Это команда PerseusD, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
AmpliconNoise - удаление шума из данных нуклеотидной последовательности с высокой пропускной способностью
Версия
Эта документация относится к версии 1.22.
СИНТАКСИС
Посмотреть /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz для получения подробной информации о том, как работать.
ОПИСАНИЕ
Включены следующие инструменты. Большинство из них имеют эквивалент MPI, например
SeqNoise имеет эквивалент SeqNoiseM, который можно использовать с mpirun.
FastaUnique - удаляет репликацию файла fasta
-в строке имя входного файла
Опции:
FCкластер
-в строке расстояние имя входного файла
-out строка выходной файл-заглушка
Опции:
-r разрешение
-средняя навеска
-w использовать веса
-i читать идентификаторы
-s шкала расст.
NDist - попарная матрица расстояний последовательности Нидлмана-Вунша из файла fasta
-в строке имя файла fata
Опции:
-i выходные идентификаторы
Perseus - убивает монстров
-sin строка имя файла seq
Опции:
-tin файл последовательности ссылок на строку
-a выравнивание вывода
-d использовать дисбаланс
-rin имя файла поиска строки
ПироДист - матрица попарных расстояний от потоковых диаграмм
-в строке имя файла потока
-out заглушка из файловой заглушки
Опции:
-ni нет индекса в файле данных
-rin имя файла поиска строки
Пирошум - кластеры блок-схем без совмещений
-din имя файла потока строки
-out имя входного файла кластера строк
-lin файл списка строк
Опции:
-v подробный
-c двойное начальное отсечение
-ni нет индекса в файле данных
-s двойная точность
-rin имя файла поиска файла
SeqDist - матрица попарных расстояний из фаста файла
-в строке имя фаста файла
Опции:
-i выходные идентификаторы
-rin имя файла поиска строки
SeqNoise - последовательности кластеров
-в строке имя файла последовательности
-din строка имя файла матрицы расстояний
-out имя входного файла кластера строк
-lin файл списка строк
Опции:
-min файл сопоставления
-v подробный
-c двойное начальное отсечение
-s двойная точность
-rin имя файла поиска строки
СплитКластерЧетный
-din строка имя файла
-min строка имя файла карты
-tin строковое дерево имя файла
-s раздельный размер
-m минимальный размер
Используйте PerseusD онлайн с помощью сервисов onworks.net.
