Это команда prettyplote, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
prettyplot - Нарисуйте выравнивание последовательности с красивым форматированием
СИНТАКСИС
красивый заговор -последовательности набор последовательностей [-matrixfile матрица] [-остатки перлины целое]
[-разбить целое] [-цветы логический] [-идентификация string]
[-сходство string] [-другой string] [-доколор логический] [-тень string]
[-парой массив] [-личность целое] [-Box логический] [-бокскол логический]
[-боксис string] [-имя логический] [-макснамелен целое] [-число логический]
[-листопции логический] [-множество плавать] [-консенсус логический]
[-коллизия логический] [-alternative список] [-шоу целое]
[-портрет логический] -граф график
красивый заговор -Помощь
ОПИСАНИЕ
красивый заговор это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Выравнивание: несколько, отображение».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
вход .
-последовательности набор последовательностей
-matrixfile матрица
Это файл матрицы оценок, используемый при сравнении последовательностей. По умолчанию это
файл EBLOSUM62 (для белков) или файл EDNAFULL (для нуклеиновых последовательностей). Эти
файлы находятся в каталоге data установки EMBOSS.
дополнительный .
-остатки перлины целое
Количество остатков, отображаемых в каждой строке Значение по умолчанию: 50
-разбить целое
Значение по умолчанию: $ (остаток на строку).
-цветы логический
Значение по умолчанию: Y
-идентификация string
Значение по умолчанию: КРАСНЫЙ.
-сходство string
Значение по умолчанию: ЗЕЛЕНЫЙ.
-другой string
Значение по умолчанию: ЧЕРНЫЙ.
-доколор логический
Значение по умолчанию: N
-тень string
Установите BPLW для нормального затенения (черный, бледный, светлый, белый), поэтому для пары = 1.5,1.0,0.5
и оттенок = BPLW Оценка остатков Цвет 1.5 или более ... ЧЕРНЫЙ (B) от 1.0 до 1.5 ... КОРИЧНЕВЫЙ
(P) от 0.5 до 1.0 ... ПШЕНИЦА (L) меньше 0.5 .... БЕЛЫЙ (W) Допускаются только четыре буквы
являются BPLW в любом порядке.
-парой массив
Значение по умолчанию: 1.5,1.0,0.5
-личность целое
-Box логический
Значение по умолчанию: Y
-бокскол логический
Значение по умолчанию: N
-боксис string
Значение по умолчанию: СЕРЫЙ.
-имя логический
Значение по умолчанию: Y
-макснамелен целое
Значение по умолчанию: 10
-число логический
Значение по умолчанию: Y
-листопции логический
Значение по умолчанию: Y
-множество плавать
Значение по умолчанию: @ ($ (sequence.totweight) / 2)
Консенсус .
-консенсус логический
Значение по умолчанию: N
-коллизия логический
Значение по умолчанию: Y
-alternative список
Значения 0: нормальная проверка на столкновение. (по умолчанию) 1: сравнивает идентичные оценки с
найден максимальный балл. Таким образом, если какой-либо другой остаток совпадает с таким же счетом, то коллизия
произошло. 2: Если у другого остатка больше или равно совпадающему баллу и
они не совпадают, значит, произошло столкновение. 3: проверяет все, что не входит в
текущий консенсус.Если какой-либо из них дает наивысший балл за совпадение или идентичные баллы
затем произошло столкновение.
-шоу целое
Значение по умолчанию: -1
-портрет логический
Значение по умолчанию: N
Результат .
-граф график
Используйте prettyplote в Интернете с помощью сервисов onworks.net
