Это команда probcons, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
пробконы - выравнивают несколько белковых последовательностей и выводят на стандартный вывод
СИНТАКСИС
пробконы [ВАРИАНТ] [МФАФАЙЛ] [МФАФАЙЛ]
ОПИСАНИЕ
пробконы представляет собой инструмент для создания множественных выравниваний белковых последовательностей. Используя
сочетание вероятностного моделирования и методов согласования, PROBCONS
достигла наивысшей точности из всех методов центровки на сегодняшний день. На BAliBASE
база данных сравнительного анализа, выравнивания, произведенные PROBCONS, показывают статистически
значительное улучшение по сравнению с текущими программами, содержащими в среднем на 7% правильнее
выровненные столбцы, чем у T-Coffee, на 11% более правильно выровненные столбцы, чем у
CLUSTAL W, и на 14% более правильно выровненные столбцы, чем у DIALIGN.
пробконы выравнивает последовательности, предоставленные в формате MFA. Этот формат состоит из нескольких
последовательности. Каждая последовательность в формате MFA начинается с однострочного описания, за которым следует
строки данных последовательности. Строка описания отличается от данных последовательности значком
символ «больше» («>») в первом столбце.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-кластальв
использовать выходной формат CLUSTALW вместо MFA
-c --последовательность ПРЕДСТАВИТЕЛИ
используйте 0 <= ПРЕДСТАВИТЕЛИ <= 5 (по умолчанию: 2) проходов преобразования согласованности
-ir --итеративное уточнение ПРЕДСТАВИТЕЛИ
используйте 0 <= ПРЕДСТАВИТЕЛИ <= 1000 (по умолчанию: 100) проходов итеративного уточнения
-пре --предварительная подготовка ПРЕДСТАВИТЕЛИ
используйте 0 <= ПРЕДСТАВИТЕЛИ <= 20 (по умолчанию: 0) раундов предварительной подготовки
-пары
генерировать все пары попарного выравнивания
-витерби
использовать алгоритм Витерби для генерации всех пар (автоматически включает -пары)
-v --подробный
Сообщать о ходе выравнивания (по умолчанию: выключено)
-аннот ИМЯ ФАЙЛА
написать аннотацию для множественного выравнивания ИМЯ ФАЙЛА
-t --тренироваться ИМЯ ФАЙЛА
вычислить вероятности перехода EM, сохранить в ИМЯ ФАЙЛА (по умолчанию: без обучения)
-e - выбросы
также переоценить вероятности выбросов (по умолчанию: выключено)
-p --paramfile ИМЯ ФАЙЛА
читать параметры из ИМЯ ФАЙЛА (дефолт: )
-a --выравнивание-порядок
печатать последовательности в порядке выравнивания, а не в порядке ввода (по умолчанию: выключено)
Используйте пробконы онлайн с помощью сервисов onworks.net
