Это команда probalign, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
probalign - выравнивает последовательности в MFAFILE (s) и выводит результат на стандартный вывод
ОПИСАНИЕ
PROBALIGN Version 1.4 (ноябрь 2010 г.) выравнивает несколько белковых последовательностей и распечатывает их по
стандартный вывод. Написано Сатишем Чиккагуударом и Усманом Рошаном с использованием кода от PROBCONS
версия 1.1 (написана Чуонг До) и основана на probA (написана Ульрикой Мукштайн).
PROBALIGN 1.4 поставляется СОВЕРШЕННО БЕЗ ГАРАНТИЙ. Это бесплатное программное обеспечение, и вы
добро пожаловать, чтобы распространять его при определенных условиях. Подробности смотрите в файле README.
Применение:
probalign [ВАРИАНТ] ... [MFAFILE] ...
Описание:
Выровняйте последовательности в MFAFILE (-ах) и распечатайте результат в стандартный вывод
-кластальв
использовать выходной формат CLUSTALW вместо MFA
-v, --подробный
сообщать о ходе выравнивания (по умолчанию: выключено)
-a, --выравнивание-порядок
печатать последовательности в порядке выравнивания, а не в порядке ввода (по умолчанию: выключено)
-T, -temperature
Устанавливает термодинамический температурный параметр.
(по умолчанию: 5 (для режима данных белков), 1 (для режима данных нуклеотидов)).
-score_matrix, --score_matrix
Устанавливает тип скоринговой матрицы, используемой для вычисления апостериорных вероятностей.
(по умолчанию: gonnet_160, представляющий гоннет 160, подробности см. в README)
-идти, --gap-open
Эта опция может использоваться для указания параметра открытия промежутка. По умолчанию для Gonnet
160 (белок) - 22, а нуклеотид (простая матрица) - 4.
-гэ, --gap-расширение
Этот параметр можно использовать для указания параметра расширения промежутка. По умолчанию для
Гоннет 160 (белок) равен 1, а нуклеотид (простая матрица) равен 0.25.
-нук
Укажите этот параметр, чтобы указать, что введенные последовательности являются нуклеотидными последовательностями.
-защита
Укажите этот параметр, чтобы указать, что введенные последовательности являются последовательностями белка.
[ПО УМОЛЧАНИЮ]
-showPP
Выводит апостериорные вероятности столбцов выравнивания в виде новой последовательности с именем
Апостериорные вероятности (значения вероятностей масштабируются между целыми числами
между 0 и 9 гг.)
Используйте probalign онлайн с помощью сервисов onworks.net
