proda - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

proda - множественное выравнивание белковых последовательностей с повторами и перестройками

СИНТАКСИС

продажа [вариант] [мфафайл] [> выходной]

ОПИСАНИЕ

Эта страница руководства кратко документирует продажа команда.

продажа (Protein Domain Aligner) - это общедоступное программное обеспечение для создания нескольких
выравнивания белковых последовательностей с повторами и перестройками, например, белки с
несколько доменов.

Учитывая набор последовательностей белков в качестве входных данных, ProDA сначала находит локальные попарные выравнивания.
между всеми парами последовательностей, затем формирует блоки выравниваемых фрагментов последовательности, и
наконец, генерирует несколько выравниваний блоков. ProDA опирается на многие используемые методы
in пробконы (<http://probcons.stanford.edu>), недавний множественный выравниватель, показывающий высокий
точность в ряде популярных тестов.

ВХОД ФОРМАТ

Proda принимает входные файлы в формате MFA. Формат MFA указан ниже:

· Формат MFA состоит из нескольких последовательностей;

· Каждая последовательность в формате MFA начинается с однострочного описания, за которым следует
строки данных последовательности;

· Строка описания отличается от данных последовательности знаком "больше" (">")
символ в первом столбце.

ВЫВОД ФОРМАТ

Для набора входных последовательностей Proda обычно выводит по очереди несколько блоков, каждый из которых состоит
выравниваемых фрагментов последовательности. За каждым блоком следует его многократное выравнивание.

Блок определяется путем перечисления его фрагментов последовательности. Каждый фрагмент выводится как
имя_последовательности (начало-конец), где имя_последовательности - это имя исходной последовательности, а
начало и конец - позиции, в которых фрагмент начинается и заканчивается соответственно.

Proda производит выравнивание блоков в формате ClustalW (ALN), описанном ниже:

· Формат ClustalW состоит из одной строки заголовка, за которой следуют данные последовательности в
блоки на 50 позиций юстировки;

· Каждый блок состоит из:

· Одна строка данных для каждой последовательности в выравнивании - в частности,
название последовательности;

· 50 знаков расклада;

· Одна строка аннотации, указывающая полностью сохраняемую (*), строго сохраняемую (:) или
слабо сохраняющиеся столбцы (.);

· Строка описания отличается от данных последовательности знаком "больше" (">")
символ в первом столбце.

ФАСТА формат для выходной
Если указана опция -fasta, тогда, помимо обычного вывода, ProDA производит
файл, содержащий выравнивания блоков в формате FASTA. Выходной файл имеет то же имя, что и
первый входной файл и расширение ".fasta". Два последовательных блока выравнивания
разделены строкой, содержащей символ ´ # ´.

Формат FASTA описан ниже:

· Формат FASTA состоит из всех последовательностей, указанных во входных файлах;

· Каждая последовательность в формате FASTA начинается с однострочного описания, за которым следует
строки данных последовательности;

· Строка описания отличается от данных последовательности знаком "больше" (">")
символ в первом столбце;

· Выровненные остатки в верхнем регистре, невыровненные остатки в нижнем регистре.

Поскольку окончательное выравнивание содержит каждую последовательность только один раз, этот вариант следует использовать только
если входные последовательности не содержат повторов.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-L [мин_длина]

Установите минимальную длину выравнивания равной [min_length].

ProDA находит выравнивания, длина которых больше или равна пороговому значению L. По
по умолчанию L = 30. Эта опция устанавливает порог на [min_length].

-передняя

Используйте апостериорное декодирование при вычислении локальных попарных выравниваний.

ProDA вычисляет локальные попарные выравнивания между двумя последовательностями с помощью пары HMM.
и либо декодирование Витерби, либо апостериорное декодирование. По умолчанию используется
Декодирование Витерби, которое быстрее, чем апостериорное декодирование, но может быть менее точным.
Включение этой опции указывает выравнивателю вместо этого использовать апостериорное декодирование. В
В приведенном выше примере вывод был сгенерирован с включенной опцией -posterior.

-тихая

Не сообщайте о ходе выполнения юстировки.

Включение этой опции указывает элайнеру не сообщать о прогрессе, пока
выравнивание. По умолчанию ProDA сообщает о ходе всех попарных выравниваний, блокировать
генерации, и при выравнивании блоков. Поскольку некоторые этапы алгоритма, особенно
попарное выравнивание, может занять много времени, отчет о прогрессе заставляет программу выглядеть
жив пока работает.

-транс

Используйте транзитивность при формировании блоков выравниваемых фрагментов последовательности.

Два фрагмента последовательности можно выровнять напрямую, если они являются частями локального
попарное выравнивание. По умолчанию два фрагмента считаются выравниваемыми тогда и только тогда.
если они прямо совмещаются. При включении этой опции элайнер
считайте два фрагмента выравниваемыми, когда они выравниваются напрямую или когда оба
их можно напрямую связать с третьим фрагментом.

-фаста

Используйте выходной формат FASTA в дополнение к формату ClustalW.

Когда эта опция включена, выравниватель генерирует вывод в формате FASTA.
и сохраняет в файле с тем же именем, что и первый входной файл, и расширением
".fasta" в дополнение к обычному выводу на стандартный вывод. Этот вариант следует использовать
только если входные последовательности не содержат повторов.

Используйте proda онлайн с помощью сервисов onworks.net