Это команда phybin, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
phybin - биннинг / кластеризация деревьев Newick по топологии
СИНТАКСИС
фибин [ВАРИАНТ...] файлов or каталоги...
ОПИСАНИЕ
PhyBin принимает файлы дерева Ньюика в качестве входных данных. Пути к файлам Newick можно передавать прямо на
командная строка. Или, если каталоги предоставлены, все файлы в этих каталогах будут
читать. Таксоны названы на основе файлов, содержащих их. Если файл содержит несколько
деревьями, все они читаются фитином, а название таксона включает суффикс, указывающий на
позиция в файле:
например, FILENAME_0, FILENAME_1 и т. д.
При кластеризации деревьев Фитин вычисляет полное расстояние Робинсона-Фулдса.
матрица. Если задано пороговое расстояние (расстояние редактирования дерева), то плоский набор
кластеры будут создаваться в файлах clusterXX_YY.tr. В противном случае будет получен полный
дендограмма.
Режим группирования обеспечивает особенно быструю и грязную форму кластеризации. При беге с
--bin вариант, только точно равные деревья помещаются в один кластер. Дерево
Однако предварительная обработка все еще применяется: например, сворачивание коротких ветвей.
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ЗАМЕТКИ:
* В настоящее время phybin игнорирует входные деревья с неправильным количеством таксонов.
* Если задан каталог в качестве входных данных, phybin будет считать, что все содержащиеся файлы являются деревьями Ньюика.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-v --подробный
распечатать ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ и другую информацию (рекомендуется сначала)
-V --версия
показать номер версии
-o DIR --выход=DIR
установить каталог для хранения всех выходных файлов (по умолчанию "./phybin_out/")
--Самооценочный тест
запускать внутренние модульные тесты
Кластеризация Опции
--bin Используйте простой биннинг, самую дешевую форму кластеризации.
--Один
Использовать одинарную кластеризацию (ближайший сосед)
--полный
Использовать кластеризацию с полной связью (самый дальний сосед)
--УПГМА
Использовать метод невзвешенной парной группы (средняя связь) - режим ПО УМОЛЧАНИЮ
- редактор=DIST
Объедините все кластеры, разделенные DIST или меньше. Сообщите плоский список кластеров.
Независимо от того, активирован ли он, иерархическая кластеризация
(dendogram.pdf).
Выберите Робинсон-Фулдс (симметричный разница) расстояние алгоритм:
--хэшрф
(по умолчанию) использовать вариант алгоритма HashRF для матрицы расстояний
- терпимый
использовать более медленную, модифицированную метрику РФ, которая допускает отсутствие таксонов
Визуализация
-g --graphbins
использовать graphviz для создания выходных файлов .dot и .pdf
-d --drawbins
" У аборигенов -g, но откройте окна графического интерфейса, чтобы показать дерево каждого бункера
-w --Посмотреть
для удобства "режим просмотра" просто отображает входные файлы Newick без биннинга.
--деревья
Распечатайте (текстовую) топологию дерева внутри узлов дендрограммы
--выделять=ФАЙЛОВ
Выделите узлы в дереве деревьев (дендрограмме) в соответствии с. данное дерево
файл. Допускаются множественные выделения с использованием разных цветов.
- интерьер
Покажите деревья консенсуса для внутренних узлов на дендограмме, а не просто
пунктов.
дерево предварительная обработка
--чернослив=СКОРОСТЬ
Подрезайте деревья только до TAXA, прежде чем делать что-либо еще. Разделенные пробелом и запятой
списки таксонов разрешены. Используйте цитаты.
-b LEN --minbranchlen=LEN
разрушение ветвей меньше LEN
--minbootstrap=INT
свернуть ветки со значениями начальной загрузки меньше INT
экстрагирование скорость имена
-p NUM --nameprefix=NUM
Имена листьев во входных деревьях Ньюика могут быть названиями генов, а не таксонов. Тогда это
типичен для извлечения названий таксонов из генов. Эта опция извлекает префикс NUM.
символы, служащие названием таксона.
-s STR --namesep=STR
Альтернатива --nameprefix, STR предоставляет набор символов-разделителей для
например, "-" или "0123456789". В этом случае название таксона представляет собой префикс переменной длины
каждое имя гена до, но не включая ни одного символа в STR.
-m ФАЙЛОВ --namemap=ФАЙЛОВ
Даже после того, как префиксы извлечены, может потребоваться использовать таблицу поиска для
вычислять названия таксонов, например, если несколько генов / плазмид отображаются на один таксон. Этот вариант
указывает текстовый файл с записями поиска / замены в форме " ",
которые применяются ПОСЛЕ -s и -p.
утилита Режимы
--rfdist
напечатать матрицу расстояний Робинсона-Фулдса для входных деревьев
--setdiff
для удобства распечатайте установленную разницу между кластерными * .txt файлами
--Распечатать
просто распечатайте краткую форму каждого входного дерева
--printnorms
просто распечатайте краткую и НОРМАЛИЗОВАННУЮ форму каждого входного дерева
- консенсус
распечатайте дерево строгого консенсуса для входных данных, затем выйдите
--соответствие
распечатать список имен деревьев, соответствующих любому --выделять аргумент
Используйте phybin онлайн с помощью сервисов onworks.net
