pymvpa2-mkevds - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

pymvpa2-mkevds - извлечение (мультивыборочных) событий из набора данных

СИНТАКСИС

pymvpa2 мкевдс [--версия] [-h] -i НАБОР ДАННЫХ [НАБОР ДАННЫХ ...] [--event-атрибуты ATTR [ATTR ...] |
--начало [ВРЕМЯ [ВРЕМЯ ...]] | --csv-события ИМЯ ФАЙЛА | --fsl-ev3 ИМЯ ФАЙЛА [ИМЯ ФАЙЛА ...]]
[--time-attr ATTR] [--начало столбца ATTR] [--компенсировать VALUE] [--продолжительность VALUE] [--соответствие-
стратегия {предыдущая, следующая, ближайшая}] [--событие-сжатие {среднее, среднее, мин., макс.}] [--добавить-са VALUE
[VALUE ...]] [--добавить-фа VALUE [VALUE ...]] [--добавить-са-текст VALUE [VALUE ...]] [--добавить-фа-текст
VALUE [VALUE ...]] [--add-sa-attr ИМЯ ФАЙЛА] [--add-sa-npy VALUE [VALUE ...]] [--добавить-fa-npy
VALUE [VALUE ...]] -o ВЫВОД [--hdf5-сжатие ТИП]

ОПИСАНИЕ

Извлечение (мультивыборочных) событий из набора данных

Произвольное количество входных наборов данных загружается из хранилища HDF5. Все загруженные наборы данных
сцеплены по оси образцов. На основании информации о начале и продолжительности
последовательность событий, соответствующие выборки извлекаются из входных наборов данных и
преобразованы в образцы событий. Выборка событий может состоять из нескольких
входные образцы (т.е. временные окна).

События определяются идентификатором начала пробы и количеством последовательных проб, которые составляют
мероприятие. Однако события также могут быть определены как временные начала и продолжительность, которые будут
переведены в идентификаторы образцов с использованием информации о метке времени во входных наборах данных.

Аналогично команде 'mkds' набор данных, связанных с событиями, может быть расширен произвольными
атрибуты feature и sample (для последнего одно значение на событие).

Готовый набор данных, связанных с событием, записывается в файл HDF5.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

--версия
показать версию программы и информацию о лицензии и выйти

-h, --Помогите, --help-np
показать это справочное сообщение и выйти. --help-np принудительно отключает использование пейджера
для отображения справки.

-i НАБОР ДАННЫХ [НАБОР ДАННЫХ ...], --Вход НАБОР ДАННЫХ [НАБОР ДАННЫХ ...]
пути к одному или нескольким файлам набора данных PyMVPA. Все наборы данных будут объединены в
единый набор данных (сложенный) в порядке спецификации. В некоторых случаях эта опция может
необходимо указывать более одного раза, если несколько, но отдельные входные наборы данных
требуется.

Возможности для определяющий События (выбирать один):
--event-атрибуты АТТР [АТТР ...]
определять события как уникальные комбинации значений из набора образцов атрибутов.
Просматривая все образцы в том порядке, в котором они появляются во входном наборе данных,
наступление событий определяется изменением комбинации значений атрибутов.
Продолжительность события определяется количеством одинаковых последовательных значений.
комбинации.

--начало [ВРЕМЯ [ВРЕМЯ ...]]
читает список событий (с плавающей запятой) из командной строки (через пробел). Если
эта опция указана, но аргументы не указаны, начало будет прочитано из STDIN
(по одному в строке). Если --time-attr также дано, начало будет интерпретировано как время
штампы, в противном случае они обрабатываются целочисленным идентификатором образцов.

--csv-события ИМЯ ФАЙЛА
читать информацию о событии из таблицы CSV. Поддерживаются различные диалекты. CSV
файл должен содержать строку заголовка с именами полей в качестве первой строки. Стол должен
включать столбец "начало" и, при желании, может включать произвольное количество
дополнительные столбцы (например, продолжительность, цель). Все значения передаются в
образцы, связанные с событиями. Если в качестве значения указан «-», таблица CSV считывается из STDIN.

--fsl-ev3 ИМЯ ФАЙЛА [ИМЯ ФАЙЛА ...]
читать информацию о событии из текстового файла в формате FSL EV3 (одно событие в строке,
три столбца: начало, продолжительность, интенсивность). Можно указать одно или несколько имен файлов.

Возможности для модифицирующий or преобразование События:
--time-attr ATTR
атрибут набора данных с отметками времени для входных выборок. Начало и продолжительность для всех
события будут преобразованы с использованием этой информации. Предполагается, что все значения равны
те же единицы.

--начало столбца ATTR
имя столбца в таблице событий CSV, который указывает начало события

--компенсировать VALUE
фиксированное единое смещение события для всех событий. Если нет --time-attr дается вариант, это
value указывает количество входных выборок, все начала событий должны быть смещены. Если
--time-attr задано, это рассматривается как временное смещение, которое необходимо задать
в той же единице, что и атрибут отметки времени (см. --time-attr).

--продолжительность VALUE
фиксированная единообразная продолжительность для всех событий. Если нет --timeattr опция дана, это значение
указывает количество последовательных входных выборок после начала, которые принадлежат
мероприятие. Если --time-attr дается, это рассматривается как временная длительность, которая
должен быть указан в той же единице, что и атрибут отметки времени (см. --time-attr).

--матч-стратегия {предыдущая, следующая, ближайшая}
стратегия, используемая для сопоставления основанных на времени наборов индексов выборки. 'prev' выбирает
закрывает предыдущие образцы, «следующий» ближайший следующий образец и «ближайший» к
Абсолютно ближайший образец. По умолчанию: 'prev'

--событие-сжатие {среднее, среднее, мин., макс.}
указать, должны ли и как должны быть сжаты события, охватывающие несколько входных выборок.
Можно выбрать несколько методов. Выбор, например, "среднего" даст
среднее значение всех соответствующих входных выборок для события. По умолчанию (когда этот параметр установлен
не задано) событие будет состоять из всех конкатенированных входных выборок.

Возможности для Атрибуты от команду строки:
--добавить-са ЗНАЧЕНИЕ [ЗНАЧЕНИЕ ...]
составить образец атрибута из ввода командной строки. Первое значение - это
желаемое имя атрибута, второе значение - это список, разделенный запятыми (соответственно
цитируется) фактических значений атрибутов. Можно указать необязательное третье значение, чтобы указать
тип данных. Дополнительная информация об определении атрибутов набора данных в команде
строки приведены в разделе «Составление атрибутов в командной строке.

--добавить-фа ЗНАЧЕНИЕ [ЗНАЧЕНИЕ ...]
составить атрибут объекта из ввода командной строки. Первое значение - это
желаемое имя атрибута, второе значение - это список, разделенный запятыми (соответственно
цитируется) фактических значений атрибутов. Можно указать необязательное третье значение, чтобы указать
тип данных. Дополнительная информация об определении атрибутов набора данных в команде
строки приведены в разделе «Составление атрибутов в командной строке.

Возможности для Атрибуты от текст файлов:
--добавить-са-текст ЗНАЧЕНИЕ [ЗНАЧЕНИЕ ...]
загрузить образец атрибута из текстового файла. Первое значение - это желаемый атрибут
name, второе значение - это имя файла, из которого будет загружен атрибут.
Дополнительные значения, изменяющие способ загрузки данных, описаны в разделе
«Загрузить данные из текстовых файлов».

--добавить-фа-текст ЗНАЧЕНИЕ [ЗНАЧЕНИЕ ...]
загрузить атрибут объекта из текстового файла. Первое значение - это желаемый атрибут
name, второе значение - это имя файла, из которого будет загружен атрибут.
Дополнительные значения, изменяющие способ загрузки данных, описаны в разделе
«Загрузить данные из текстовых файлов».

--add-sa-attr ИМЯ ФАЙЛА
загрузить образцы значений атрибутов из устаревшего «файла атрибутов». Данные столбца считываются
как «буквальный». Только два файла столбцов ('target' + 'chunks') без заголовков являются
поддерживается. Эта опция позволяет читать файлы атрибутов из ранних PyMVPA.
версий.

Возможности для Атрибуты от хранить Numpy массивы:
--add-sa-npy ЗНАЧЕНИЕ [ЗНАЧЕНИЕ ...]
загрузить образец атрибута из файла Numpy .npy. Сжатые файлы (например, .npy.gz)
также поддерживается. Первое значение - это желаемое имя атрибута, второе значение
это имя файла, из которого будут загружены данные. Дополнительные значения, изменяющие способ
загружаемые данные описаны в разделе «Загрузка данных из файлов Numpy NPY».

--добавить-fa-npy ЗНАЧЕНИЕ [ЗНАЧЕНИЕ ...]
загрузить атрибут функции из файла Numpy .npy. Сжатые файлы (например, .npy.gz)
также поддерживается. Первое значение - это желаемое имя атрибута, второе значение
это имя файла, из которого будут загружены данные. Дополнительные значения, изменяющие способ
загружаемые данные описаны в разделе «Загрузка данных из файлов Numpy NPY».

Результат опции:
-o ВЫХОД, --выход ВЫВОД
выходное имя файла (при необходимости автоматически добавляется расширение '.hdf5'). Обратите внимание
выходной формат подходит для обмена данными между командами PyMVPA, но не
рекомендуется для длительного хранения или обмена, так как конкретное содержимое может отличаться
в зависимости от реальной программной среды. Для длительного хранения рассмотрите
преобразование в другие форматы данных (см. команду dump).

--hdf5-сжатие ТИП
тип сжатия для хранения HDF5. Доступные значения зависят от конкретного HDF5.
установка. Типичные значения: gzip, lzf, szip или целые числа от 1 до 9.
с указанием уровней сжатия gzip.

ПРИМЕРЫ

Извлеките два события, состоящие из четырех последовательных выборок из набора данных.

$ pymvpa2 mkevds --onsets 3 9 --duration 4 -o evds.hdf5 -i 'mydata * .hdf5'

Используйте pymvpa2-mkevds онлайн с помощью сервисов onworks.net