Это командная строка, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
PyNAST - выравнивание коротких последовательностей ДНК
СИНТАКСИС
пинаст [кредита] {-я input_fp -t template_fp}
ОПИСАНИЕ
[] указывает на необязательный ввод (порядок не важен) {} указывает на обязательный ввод (порядок
неважно)
Пример Применение:
пинаст -i my_input.fasta -t my_template.fasta
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--версия
показать номер версии программы и выйти
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
-t TEMPLATE_FP, --template_fp=TEMPLATE_FP
путь к файлу выравнивания шаблона [ОБЯЗАТЕЛЬНО]
-i ВХОД_ФП, --input_fp=INPUT_FP
путь к входному файлу fasta [ОБЯЗАТЕЛЬНО]
-v, --подробный
Состояние печати и другая информация во время выполнения [по умолчанию: False]
-p МИН_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
минимальный процент идентичности последовательностей, чтобы считать последовательность совпадающей [по умолчанию: 75.0]
-l МИН_ЛЕН, --min_len=MIN_LEN
минимальная длина последовательности для включения в выравнивание NAST [по умолчанию: 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
метод попарного выравнивания [по умолчанию: uclust]
-a ФАСТА_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
путь для сохранения результирующего файла выравнивания [по умолчанию: получено из входного пути к файлу]
-g ЛОГ_ФП, --log_fp=LOG_FP
путь для сохранения файла журнала [по умолчанию: получено из входного пути к файлу]
-f FAILURE_FP, --failure_fp=FAILURE_FP
путь к файлу последовательностей, которые не могут быть выровнены [по умолчанию: получено из ввода
Путь файла]
-e MAX_E_VALUE, --max_e_value=MAX_E_VALUE
Устарело. Будет удалено в PyNAST 1.2.
-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
Устарело. Будет удалено в PyNAST 1.2.
Используйте pynast в Интернете с помощью сервисов onworks.net