Это команда proteinortho5, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
протеинortho5 - инструмент для определения ортологии
СИНТАКСИС
белокortho5 [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] ФАСТА1 ФАСТА2 [ФАСТА...]
ОПИСАНИЕ
Proteinortho - это автономный инструмент, ориентированный на большие наборы данных и использующий
методы распределенных вычислений при работе на многоядерном оборудовании. Он реализует
расширенная версия эвристики взаимного наилучшего выравнивания. Proteinortho применялся к
вычислить ортологичные белки в полном наборе всех 717 доступных геномов эубактерий
в NCBI в начале 2009 г. Авторам удалось идентифицировать тридцать белков, присутствующих в
99% всех бактериальных протеомов.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-e = E-value для взрыва [по умолчанию: 1e-05]
-p = программа взрыва {blastn | blastp | blastn + | blastp +} [по умолчанию: blastp +]
-project =
префикс для всех имен файлов результатов [по умолчанию: myproject]
-синтены
активировать расширение PoFF для разделения похожих последовательностей по контекстной смежности
(требуется .gff для каждого .fasta)
-dups = PoFF: количество повторений для эвристики смежности, чтобы определить повторяющиеся
регионы (по умолчанию: 0)
-cs = PoFF: размер максимальной общей подстроки (MCS) для совпадений по смежности (по умолчанию: 3)
-альфа =
PoFF: вес смежности по сравнению с сходством последовательностей (по умолчанию: 0.5)
-деск написать файлы описания (только для ввода NCBI FASTA)
-хранить сохраняет временные результаты взрыва для повторного использования
-сила заставляет пересчитывать результаты взрыва в любом случае
-cpus = количество используемых процессоров [по умолчанию: авто]
-селфбласт
применить selfblast, обнаруживает паралоги без ортологов
-одиночные
сообщать о генах-одиночках без каких-либо ударов
-identity =
мин. процент идентичности лучших взрывных ударов [по умолчанию: 25]
-cov = мин. охват наилучшего выравнивания взрыва в% [по умолчанию: 50]
-conn = мин. алгебраическая связность [по умолчанию: 0.1]
-sim = мин. сходство для дополнительных совпадений (0..1) [по умолчанию: 0.95]
-шаг = 1 -> сгенерировать индексы 2 -> запустить blast (и ff-adj, если -синтены установлено) 3 ->
кластеризация 0 -> все (по умолчанию)
-blastpath =
путь к вашему локальному взрыву (если не установлен глобально)
-подробный
держит вас в курсе о прогрессе
-чистый удалить все ненужные файлы после обработки
-граф генерировать файлы .graph (попарные отношения ортологии)
-отлаживать дает подробную информацию для отслеживания ошибок
Более конкретные параметры взрыва можно определить с помощью
-blastParameters ="[параметры]" (например, -blastParameters ='-seg no')
В случае, если задания должны быть распределены на несколько машин, используйте
-startat = Номер файла, с которого нужно начать (по умолчанию: 0)
-stopat = Номер файла, которым нужно заканчивать (по умолчанию: -1)
Используйте протеинortho5 онлайн с помощью сервисов onworks.net
