReadsSetFilesList.txt -v 5 -u unmappedReads.fa -E

химическая завивка Ref.fasta Reads.csfasta -v 5 -m -s my.index --delimiter ´, ´ --seed F3

химическая завивка my.index SingleEndReads.csfasta -v 5 -o out.sam -k 10 -a ambiguous10.csfasta

Что касается парный конец гласит:

химическая завивка ссылка -1 F3_Чтение -2 R3_Чтение [кредита]

Примеры:

химическая завивка исх. ref.fa -1 F3.fa -2 R3.fa -U 3000 -L 100 -v 5 -A -m -s -o out.sam

химическая завивка ref.txt -1 F3.fq -2 R3.fq -v 5 -m -s my.index -o out.mapping --seed F3

химическая завивка my.index -1 F3.fq -2 R3.fq -U 3000 -L 100 -v 5 -A -o out.sam

к строить an индекс только:

химическая завивка ссылка Чтение_длины --readFormat <.csfasta | .fasta> -m -s индекс путь --семя F3

Пример:

химическая завивка hg18.txt 50 --readFormat .csfasta -m -s hg18_50_SOLiD.index

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

необходимые аргументы

· Справочный файл должен быть в формате FASTA с либо .фаста, .fnaили .fa
расширение файла. Для транскриптома с несколькими генами или изоформами в качестве ссылки,
объединить все последовательности FASTA в один файл FASTA. В качестве альтернативы, если есть
много файлов, например, по одному на хромосому, например, от chr1.fa до chrY.fa, содержат список FASTA
имена файлов по одному в каждой строке файла, имеющего .текст расширение. В .текст Важно
потому что PerM проверяет расширение файла, чтобы узнать, является ли входной файл списком
имена файлов. Имена файлов должны включать путь к файлу (относительный или абсолютный), если только
все файлы FASTA находятся в том же каталоге, из которого запускается PerM.

· Читаемые файлы должны быть в формате .fasta, .fastq, .csfasta или .csfastq. Пермь
анализирует файл в соответствии с его расширением или форматом, явно указанным
--readFormat флаг. Если имеется несколько файлов для чтения, укажите каждое имя файла, один
на строку в файле .txt. PerM принимает его в качестве входных данных и может отображать несколько наборов чтения в
параллельно, автор [http://en.wikipedia.org/wiki/OpenMP ОпенМП].

Короткий Опции (сгруппированы by Связанный функциональность)

-A Результат ВСЕ выравнивания в пределах порога рассогласования (см. -v вариант), сквозной.

-B Результат лучший выравнивания с точки зрения несовпадения порога (см. -v вариант). Для
Например, если считывание не имеет точных совпадений, два несоответствия единичных базовых
выравнивания, и дополнительные выравнивания с большим количеством несовпадений, только два одиночных
базовые несоответствия выравнивания будут выведены. -B является режимом по умолчанию, если ни один из -A or -B
указан.

-E Выводить только однозначно сопоставленные чтения осталось после лучший выбор вниз был
применяется, если применимо. В сочетании с -A вариант, только чтение с одним
выравнивание в пределах порога рассогласования (см. -v option) будет выводиться.

-v Максимальное допустимое количество несовпадений (или разрешенное на каждом конце для считывания на конце пары).
Значение по умолчанию - это количество несовпадений, при которых использованное начальное число полностью чувствительно.
к.

-k Задает максимальное количество выравниваний для вывода. Значение по умолчанию - 200, если
Флаг -k не указан. Выравнивания для отображения чтения на большее, чем максимальное число
позиции не выводятся. Используйте опцию -a для сбора чтений, которые превысили
Максимум

-t Количество оснований в конце каждого чтения, которое следует игнорировать. Например, если первые 5
базы используются в качестве штрих-кода или для индексации нескольких образцов вместе, используйте -t 5. Если нет
указано, никакие исходные базы игнорироваться не будут.

-T Количество баз в каждом считываемом для использования, начиная с любых баз, игнорируемых параметром -t.
Более поздние основания на 3х считываемого значения игнорируются. Например, -T 30 означает использовать только
первые 30 баз (сигналов) после любых баз игнорируются из-за опции -t.

-m Создайте справочный указатель без повторного использования сохраненного указателя, даже если он доступен.

-s путь
Сохраните ссылочный указатель, чтобы ускорить сопоставление в будущем. Если путь Не
указано, индекс будет создан в текущем рабочем каталоге (т.е.
PerM запускается из) с использованием имени индекса по умолчанию. Если путь это каталог, индекс
будет создан в указанном каталоге с использованием имени индекса по умолчанию (каталог
должен существовать; он не будет создан автоматически). Если путь путь к файлу,
index будет создан с указанным именем.

-o Путь файла
Имя выходного файла сопоставления при сопоставлении одного набора для чтения. Формат выходного файла
будет либо текстовым форматом с разделителями табуляции .mapping, либо форматом SAM как
определяется расширением имени выходного файла. Например, {{{-o out.sam}}}
выведет в формате SAM; {{{-o /path/to/out.mapping}}} будет выводиться в .mapping
формат. Использовать --Формат вывода чтобы переопределить это поведение. В -o вариант не применяется
когда несколько наборов чтения отображаются одновременно, чтобы воспользоваться преимуществами нескольких
CPU (ядра); увидеть -d вариант на тот случай.

-d путь
Каталог вывода для сопоставления выходных файлов при сопоставлении нескольких наборов чтения (output
файлы будут названы автоматически). Если указанный каталог не существует,
выходной каталог будет создан при условии, что родительский каталог существует. Если -d
не указан, файлы будут записаны в каталог, из которого запускается PerM.
Примечание: если -d Путь файла указывается при отображении одного набора чтения, путь будет
предварял Путь файла; однако это использование не рекомендуется.

-a Путь файла
Создайте файл FASTA (FASTQ) для операций чтения, отображаемых в большее количество позиций, чем пороговое значение.
указывается -k или по умолчанию 200.

-b Путь файла
Создайте файл FASTA (FASTQ) для операций чтения, длина которых короче ожидаемой, или
странные персонажи.

-u Путь файла
Создайте файл FASTA (FASTAQ) несопоставленных операций чтения. Когда отображается один набор для чтения,
имя файла указывает имя выходного файла. Когда отображается несколько наборов чтения,
имя файла не имеет значения, и его следует опустить; файлы неотображенных последовательностей будут
автоматически получает имя и создается в каталоге, из которого запускается PerM.

Длинное Опции

--ambiguosReadOnly
Выведите только неоднозначное сопоставление, чтобы найти повторы (похожие области в пределах замены
порог). Когда эта опция указана, считывает то, что сопоставлено с превышением номера сопоставления.
пороговое значение, указанное с помощью -k, все равно будет печататься.

--ambiguosReadInOneLine
Функция utput отображает более k мест в одной строке. Когда эта опция
указано, считывает то, что сопоставлено с порогом превышения числа сопоставлений, указанным с помощью -k, будет
по-прежнему печатаются, но печатаются в одну строку.

--noSamHeader
Не включайте заголовок SAM. Это упрощает объединение нескольких SAM.
выходные файлы.

--includeReadsWN
Карта читает с равным или меньшим количеством оснований N или ´.´, чем указанный порог на
кодирование N или ´.´ как A или 3. Чтения с большим числом ´N´ будут отброшены. По умолчанию
установка отбрасывает чтение с любыми «N».

--statsOnly
Выводить статистику сопоставления только в стандартный вывод, без сохранения выравниваний в файлы.

--ignoreQS
Игнорируйте оценки качества в файлах FASTQ или QUAL.

--printNM
Когда доступны оценки качества, используйте этот флаг, чтобы напечатать количество несоответствий,
вместо оценок несоответствия в формате сопоставления.

--семя {F ,, 0 ,, | F ,, 1 ,, | F ,, 2 ,, | F ,, 3 ,, | F ,, 4 ,, | S ,, 11 ,, | S ,, 20 ,, | S ,, 12 ,,}
Укажите образец посевного материала. Семена F ,, 0 ,,, F ,, 1 ,,, F ,, 2 ,,, F ,, 3 ,,, и F ,, 4 ,, представляют собой
полностью чувствителен к 0-4 несовпадениям соответственно. Семена S ,, 11 ,, S ,, 20 ,, S ,, 12 ,,
разработаны для секвенсора SOLiD. Семя S ,, kj ,, полностью чувствительно к k
соседние пары несовпадений (подпись SNP - цветовое пространство) и j изолированных несовпадений.
Видеть [http://code.google.com/p/perm/wiki/Algorithms страница алгоритма] для получения дополнительной информации
информация о семенах.

--refФормат {фаста | список | индекс }
Предположим, что последовательность (и) ссылок находится в указанном формате, вместо того, чтобы угадывать
в соответствии с расширением файла.

--readFormat |{фаста | быстро | csfasta | csfastq}
Предположим, что чтения выполняются в указанном формате, вместо того, чтобы угадывать в соответствии с
файл (ы) ´ расширение.

--Формат вывода { Сэм | отображение }
Переопределите параметр формата отображения вывода по умолчанию или укажите его явно, когда
расширение выходного файла не является .sam или .mapping.

- разделитель колесница
колесница - это символ, используемый в качестве разделителя для разделения идентификатора чтения и символа
дополнительная информация в строке с> при чтении файла FASTA или CSFASTA.

--бревно Путь файла
Путь файла указывает имя файла журнала, который содержит статистику сопоставления
это также будет напечатано на экране.

--forwardOnly
Карта читает только прямую ветвь: (Это для SOLiD Strand
последовательность действий).

--reverseOnly
Карта читает только обратную цепочку: (Это для SOLiD Strand
последовательность действий)

Опции для Парный конец Читает

PerM обрабатывает сопряженные чтения, сопоставляя каждый конец отдельно. Все комбинации
сопряженные пары, отображающие одну и ту же эталонную последовательность, будут выведены, если их разделение
в разрешенном диапазоне, как указано -L и -U флаги.

-e Исключить неоднозначные парные.

-L / --нижняя граница Int
нижняя граница разделительного расстояния между парами

-U / --верхняя граница Int
верхняя граница разделительного расстояния между парами

Верхняя и нижняя границы могут быть отрицательными, что может вызвать перестановку
вариации. Использовать -A аргумент, чтобы не пропустить правильные пары. Однако это может
значительно увеличьте время работы, если оба конца находятся в повторяющихся областях.

--пт Сопоставить чтение с парным концом только с другой цепью

--ff Сопоставить чтение с парным концом только с одной и той же цепью

--printRefSeq
Распечатайте сопоставленную ссылочную парную последовательность как два последних столбца в .mapping.
формат. | Параметр по умолчанию отображает отображение как в одной, так и в разных цепях.

DEFAULT НАСТРОЙКИ

Ниже приведены настройки по умолчанию, когда соответствующий параметр командной строки не установлен.
указано. Укажите возможность изменения настроек по умолчанию.

· Допускайте только два несовпадения только на каждом конце и используйте семя F ,, 2 ,, S ,, 11 ,, или F ,, 3 ,,
, выбранных в соответствии с длинами и типами чтения.

· Выведите наилучшие совпадения для каждого считывания с точки зрения количества несовпадений.

· Выходные файлы в *.mapping формат.

· Выполняет поиск сохраненного индекса с именем файла по умолчанию перед построением нового индекса.

· Не будет сохранять индекс в файле, если не указан {{{-s}}}.

· Для парных считываний концов допустимое разделительное расстояние по умолчанию составляет 0–3000 пар оснований. Изменять
с -L и -U настройки.

Параллельные Карт

PerM одновременно сопоставляет несколько наборов чтения в списке, запрашивая один и тот же индекс. Так и будет
определить, сколько процессоров (ядер) доступно, и назначить каждому из них набор для чтения. Если читать
набор завершен, следующий набор считываний в списке будет обработан автоматически. Каждый набор для чтения
будет иметь собственный выходной файл сопоставления. Чтобы лучше использовать все ЦП на узле, большие чтения
набор следует разделить на множество небольших наборов для чтения и поместить в список. Когда несколько узлов
используется в той же файловой системе, индекс должен быть предварительно построен одним узлом; другой
узлы будут читать предварительно созданный индекс без повторного построения индекса. Без предварительно созданного индекса,
каждая машина будет пытаться построить свой собственный индекс, тратя время ЦП и дисковое пространство.

Выход Коды

PerM устанавливает код выхода на 0 после успешного завершения, нормальное поведение Unix. Если
программа завершается с помощью Ctrl-C (SIGINT), код выхода будет 2, номер для SIGINT
(См. человек убивать). Если вы вызываете PerM с другого языка, вы можете проверить код возврата
и сделай что-нибудь умное. Вот пример псевдокода Perl:

while (... какой-то цикл ...) {
мой $ cmd = "PerM ... аргументы и переключатели";
мой $ ec = system ($ cmd);
if ($ ec == 2) {
print STDERR "PerM прервана с помощью Ctrl-C. Остановка выполнения. \ n \ n";
# Может быть, сделать некоторую очистку, например, удалить небольшие файлы, в которые был прочитан файл.
# разделить на для параллельной обработки.
выход ($ ec);
}
}

Используйте Пермь on Galaxy

Благодаря профессору Антону Некрутенко и Келли Винсент из PSU, теперь вы можете использовать PerM на
[http://test.g2.bx.psu.edu/ Галактика тестXNUMX сервер]. Перейдите по гиперссылке на страницу Galaxy,
и щелкните NGS: Mapping в меню инструментов. Пожалуйста, выбери Карта Пермь для Твердый и
Illumina. Вы можете загрузить свой собственный справочник или использовать предварительно созданный индекс hg19 в системе.
Пожалуйста, напишите мне, если у вас возникнут трудности. Как только система докажет свою стабильность,
он будет перемещен на главный сервер Galaxy с более предварительно созданным справочным индексом.

Ед. Тест

При разработке PerM был также подготовлен тестовый модуль cppUnit. Если ты
Если вас интересует тестовый код для PerM, напишите мне.

Используйте PerM онлайн с помощью сервисов onworks.net