rasmol-gtk - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

rasmol - Инструмент визуализации молекулярной графики v2.7.5

СИНТАКСИС

расмол [-nodiplay] [[-формат ] имя файла] [-скрипт файл сценария]

ФОРМАТЫ

-пдб Банк Белковых Данных
-лей Формат файла MOL MDL
-моль2 Формат Sybyl MOL2 от Tripos
-xyz Формат XYZ (XMol) MSC
-мопак Формат входного или выходного файла MOPAC
-алхимия Формат файла алхимии
-очарование Формат файла CHARMm
-сиф Формат файла IUCr CIF или CIF

УВЕДОМЛЕНИЯ

Это программное обеспечение было создано из нескольких источников. Большая часть кода взята из RasMol 2.6,
созданный Роджером Сейлом. Код угла кручения, новый код POVRAY3 и другие особенности
являются производными от версии RasMol2.6x1 Арне Мюллера. Сюжет о принтере Рамачандрана
код был получен из fisipl, созданной Фрэнсис К. Бернстайн. См. Банк данных о белках
программная лента.

Код, отображающий несколько молекул и позволяющий вращать связи, по большей части получен
из модов UCB Гэри Гроссмана и Марко Молинаро, включенных с разрешения Эйлин
Льюис из Консорциума ModularCHEM.

Модификации CIF используют библиотеку, частично основанную на CBFlib Пола Дж. Эллиса и
Герберт Дж. Бернштейн. Части CBFlib основаны на программном пакете CIFPARSE.
из Национального банка данных Университета Рутгерса. Пожалуйста, введите команды RasMol помощь копирование помощь
в целом помощь МСОП, помощь КБФлиб,
и помощь СИФПАРСЕ для применимых уведомлений. Пожалуйста напечатайте помощь авторское право для авторского права
уведомления. Если вы используете RasMol V2.6 или более раннюю версию, введите команду RasMol помощь
старое уведомление.

КОПИРОВАНИЕ

Эта версия основана непосредственно на RasMol версии 2.7.4.2, на RasMol версии 2.7.4.2, на
RasMol версии 2.7.4, на RasMol версии 2.7.3.1, на RasMol версии 2.7.3, на RasMol
версия 2.7.2.1.1, версия Rasmol 2.7.2, версия RasMol 2.7.1.1 и RasTop версии 1.3 и
косвенно на версиях RasMol 2.5-ucb и 2.6-ucb и версии 2.6_CIF.2, RasMol 2.6x1
и РасМол_2.6.4.

RasMol 2.7.5 может распространяться в соответствии с условиями Стандартной общественной лицензии GNU (
GPL), см.

http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt

или файл GPL или введите команду помощь GPL

или RasMol 2.7.5 может распространяться по лицензии RASMOL. См. Файл УВЕДОМЛЕНИЕ или введите
команда помощь РАСЛИК

GPL
GNU General Public ЛИЦЕНЗИИ
Версия 2, июнь 1991 г.

Авторские права (C) 1989, Фонд свободного программного обеспечения 1991, Inc.
59 Temple Place, 330 Suite, Бостон, Массачусетс, 02111-1307 США
Всем разрешено копировать и распространять дословные копии.
этого лицензионного документа, но его изменение не допускается.

преамбула

Лицензии на большинство программ предназначены для того, чтобы лишить вас свободы делиться
и измените это. Напротив, Стандартная общественная лицензия GNU предназначена для
гарантировать вашу свободу распространять и изменять бесплатное программное обеспечение - чтобы убедиться, что программное обеспечение
бесплатно для всех пользователей. Эта Стандартная общественная лицензия применима к большинству бесплатных
Программное обеспечение Software Foundation и любой другой программе, авторы которой обязуются
используй это. (Некоторое другое программное обеспечение Free Software Foundation распространяется на GNU
Стандартная общественная лицензия библиотеки.) Вы также можете применить ее к своим программам.

Когда мы говорим о свободных программах, мы имеем в виду свободу, а не цену. Наш
Общие общедоступные лицензии предназначены для того, чтобы у вас была свобода
распространять копии бесплатного программного обеспечения (и взимать плату за эту услугу, если хотите), которые
вы получаете исходный код или можете получить его, если хотите, что вы можете изменить
программное обеспечение или использовать его части в новых бесплатных программах; и что вы знаете, что можете сделать
эти вещи.

Чтобы защитить ваши права, нам необходимо ввести ограничения, запрещающие кому-либо отказывать
вам эти права или попросить вас отказаться от прав. Эти ограничения
переводить на определенные обязанности для вас, если вы распространяете копии
программное обеспечение, или если вы измените его.

Например, если вы распространяете копии такой программы бесплатно или за
гонорара, вы должны передать получателям все права, которые у вас есть. Вы должны убедиться
что они тоже получают или могут получить исходный код. И вы должны показать им эти
условия, чтобы они знали свои права.

Мы защищаем ваши права в два этапа: (1) защищаем авторские права на программное обеспечение и (2) предлагаем
вам эта лицензия, которая дает вам законное разрешение на копирование, распространение и / или изменение
программного обеспечения.

Кроме того, для защиты каждого автора и нашей мы хотим убедиться, что
все понимают, что на это бесплатное программное обеспечение нет гарантии. Если
программное обеспечение изменяется кем-то другим и передается, мы хотим, чтобы его получатели знали
что то, что у них есть, не является оригиналом, так что любые проблемы, внесенные другими
не отражается на репутации первоначальных авторов.

Наконец, любой свободной программе постоянно угрожают патенты на программное обеспечение. Мы желаем
чтобы избежать опасности того, что распространители бесплатной программы индивидуально получат
патентные лицензии, что фактически делает программу проприетарной. Чтобы этого не произошло, мы
ясно дали понять, что любой патент должен быть лицензирован для бесплатного использования, или нет
лицензионный вообще.

Точные условия копирования, распространения и модификации
следовать.

GNU General Public ЛИЦЕНЗИИ
УСЛОВИЯ КОПИРОВАНИЯ, РАСПРОСТРАНЕНИЯ И МОДИФИКАЦИИ

0. Настоящая Лицензия применима к любой программе или другому произведению, содержащему уведомление
размещены правообладателем, заявив, что они могут распространяться на условиях настоящего
Стандартная общественная лицензия. «Программа» ниже относится к любой такой программе или работе,
а «работа, основанная на Программе» означает Программу или производную работу.
в соответствии с законом об авторском праве: то есть произведение, содержащее Программу или часть
это дословно или с изменениями и / или переведено на другой язык.
(Здесь и далее перевод включается без ограничений в термин
«модификация».) К каждому лицензиату обращаются «вы».

Другие действия, кроме копирования, распространения и модификации, не подпадают под действие
эта Лицензия; они выходят за его рамки. Акт запуска Программы не
ограничено, и вывод из Программы покрывается только в том случае, если ее содержимое
представляют собой произведение, основанное на Программе (независимо от того, было ли выполнено запуском
программа). Так ли это, зависит от того, что делает Программа.

1. Вы можете копировать и распространять дословные копии исходного кода Программы как
вы получите его на любом носителе при условии, что вы явным и надлежащим образом
публиковать на каждой копии соответствующее уведомление об авторских правах и отказ от гарантий;
сохраните в неприкосновенности все уведомления, относящиеся к данной Лицензии и к отсутствию каких-либо
гарантия; и передайте другим получателям Программы копию этой Лицензии вместе с
с программой.

Вы можете взимать плату за физический акт передачи копии, и вы можете
ваш вариант предлагает гарантийную защиту в обмен на вознаграждение.

2. Вы можете изменять свою копию или копии Программы или любую ее часть, таким образом
создание произведения на основе Программы, а также копирование и распространение таких модификаций или
работать в соответствии с условиями Раздела 1 выше, при условии, что вы также выполняете все эти
Условия:

а) Вы должны сделать так, чтобы измененные файлы содержали заметные уведомления.
заявив, что вы изменили файлы и дату любого изменения.

б) Вы должны сделать так, чтобы любая работа, которую вы распространяете или публикуете, в
полностью или частично содержит или является производным от Программы или любого
его часть, чтобы получить лицензию в целом бесплатно для всех третьих
стороны в соответствии с условиями настоящей Лицензии.

в) Если модифицированная программа нормально читает команды в интерактивном режиме
при запуске вы должны вызвать это, когда запускаете для таких
интерактивное использование самым обычным способом, чтобы распечатать или отобразить
объявление, включая соответствующее уведомление об авторских правах и
обратите внимание, что нет гарантии (или, говоря, что вы предоставляете
гарантия) и что пользователи могут распространять программу под
эти условия и сообщая пользователю, как просмотреть копию этого
Лицензия. (Исключение: если сама Программа интерактивна, но
обычно не печатает такое объявление, ваша работа основана на
Программе не требуется распечатывать объявление.)

Эти требования распространяются на измененную работу в целом. Если идентифицируемые разделы
этой работы не являются производными от Программы и могут быть обоснованно рассмотрены
самостоятельные и отдельные работы сами по себе, то настоящая Лицензия и ее условия являются
не применяется к этим разделам, когда вы распространяете их как отдельные произведения. Но когда
вы распределяете одни и те же разделы как часть целого, которое основано на
Программа, распространение всего должно осуществляться на условиях настоящей Лицензии, чья
разрешения для других лицензиатов распространяются на все, и, таким образом, на каждого и
каждая часть, независимо от того, кто ее написал.

Таким образом, цель этого раздела не заключается в заявлении прав или оспаривании ваших прав.
работать, полностью написанная вами; скорее, цель состоит в том, чтобы реализовать право на
контролировать распространение производных или коллективных работ, основанных на Программе.

Кроме того, простое объединение другой работы, не основанной на Программе, с
Программа (или с произведением на основе Программы) на объеме хранилища или
распространяемый носитель не переносит другие работы в сферу действия данной Лицензии.

3. Вы можете копировать и распространять Программу (или произведение, основанное на ней, в соответствии с Разделом
2) в объектном коде или исполняемой форме в соответствии с условиями разделов 1 и 2 выше
при условии, что вы также выполните одно из следующих действий:

а) Сопроводите его полным соответствующим машиночитаемым
исходный код, который должен распространяться в соответствии с условиями Разделов
1 и 2 выше на носителе, обычно используемом для обмена программным обеспечением; или же,

б) Сопроводите его письменным предложением, действительным не менее трех
лет, чтобы передать третьему лицу за плату, не превышающую вашу
стоимость физического выполнения распределения исходного кода, полного
машиночитаемая копия соответствующего исходного кода, которая должна быть
распространяется в соответствии с условиями разделов 1 и 2 выше на носителе
обычно используется для обмена программным обеспечением; или же,

c) Сопроводите его информацией, которую вы получили в отношении предложения.
распространять соответствующий исходный код. (Эта альтернатива
разрешено только для некоммерческого распространения и только если вы
получил программу в объектном коде или исполняемой форме с такими
предложение в соответствии с Подразделом b выше.)

Исходный код произведения означает предпочтительную форму работы для создания
модификации к нему. Для исполняемой работы полный исходный код означает все
исходный код для всех модулей, которые он содержит, плюс любое связанное определение интерфейса
файлы, а также сценарии, используемые для управления компиляцией и установкой
исполняемый файл. Однако, как особое исключение, распространяемый исходный код не нуждается в
включать все, что обычно распространяется (в исходной или двоичной форме)
с основными компонентами (компилятором, ядром и т. д.) операционной системы на
который запускается исполняемым файлом, если только этот компонент сам не сопровождает исполняемый файл.

Если распространение исполняемого или объектного кода осуществляется путем предоставления доступа к копии
из указанного места, затем предлагая эквивалентный доступ для копирования исходного кода
из того же места считается распространением исходного кода, даже если третье
стороны не обязаны копировать исходный код вместе с объектным кодом.

4. Вы не можете копировать, изменять, сублицензировать или распространять Программу, кроме как
прямо предусмотрено данной Лицензией. Любая попытка каким-либо иным образом скопировать, изменить,
сублицензировать или распространять Программу является недействительным и автоматически прекращает ваше
права по данной Лицензии. Однако стороны, получившие копии или права,
от вас в соответствии с этой Лицензией не будет прекращено действие их лицензий до тех пор, пока таковые
стороны остаются в полном соответствии.

5. От вас не требуется принимать эту Лицензию, поскольку вы ее не подписывали.
Однако ничто иное не дает вам разрешения изменять или распространять Программу или
его производные работы. Эти действия запрещены законом, если вы не принимаете
эта Лицензия. Следовательно, изменяя или распространяя Программу (или любую работу
на основе Программы), вы подтверждаете свое согласие с данной Лицензией, и
все его условия для копирования, распространения или изменения Программы или
работает на его основе.

6. Каждый раз, когда вы распространяете Программу (или любую работу, основанную на Программе),
получатель автоматически получает лицензию от исходного лицензиара на копирование,
распространять или изменять Программу в соответствии с настоящими условиями. Вы можете
не налагать каких-либо дополнительных ограничений на осуществление прав получателей
предоставлено здесь. Вы не несете ответственности за соблюдение требований третьими сторонами.
к этой Лицензии.

7. Если в результате судебного решения или заявления о нарушении патентных прав
или по любой другой причине (не ограничиваясь патентными вопросами), условия налагаются на
вы (по решению суда, по соглашению или иным образом), противоречащие условиям
настоящей Лицензии, они не освобождают вас от выполнения условий данной Лицензии. Если
вы не можете распространять так, чтобы одновременно выполнять свои обязательства по этому
Лицензия и любые другие соответствующие обязательства, как следствие, вы не можете
распространять Программу на всех. Например, если патентная лицензия не разрешает
бесплатное распространение Программы всеми, кто получает копии напрямую
или косвенно через вас, тогда единственный способ удовлетворить и это, и это
Лицензия означала бы полное воздержание от распространения Программы.

Если какая-либо часть этого раздела будет признана недействительной или не имеющей исковой силы по какому-либо
конкретное обстоятельство, баланс раздела предназначен для применения и
раздел в целом предназначен для применения в других обстоятельствах.

Целью данного раздела не является склонение вас к нарушению каких-либо патентов или
другие требования о праве собственности или оспаривать обоснованность любых таких требований; эта секция
имеет единственную цель - защитить целостность распространения бесплатного программного обеспечения.
система, которая реализуется практикой публичного лицензирования. Многие люди сделали
щедрый вклад в широкий спектр программного обеспечения, распространяемого через
система, основанная на последовательном применении этой системы; это до
автор / донор, чтобы решить, готов ли он или она распространять программное обеспечение через какие-либо
другая система, и лицензиат не может навязывать такой выбор.

Этот раздел предназначен для того, чтобы подробно прояснить, что считается
следствие остальной части этой Лицензии.

8. Если распространение и / или использование Программы ограничено в определенных
стран либо патентами, либо интерфейсами, защищенными авторским правом, исходное авторское право
владелец, который размещает Программу в соответствии с данной Лицензией, может добавить явное географическое
ограничение распространения за исключением этих стран, так что распространение
разрешено только в странах, не исключенных таким образом, или между ними. В таком случае данная Лицензия
включает ограничение, как если бы оно было написано в тексте настоящей Лицензии.

9. Free Software Foundation может публиковать исправленные и / или новые версии
Стандартная общественная лицензия время от времени. Такие новые версии будут похожи в
духа к настоящей версии, но может отличаться в деталях для решения новых проблем или
проблемы.

У каждой версии есть собственный номер. Если Программа указывает
номер версии данной Лицензии, которая применяется к ней и «любой более поздней версии», вы
иметь возможность следовать положениям и условиям либо этой версии, либо
любая более поздняя версия, опубликованная Free Software Foundation. Если Программа
не указывать номер версии этой Лицензии, вы можете выбрать любую версию когда-либо
опубликовано Free Software Foundation.

10. Если вы хотите включить части Программы в другие бесплатные программы
чьи условия распространения разные, напишите автору, чтобы спросить
разрешение. Для программного обеспечения, авторское право на которое принадлежит Free Software Foundation,
написать в Фонд свободного программного обеспечения; мы иногда делаем исключения для этого. Наш
решение будет руководствоваться двумя целями сохранения свободного статуса всех
производные от нашего бесплатного программного обеспечения и поощрения совместного использования и повторного использования программного обеспечения
в целом.

ОТСУТСТВИЕ ГАРАНТИИ

11. ПОСКОЛЬКУ ПРОГРАММА ПРЕДОСТАВЛЯЕТСЯ БЕСПЛАТНОЙ ЛИЦЕНЗИЕЙ, НА
ПРОГРАММА, В СТЕПЕНИ, РАЗРЕШЕННОЙ ДЕЙСТВУЮЩИМ ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВОМ. ИСКЛЮЧАЯ ЕСЛИ УКАЗАНО ИНОЕ
ПРИ СОСТАВЛЕНИИ АВТОРСКИХ ПРАВ И / ИЛИ ДРУГИЕ СТОРОНЫ ПРЕДОСТАВЛЯЮТ ПРОГРАММУ "КАК ЕСТЬ"
БЕЗ КАКИХ-ЛИБО ГАРАНТИЙ, ЯВНЫХ ИЛИ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫХ, ВКЛЮЧАЯ, НО НЕ
ОГРАНИЧИВАЕМЫЕ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫМИ ГАРАНТИЯМИ КОММЕРЧЕСКОЙ ЦЕННОСТИ И ПРИГОДНОСТИ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕННЫХ
ЦЕЛЬ. ВЕСЬ РИСК ОТНОСИТЕЛЬНО КАЧЕСТВА И РАБОТЫ ПРОГРАММЫ НЕСЕТ
ТЫ. ЕСЛИ ПРОГРАММА ОКАЖЕТСЯ ДЕФЕКТНОЙ, ВЫ НЕСЕТЕ ВСЕ НЕОБХОДИМЫЕ РАСХОДЫ.
ОБСЛУЖИВАНИЕ, РЕМОНТ ИЛИ ИСПРАВЛЕНИЕ.

12. НИ ПРИ КАКИХ ОБСТОЯТЕЛЬСТВАХ, ЕСЛИ НЕ ТРЕБУЕТСЯ ДЕЙСТВУЮЩИМ ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВОМ ИЛИ НЕ СОГЛАСОВАНО В НАПИСАНИИ ЗАВЕРЕНИЯ.
ЛЮБОЙ ВЛАДЕЛЬЦА АВТОРСКИХ ПРАВ ИЛИ ЛЮБАЯ ДРУГАЯ СТОРОНА, КОТОРАЯ МОЖЕТ ИЗМЕНИТЬ И / ИЛИ ПЕРЕРАСПРЕДЕЛЕНИЕ
ПРОГРАММА, РАЗРЕШЕННАЯ ВЫШЕ, НЕСЕТ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ ПЕРЕД ВАМИ ЗА УБЫТКИ, ВКЛЮЧАЯ ЛЮБЫЕ ОБЩИЕ,
ОСОБЫЕ, СЛУЧАЙНЫЕ ИЛИ КОСВЕННЫЕ УБЫТКИ, ВЫЗВАННЫЕ ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ИЛИ НЕВОЗМОЖНОСТЬЮ
ИСПОЛЬЗУЙТЕ ПРОГРАММУ (ВКЛЮЧАЯ, НО НЕ ОГРАНИЧЕННАЯ, ПОТЕРЮ ДАННЫХ ИЛИ ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ДАННЫЕ
НЕТОЧНЫЕ ИЛИ УБЫТКИ, ПРИНЯТЫЕ ВАМИ ИЛИ ТРЕТЬИМИ СТОРОНАМИ, ИЛИ СБОЙ ПРОГРАММЫ
ДЛЯ РАБОТЫ С ЛЮБЫМИ ДРУГИМИ ПРОГРАММАМИ), ДАЖЕ ЕСЛИ ТАКОЙ ДЕРЖАТЕЛЬ ИЛИ ДРУГАЯ СТОРОНА БЫЛА
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ О ВОЗМОЖНОСТИ ТАКИХ УБЫТКОВ.

КОНЕЦ УСЛОВИЙ

Как применять эти условия к вашим новым программам

Если вы разрабатываете новую программу и хотите, чтобы она принесла максимальную пользу
для общественности лучший способ добиться этого - сделать это бесплатное программное обеспечение, которое
каждый может распространять и изменять на этих условиях.

Для этого прикрепите к программе следующие примечания. Безопаснее всего прикрепить
их в начало каждого исходного файла, чтобы наиболее эффективно передать исключение
гарантия; и в каждом файле должна быть хотя бы строчка «авторские права» и указатель на
где находится полное уведомление.


Авторские права (C)

Эта программа - бесплатное ПО; вы можете распространять и / или изменять
в соответствии с условиями Стандартной общественной лицензии GNU, опубликованной
Фонд свободного программного обеспечения; либо версия 2 Лицензии, либо
(на ваше усмотрение) любая более поздняя версия.

Эта программа распространяется в надежде, что она будет полезна,
но БЕЗ КАКИХ-ЛИБО ГАРАНТИЙ; даже без подразумеваемой гарантии
УТВЕРЖДАЮЩАЯ ИЛИ ФИТНЕС ДЛЯ ОСОБЫХ ЦЕЛЕЙ. Увидеть
GNU General Public License для более подробной информации.

Вы должны были получить копию Стандартной общественной лицензии GNU
вместе с этой программой; если нет, напишите в Бесплатное ПО
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307, США

Кроме того, добавьте информацию о том, как связаться с вами по электронной и обычной почте.

Если программа интерактивна, заставьте ее выводить такое короткое уведомление, когда она
запускается в интерактивном режиме:

Gnomovision версия 69, Copyright (C) год имя автора
Gnomovision не имеет АБСОЛЮТНО НИКАКИХ ГАРАНТИЙ; для получения подробной информации введите `show w '.
Это бесплатное программное обеспечение, и вы можете его распространять.
при определенных условиях; для получения подробной информации введите `show c '.

Гипотетические команды `show w 'и` show c' должны отображать соответствующие части.
Стандартной общественной лицензии. Конечно, используемые вами команды могут называться
что-то кроме `show w 'и` show c'; они могут быть даже щелчками мыши или меню
предметы - все, что подходит вашей программе.

Вам также следует обратиться к своему работодателю (если вы работаете программистом) или учебному заведению, если
любой, чтобы при необходимости подписать «отказ от авторских прав» на программу. Вот
образец; изменить имена:

Yoyodyne, Inc. настоящим отказывается от любых авторских прав на программу.
`Gnomovision '(который делает проходы в компиляторах), написанный Джеймсом Хакером.

, 1 апреля 1989 г.
Тай Кун, президент вице-президента

Эта Стандартная общественная лицензия не позволяет включать вашу программу в
проприетарные программы. Если ваша программа представляет собой библиотеку подпрограмм, вы можете рассмотреть ее
Более полезно разрешить связывание частных приложений с библиотекой. Если это
это то, что вы хотите сделать, используйте Стандартную общественную лицензию для библиотеки GNU вместо этого
Лицензия.

РАСЛИК Если вы не используете GPL, применяются следующие условия лицензии:

Лицензия RasMol

Несмотря на то, что авторы различных документов и программного обеспечения, найденного здесь, сделали
добросовестные усилия по обеспечению правильности документов и программного обеспечения
работает в соответствии с документацией, и мы будем очень признательны, если услышим
любые проблемы, с которыми вы можете столкнуться, программы и документы, любые файлы, созданные
программы предоставляются ** КАК ЕСТЬ ** без каких-либо гарантий правильности,
товарная пригодность или пригодность для какого-либо конкретного или общего использования.

ОТВЕТСТВЕННОСТЬ ЗА ЛЮБЫЕ ПОБОЧНЫЕ ПОСЛЕДСТВИЯ, СВЯЗАННЫЕ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММ ИЛИ
ДОКУМЕНТЫ ИЛИ ЛЮБОЙ ФАЙЛ ИЛИ ФАЙЛЫ, СОЗДАННЫЕ ПРИ ИСПОЛЬЗОВАНИИ ПРОГРАММ, ИЛИ ДОКУМЕНТЫ ЛОЖНЫ
ИСКЛЮЧИТЕЛЬНО С ПОЛЬЗОВАТЕЛЯМИ ПРОГРАММ ИЛИ ДОКУМЕНТОВ ИЛИ ФАЙЛА ИЛИ ФАЙЛОВ, И НЕ С ПОМОЩЬЮ
АВТОРЫ ПРОГРАММ ИЛИ ДОКУМЕНТОВ.

При условии вашего согласия с условиями, изложенными выше, и вашего уважения к
условия, указанные в уведомлениях ниже, если вы не собираетесь делать какие-либо
изменять или создавать производные работы, вам дается разрешение на свободное копирование и
распространять этот пакет при условии, что вы сделаете следующее:

1. Либо включите полную документацию, особенно файл NOTICE, с
что вы распространяете или четко указываете, где люди могут получить копию
документация; а также

2. Укажите, пожалуйста, ссылку на версию и оригинал.
авторы правильно; а также

3. Пожалуйста, не создавайте впечатление, что первоначальные авторы
предоставление любых гарантий.

Если вы хотите использовать основные части RasMol в какой-либо другой программе, сделайте
модификации РасМола или каким-либо другим способом сделать то, что юрист назвал бы
«производная работа», вам не только разрешается это делать, вам это рекомендуется.
В дополнение к тому, что мы обсуждали выше, сделайте следующее:

4. Пожалуйста, объясните в своей документации, чем то, что вы сделали, отличается от этого.
версия РасМола; а также

5. Сделайте доступным ваш измененный исходный код.

Эта версия RasMol _не_ является общественным достоянием, но бесплатно предоставляется
сообщества в надежде на развитие науки. Если вы вносите изменения, пожалуйста, внесите их
ответственным образом, и, пожалуйста, дайте нам возможность включить эти
изменения в будущих версиях РасМол.

Общие Уведомление
Следующее примечание относится к этой работе в целом и к включенным работам.
внутри:

* Творческие начинания зависят от живого обмена идеями. Есть законы и
обычаи, устанавливающие права и обязанности авторов и пользователей
что создают авторы. Это уведомление не предназначено для того, чтобы помешать вам использовать
программное обеспечение и документы в этом пакете, но для того, чтобы не было
неправильное понимание условий такого использования.

* Пожалуйста, внимательно прочтите следующее примечание. Если вы не понимаете ни одной части
этого уведомления, пожалуйста, обратитесь за соответствующей профессиональной юридической консультацией, прежде чем использовать
программного обеспечения и документов, включенных в этот программный пакет. В добавление к
какие бы другие шаги вы ни были вынуждены предпринять, чтобы уважать интеллектуальных
права собственности различных вовлеченных сторон, если вы действительно используете программное обеспечение
и документы в этом пакете, пожалуйста, укажите кредит, если он подлежит оплате, указав
этот пакет, его авторы и URL-адрес или другой источник, из которого вы его получили,
или эквивалентные первичные ссылки в литературе с теми же авторами.

* Некоторые из программного обеспечения и документов, включенных в этот программный пакет, являются
интеллектуальная собственность различных сторон, и размещение в этом пакете не в
в любом случае подразумевают, что любые такие права каким-либо образом были отменены или ограничены.

* В отношении любого программного обеспечения или документов, на которые существует авторское право, ВСЕ
ПРАВА ЗАЩИЩЕНЫ ЗА ВЛАДЕЛЬЦАМИ ТАКИХ АВТОРСКИХ ПРАВ.

* Несмотря на то, что авторы различных документов и программного обеспечения, найденного здесь, имеют
приложили добросовестные усилия, чтобы убедиться, что документы верны и что
программное обеспечение работает в соответствии с документацией, и мы будем очень признательны
услышать о любых проблемах, с которыми вы можете столкнуться, о программах, документах и ​​любых файлах
созданные программами предоставляются ** КАК ЕСТЬ ** без каких-либо гарантий в отношении
правильность, товарность или пригодность для какого-либо конкретного или общего использования.

* ОТВЕТСТВЕННОСТЬ ЗА ЛЮБЫЕ ПОБОЧНЫЕ ПОСЛЕДСТВИЯ, СВЯЗАННЫЕ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММ ИЛИ
ДОКУМЕНТЫ ИЛИ ЛЮБОЙ ФАЙЛ ИЛИ ФАЙЛЫ, СОЗДАННЫЕ ПРИ ИСПОЛЬЗОВАНИИ ПРОГРАММ, ИЛИ ДОКУМЕНТЫ ЛОЖНЫ
ИСКЛЮЧИТЕЛЬНО С ПОЛЬЗОВАТЕЛЯМИ ПРОГРАММ ИЛИ ДОКУМЕНТОВ ИЛИ ФАЙЛА ИЛИ ФАЙЛОВ, И НЕ С ПОМОЩЬЮ
АВТОРЫ ПРОГРАММ ИЛИ ДОКУМЕНТОВ.

См. Файлы GPL и RASLIC для получения информации о двух альтернативных способах лицензирования этого пакета.

РасМол V2.6 Уведомление
Следующее примечание относится к RasMol V 2.6 и более ранним версиям RasMol.

Информация в этом документе может быть изменена без предварительного уведомления и не
представляют собой обязательство со стороны поставщика. Этот пакет
проданы / распространены при условии, что они не будут продаваться или распространяться
в противном случае сдавать в аренду, перепродавать, сдавать внаем или иным образом распространять без
предварительное согласие поставщика в любой форме упаковки или обложки, кроме указанной в
который был произведен. Никакая часть этого руководства или сопутствующего программного обеспечения не может быть
воспроизводится, хранится в поисковой системе на оптическом или магнитном диске, ленте или любом другом
другой носитель, или переданный в любой форме и любыми средствами, электронными, механическими,
ксерокопирование, запись или иным образом для любых целей, кроме целей покупателя
персональное использование.

Этот продукт не должен использоваться при планировании, строительстве, обслуживании,
эксплуатации или использования любой ядерной установки, а также полета, навигации или
связь самолетов или наземного вспомогательного оборудования. Автор не может быть
несет ответственность, полностью или частично, по любым претензиям или убыткам, возникшим в результате такого использования,
включая смерть, банкротство или начало войны.

МСОП конфиденциальности
В МСКР конфиденциальности для Protection и Рекламные of STAR Файл и CIF
Стандартный для Обменявшись и архивирование Электронный Данные.

Обзор

Файл кристаллографической информации (CIF) [1] является стандартом для информации.
обмен, обнародованный Международным союзом кристаллографии (IUCr). CIF
(Hall, Allen & Brown, 1991) - рекомендуемый метод подачи публикаций.
в раздел C Acta Crystallographica и отчеты об определении кристаллической структуры
в другие разделы Acta Crystallographica и многих других журналов. Синтаксис
CIF - это подмножество более общего формата файла STAR [2]. Файлы CIF и STAR
подходы все чаще используются в структурных науках для обмена данными и
архивирования и оказывают значительное влияние на эту деятельность в других
полей.

заявление of намерение

IUCr интересуется файлом STAR как общим стандартом обмена данными для
наука, и ее интерес к CIF, соответствующему производному от файла STAR, является
как краткий стандарт обмена данными и архивирования для кристаллографии и структурных
наука.

Protection of стандартов

Для защиты файлов STAR и CIF как стандартов обмена и архивирования
электронные данные, IUCr, от имени научного сообщества,

* владеет авторскими правами на сами стандарты,

* владеет соответствующими товарными знаками и знаками обслуживания, а также

* имеет патент на файл STAR.

Эти права интеллектуальной собственности относятся исключительно к форматам обмена, а не к
данные, содержащиеся в нем, а также программное обеспечение, используемое при создании, доступе или
манипулирование данными.

Рекламные of стандартов

Единственное требование, которое IUCr в своей защитной роли предъявляет к программному обеспечению.
Предполагается, что обработка файла STAR или данных CIF заключается в выполнении следующих условий
перед продажей или распространением.

* Программное обеспечение, утверждающее, что читает файлы, записанные либо в файл STAR, либо в CIF
стандарт должен иметь возможность извлекать соответствующие данные из файла, соответствующего
Синтаксис файла STAR или синтаксис CIF соответственно.

* Программное обеспечение, утверждающее, что записывает файлы либо в файл STAR, либо в стандарт CIF.
должны создавать файлы, соответствующие синтаксису файла STAR или синтаксису CIF,
соответственно.

* Утвержденное программное обеспечение для чтения определений из определенного словаря данных
IUCr должен быть в состоянии извлечь любое подходящее определение, которое соответствует
язык определения словаря (DDL) [3], связанный с этим словарем.

IUCr через свой Комитет по стандартам CIF поможет любому разработчику
убедитесь, что программное обеспечение соответствует этим условиям соответствия.

Словарь терминов of terms

[1] СИФ:

файл данных, соответствующий синтаксису файла, определенному в http://www.iucr.org/iucr-
вверху / cif / spec / index.html

[2] Файл STAR:

файл данных, соответствующий синтаксису файла, определенному в http://www.iucr.org/iucr-
вверху / cif / spec / star / index.html

[3] ДДЛ:

язык, используемый в словаре данных для определения элементов данных в терминах
«атрибуты». Словари, в настоящее время одобренные IUCr, и версии DDL
используемые для создания этих словарей, перечислены в http://www.iucr.org/iucr-
вверху / cif / spec / ddl / index.html

Последнее изменение: 30 сентября 2000 г.

Политика IUCr Copyright (C) 2000 Международный союз кристаллографии

КБФЛИБ Следующее уведомление об отказе от ответственности относится к CBFlib V0.1, из которого этот код в
часть является производной.

* Предметы, представленные здесь, были разработаны при спонсорской поддержке США.
Правительство. Ни США, ни USDOE, ни Leland Stanford Junior
Университет или его сотрудники не дают никаких гарантий, явных или подразумеваемых, или предполагают
любая ответственность или ответственность за точность, полноту или полезность любого
информация, устройство, продукт или процесс раскрыты или представляют, что их использование
не будет нарушать права частной собственности. Упоминание любого товара, его производителя,
поставщики не должны и не подразумевают одобрение, неодобрение или
пригодность для любого конкретного использования. США и университет всегда сохраняют
право использовать и распространять предоставленные предметы для любых целей.

Уведомление 91 02 01

СИФПАРСЕ
Некоторые части этого программного обеспечения основаны на программном пакете CIFPARSE от
NDB в Университете Рутгерса. Видеть

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE является частью приложения NDBQUERY, программного компонента Nucleic
Проект базы данных кислот [HM Berman, WK Olson, DL Beveridge, JK
Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, SH Shieh, AR Srinivasan и B. Schneider.
(1992). База данных нуклеиновых кислот: всеобъемлющая реляционная база данных из трех
Размерные структуры нуклеиновых кислот. Biophys J., 63, 751-759.], Чья
признательны за сотрудничество, особенно в форме дизайнерских концепций
созданный Дж. Уэстбруком.

Обратите внимание на следующее примечание в API CIFPARSE:

Это программное обеспечение предоставляется БЕЗ ГАРАНТИИ КОММЕРЧЕСКОЙ ЦЕННОСТИ ИЛИ ПРИГОДНОСТИ ДЛЯ
КОНКРЕТНАЯ ЦЕЛЬ ИЛИ ЛЮБАЯ ДРУГАЯ ГАРАНТИЯ, ЯВНАЯ ИЛИ ПОДРАЗУМЕВАЕМАЯ. РАТГЕРС ДЕЛАЕТ НЕТ
ЗАЯВЛЕНИЕ ИЛИ ГАРАНТИЮ, ЧТО ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ НЕ НАРУШАЕТ НИКАКИХ ПАТЕНТОВ,
АВТОРСКИЕ ПРАВА ИЛИ ДРУГИЕ ПРАВА СОБСТВЕННОСТИ.

ОПИСАНИЕ

RasMol - это программа молекулярной графики, предназначенная для визуализации белков, нуклеиновых кислот.
кислоты и небольшие молекулы. Программа направлена ​​на отображение, обучение и генерацию
качество публикации изображений. RasMol работает на широком спектре архитектур и операционных систем.
системы, включая системы Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX и VMS. UNIX и VMS
Для версий требуется 8-, 24- или 32-битный цветной дисплей X Windows (X11R4 или новее). Х
Версия RasMol для Windows обеспечивает дополнительную поддержку для панели набора номера и
ускоренная связь с разделяемой памятью (через расширения XInput и MIT-SHM), если
доступно на текущем X-сервере.

Программа считывает файл координат молекулы и интерактивно отображает молекулу на
экран в различных цветовых схемах и представлениях молекул. В настоящее время
Доступные изображения включают каркасы с глубиной кадра, палки «Дрейдинг», заполнение пространств.
(CPK) сферы, шарик и палочка, твердые и нитевые биомолекулярные ленты, атомные метки и точки
поверхностей.

Одновременно может быть загружено и отображено до 5 молекул. Любой или все
молекулы могут вращаться и перемещаться.

Доступ к справочной системе RasMol можно получить, набрав «help "или" помощь
"из командной строки. Полный список команд RasMol может быть отображен
набрав «команды помощи». Для сокращения ключевого слова также можно использовать одиночный вопросительный знак.
"помощь". Пожалуйста, введите «справочные уведомления» для важных уведомлений.

КОМАНДЫ

RasMol позволяет выполнять интерактивные команды, набранные на РасМол> подсказка в
окно терминала. Каждую команду нужно вводить в отдельной строке. Ключевые слова случай
нечувствителен и может вводиться как в верхнем, так и в нижнем регистре. Все пробелы
символы игнорируются, за исключением отдельных ключевых слов и их аргументов.

Все команды могут иметь префикс в скобках. атом выражение временно выбрать
определенные атомы только для выполнения этой единственной команды. После выполнения команды
восстанавливается предыдущий выбор, кроме команд выберите , ограничивать и скрипты.

Команды / ключевые слова, в настоящее время распознаваемые RasMol, приведены ниже.

Позвоночник
РасМол позвоночник команда позволяет представить каркас полипептида как
ряд связей, соединяющих соседние альфа-атомы углерода каждой аминокислоты в
цепь. Отображение этих магистральных «связей» включается и выключается командой
параметр так же, как и с каркасные команда. Команда позвоночник от
отключает выбранные 'облигации' и позвоночник on или с номером включает их. В
число может использоваться для указания радиуса цилиндра представления в любом
Единицы Ангстрема или РасМола. Значение параметра 500 (2.0 Ангстрема) или выше приводит к
в ошибке «Значение параметра слишком велико». Объекты Backbone можно раскрасить с помощью
РасМол цвет позвоночник команда.

Зарезервированное слово backbone также используется как предопределенный набор («справочные наборы») и как
параметр к набор облигация и набор ssbond команды. Команда РасМол прослеживать
делает позвоночник более гладким, в отличие от позвоночник который связывает альфа-атомы углерода
с прямыми линиями.

Магистраль может быть отображена пунктирными линиями с помощью позвоночник тире
команда.

проверка данных
РасМол фон Команда используется для установки цвета фона "холста".
Цвет может быть указан либо как название цвета, либо как тройка красного цвета, разделенная запятыми,
Зеленые и синие (RGB) компоненты заключены в квадратные скобки. Набираем команду
помощь цвета предоставит список предопределенных названий цветов, распознаваемых RasMol.
При работе под X Windows RasMol также распознает цвета в X-сервере.
база данных названий цветов.

В фон команда является синонимом RasMol набор фон команда.

Облигация Команда РасМол связь + добавляет указанную облигацию к
рисунок, увеличивающий порядок облигаций, если облигация уже существует. Команда связь
выбирать выбирает два атома, заданные порядковыми номерами атомов
как два конца связи, вокруг которых вращать связь команда будет
применяемый. Если связи нет, она создается.

Вращение вокруг ранее выбранной облигации может быть указано вращать связь
команда, или им также можно управлять с помощью мыши, используя связь вращать
включение / выключение или эквивалент вращать связь включение / выключение команды.

Болгарский
РасМол Болгарский Команда устанавливает меню и сообщения на болгарские версии.

Эта команда может работать неправильно, если не установлены соответствующие шрифты.
Команды Болгарский, Китайский, Английский, Французский, Итальянский, Русский и Испанский май
используется для выбора болгарского, китайского, английского, французского, итальянского, японского, русского языков.
меню и сообщения на испанском языке, если установлены соответствующие шрифты.

Мультфильм
РасМол мультфильм команда отображает молекулу ленты как Ричардсон
(MolScript) стиль белка мультфильмы, выполнен в виде толстых (глубоких) лент. В
Самый простой способ получить мультипликационное изображение белка - использовать Мультфильмы
вариант на Дисплей меню. В мультфильм команда представляет текущий выбранный
остатки в виде глубокой ленты с шириной, указанной в аргументе команды. С использованием
команда без параметра приводит к тому, что ширина ленты берется из
вторичная структура белка, как описано в ленты команда. По умолчанию
C-концы бета-листов отображаются в виде стрелок. Это может быть включено и
отключен с помощью набор мультфильмы команда. Глубину мультфильма можно регулировать
используя набор мультфильмы команда. набор мультфильмы команда без каких-либо
Параметры возвращают этим двум параметрам значения по умолчанию.

центр РасМол центр команда определяет точку, о которой вращать командование и
полосы прокрутки вращают текущую молекулу. Без параметра центральная команда
сбрасывает центр вращения на центр тяжести молекулы. Если
выражение атома указано, RasMol вращает молекулу вокруг центра
гравитация множества атомов, заданных выражением. Следовательно, если отдельный атом
указанный выражением, этот атом будет оставаться «неподвижным» во время вращения.

Тип помощь выражение для получения дополнительной информации о выражениях атомов RasMol.

В качестве альтернативы центрирование может быть задано как тройка [CenX, CenY,
CenZ] смещается в единицах RasMol (1/250 ангстрема) от центра тяжести.
Тройку необходимо заключить в квадратные скобки.

Необязательные формы центр ... переведите и центр ... центр может быть использован для
указать использование смещенного центра вращения (не обязательно в центре
холст) или центр вращения, который находится в центре холста.
Начиная с RasMol 2.7.2, по умолчанию новая ось центрируется на холсте.

Китайский
РасМол Китайский команда устанавливает меню и сообщения на китайские версии.

Эта команда может работать неправильно, если не установлены соответствующие шрифты.
Команды Болгарский, Китайский, Английский, Французский, Итальянский, Русский и Испанский май
используется для выбора болгарского, китайского, английского, французского, итальянского, японского, русского языков.
меню и сообщения на испанском языке, если установлены соответствующие шрифты.

буфер обмена
РасМол буфер обмена команда помещает копию отображаемого в данный момент изображения на
локальный графический "буфер обмена". Примечание: эта команда еще не поддерживается в UNIX или VMS.
машины. Он предназначен для упрощения передачи изображений между приложениями.
под Microsoft Windows или на Apple Macintosh.

При использовании RasMol в системе UNIX или VMS эта функциональность может быть достигнута с помощью
создание растрового изображения в формате, который может быть прочитан принимающей программой
с помощью RasMol записывать команда.

Цвет Раскрасьте атомы (или другие объекты) выбранной области. Цвет может быть задан
в виде названия цвета или тройки красного, зеленого и синего (RGB), разделенных запятыми
компоненты, заключенные в квадратные скобки. Набираем команду помощь цвета даст
список всех предопределенных названий цветов, распознаваемых RasMol.

Разрешенные объекты: атомы, облигации, позвоночник ленты этикетки точки облигации, карта, и
облигации. Если объект не указан, ключевое слово по умолчанию атом предполагается. Некоторые
цветовые схемы определены для определенных типов объектов. Цветовая гамма нет может быть
применяется ко всем объектам, кроме атомов и точек, указывая, что выбранные объекты
не имеют собственного цвета, но используют цвет связанных с ними атомов (т. е.
атомы они соединяют). Atom объекты также могут быть окрашены альт, амино, цепи,
обвинять, кпк, группа, модели, стройный, состав, температура or пользователь. Водородные связи
также может быть раскрашен напишите и точечные поверхности также могут быть окрашены электростатический
потенциал. Для получения дополнительной информации введите помощь цвет , Объекты карты могут быть
окрашены в определенный цвет ближайшего атома.

Цветной режим
ColourMode позволяет пользователю переключаться между использованием нового цвет метод. В
В настоящее время новая техника окраски такая же, как и старая, но для сохранения
совместимость со старыми скриптами, может быть целесообразно добавить «цветовой режим» вверху
вашего скрипта где-нибудь, если скрипт был разработан для версии 2.7.3 RasMol или
ранее. Новый метод цвета, когда он будет завершен, направлен на исправление нескольких ошибок в
процедуры окраски.

Связаться
РасМол соединяться используется, чтобы заставить RasMol (пере) вычислить
связность текущей молекулы. Если исходный входной файл содержал
информация о подключении, она отбрасывается. Команда соединяться ложный использует быстрый
эвристический алгоритм, который подходит для определения связи в больших биомолекулах
такие как белки и нуклеиновые кислоты. Команда соединяться правда использует медленнее больше
точный алгоритм, основанный на ковалентных радиусах, который больше подходит для небольших
молекулы, содержащие неорганические элементы или напряженные кольца. Если параметры не указаны
учитывая, что RasMol определяет, какой алгоритм использовать на основе количества атомов в
входной файл. Более 255 атомов заставляют RasMol использовать более быструю реализацию.
Это метод, используемый для определения связи, если необходимо, когда молекула
сначала прочтите в использовании загрузка команда.

Перенести РасМол откладывать команда добавляет команду, данную макросу с заданным именем, если нет
задано имя, команда добавляется к макросу с пустым именем. Команда затирать
это особый случай. В этом случае макрос удаляется. Если имя не указано,
команда должна начинаться с выбора, например откладывать (выделение) .spacefill

Отложенные команды, накопленные под данным именем, могут быть выполнены с использованием
выполнять команду

определять РасМол определять команда позволяет пользователю связать произвольный набор атомов
с уникальным идентификатором. Это позволяет определять пользовательские наборы. Эти
наборы объявляются статически, т.е. после определения содержимое набора не
изменить, даже если выражение, определяющее их, зависит от текущего преобразования
и представление молекулы.

глубина РасМол глубина команда включает, отключает или позиционирует плоскость обратного отсечения
молекула. Программа рисует только те части молекулы, которые находятся ближе
зрителю, чем плоскость отсечения. Целочисленные значения варьируются от нуля на самом
задняя часть молекулы до 100, что полностью перед молекулой.
Промежуточные значения определяют процент отрисовываемой молекулы.

Эта команда взаимодействует с горбыль команда, которая прикрепляется к передней части
заданной плоскости z-отсечения.

Dots РасМол точек используется для создания точечной поверхности Ван-дер-Ваальса вокруг
выбранные в данный момент атомы. На точечных поверхностях отображаются равномерно расположенные точки на сфере.
радиуса Ван-дер-Ваальса вокруг каждого выделенного атома. Точки, которые были бы `` похоронены ''
в пределах радиуса Ван-дер-Ваальса любого другого атома (выбранного или нет) не являются
отображается. Команда точек on удаляет любую существующую поверхность точки и генерирует
точки располагаются вокруг выбранного в данный момент атома с плотностью точек по умолчанию, равной
100. Команда точек от удаляет любую существующую точечную поверхность. Плотность точек может быть
указывается путем предоставления числового параметра от 1 до 1000. Это значение
примерно соответствует количеству точек на поверхности среднего размера
атом.

По умолчанию цвет каждой точки на точечной поверхности соответствует цвету ближайшего к ней.
атом во время образования поверхности. Цвет всей поверхности точки может
можно изменить с помощью цвет точек команда.

Echo РасМол эхо используется для отображения сообщения в команде / терминале RasMol
окно. Строковый параметр может быть дополнительно заключен в двойные кавычки.
символы. Если параметр не указан, эхо команда отображает пустую строку.
Эта команда особенно полезна для отображения текста из RasMol. скрипт
.

Английский
РасМол Английский Команда устанавливает меню и сообщения на английские версии.

Эта команда может работать неправильно, если не установлены соответствующие шрифты.
Команды Болгарский, Китайский, Английский, Французский, Итальянский, Русский и Испанский май
используется для выбора болгарского, китайского, английского, французского, итальянского, японского, русского языков.
меню и сообщения на испанском языке, если установлены соответствующие шрифты.

Выполнить
РасМол выполнять команда:

1. сохраняет прежнее равновесие молекулы (перемещение, вращение и масштабирование)

2. выполняет указанный макрос, подавляя как обновления экрана, так и запись

3. анимирует движение только что отрендеренной молекулы линейно от старого равновесия к
новое равновесие

Макрос должен быть предварительно определен вызовами откладывать команда.

Анимация движения зависит от предыдущих настроек запись команда.

Французский РасМол Французский Команда устанавливает меню и сообщения на французские версии.

Эта команда может работать неправильно, если не установлены соответствующие шрифты.
Команды Болгарский, Китайский, Английский, Французский, Итальянский, Русский и Испанский май
используется для выбора болгарского, китайского, английского, французского, итальянского, японского, русского языков.
меню и сообщения на испанском языке, если установлены соответствующие шрифты.

HОблигации РасМол облигация команда используется для представления водородной связи белка
позвоночник молекулы. Эта информация полезна при оценке белка.
вторичная структура. Водородные связи представлены пунктирными линиями или
цилиндры между донорным и акцепторным остатками. В первый раз облигация команду
используется, программа ищет структуру молекулы, чтобы найти водородные связи
остатки и сообщает пользователю количество облигаций. Команда облигации on
отображает выбранные «связи» в виде пунктирных линий, а облигации от выключает их
отображать. Цвет объектов hbond может быть изменен цвет облигация команда.
Изначально каждая водородная связь имеет цвета связанных с ней атомов.

По умолчанию пунктирные линии проводятся между принимающим кислородом и дающим кислородом.
азот. Используя набор облигации командовать альфа-углеродными позициями
Вместо этого можно использовать соответствующие остатки. Это особенно полезно при изучении
белки в каркасном представлении.

Помощь РасМол помощь Команда предоставляет интерактивную справку по заданной теме.

Итальянский
РасМол Итальянский Команда устанавливает меню и сообщения на итальянские версии.

Эта команда может работать неправильно, если не установлены соответствующие шрифты.
Команды Болгарский, Китайский, Английский, Французский, Итальянский, Русский и Испанский май
используется для выбора болгарского, китайского, английского, французского, итальянского, японского, русского языков.
меню и сообщения на испанском языке, если установлены соответствующие шрифты.

Японский
РасМол Японский Команда устанавливает меню и сообщения на японские версии.

Эта команда может работать неправильно, если не установлены соответствующие шрифты.
Команды Болгарский, Китайский, Английский, Французский, Итальянский, Русский и Испанский май
используется для выбора болгарского, китайского, английского, французского, итальянского, японского, русского языков.
меню и сообщения на испанском языке, если установлены соответствующие шрифты.

этикетка РасМол этикетка команда позволяет связать текстовую строку произвольного формата
с каждым выбранным в данный момент атомом. Эта строка может содержать встроенное расширение
спецификаторы ', которые отображают свойства маркируемого атома. Расширение
спецификатор состоит из символа '%', за которым следует один буквенный символ
указание свойства для отображения. Может отображаться фактический символ '%'
с помощью спецификатора раскрытия "%%".

Маркировка атомов для выбранных в данный момент атомов может быть отключена с помощью команды
этикетка выкл. По умолчанию, если в качестве параметра не указана строка, RasMol использует метки
подходит для текущей молекулы.

Цвет каждой этикетки можно изменить с помощью цвет этикетка команда. По умолчанию,
каждая метка нарисована тем же цветом, что и атом, к которому она прикреплена. В
размер и интервал отображаемого текста можно изменить с помощью набор размер шрифта
команда. Ширина штрихов в отображаемом тексте может быть изменена.
используя набор шрифт
команда.

нагрузка Загрузите файл с координатами молекулы в RasMol. Допустимые форматы файлов молекул: PDB
(Формат банка данных белка), леев (Формат файла MOL компании Molecular Design Limited),
алхимия (Формат файла Tripos 'Alchemy), моль2 (Формат файла Tripos 'Sybyl Mol2),
очарование (Формат файла CHARMm), хуг (Формат файла MSC XMol XYZ), мопак (JP
Формат файла MOPAC Стюарта) или СИФ (Формат файла IUCr CIF или mmCIF). Если нет файла
формат указан, ПДБ, СИФ, or ммCIF предполагается по умолчанию. До 20 молекул
могут быть загружены одновременно. Если модели лиганда CHEM_COMP включены в файл mmCIF,
они будут загружены как модели ЯМР, сначала предоставив все модели ЯМР для модели
координаты, если они указаны, а затем предоставление всех моделей ЯМР для идеальной модели
координаты.

Чтобы удалить молекулу перед загрузкой другой, используйте RasMol затирать команда. К
выберите молекулу для манипуляции с помощью RasMol молекула команда.

В загрузка команда выбирает все атомы в молекуле, центрирует их на экране
и визуализирует его как каркасную модель цвета CPK. Если в молекуле нет связей
(т.е. содержит только альфа-углероды), он нарисован как альфа-углеродный скелет. Если
В файле указано меньше связей, чем атомов, RasMol определяет возможность подключения с помощью
соединяться команда.

В загрузка встроенный команда также позволяет сохранять координаты атомов в скриптах для
обеспечить лучшую интеграцию с браузерами WWW. Команда загрузки, выполняемая внутри скрипта
файл может указывать ключевое слово встроенный вместо обычного имени файла. Этот вариант
указывает, что координаты загружаемой молекулы хранятся в одном файле
как выполняемые в данный момент команды.

Карта РасМол карта команды манипулируют картами электронной плотности в координации с
отображение молекул. Эти команды занимают очень много памяти и могут не работать
машины с ограниченной памятью. Каждая молекула может иметь столько карт, сколько доступно
память разрешает. Карты могут быть прочитаны из файлов или созданы на основе плотности Гаусса.
распределения вокруг атомов.

карта цвет, раскрасить карту в соответствии с заданной цветовой схемой, карта генерировать в
создать карту из выбранных атомов на основе псевдогауссиан, карта уровень, установить
уровень контуров для выбранных карт, карта нагрузка, загрузить карту из файла, карта маска
назначить маску для выбранных карт, карта разрешающая способность, установить разрешение
для контурирования выбранных карт, карта ограничивать, для выбора одной или нескольких карт и для
отключить все остальные, карта спасти, чтобы сохранить информацию о карте в файл, карта шкала, контроль
масштабирование of псевдогауссианы когда порождающий карты, карта Выбрать, выбрать один или
больше карт, карта показать, для отображения информации об одной или нескольких картах или о
параметры, которые будут использоваться при создании или загрузке следующей карты, карта интервал установить
расстояние между контурными линиями выбранных карт, карта распространение, установить дисперсию
гауссианов для построения карты как доли атомного радиуса, и карта затирать
для удаления ранее созданных или загруженных карт.

Эффект карта порождать и карта загрузка команды модифицируются карта маска
команда, которая ограничивает часть отображаемого пространства, которая может быть рассмотрена для
отображение карт.

Карта цвет
РасМол карта цвет команда раскрашивает выбранные карты в соответствии с указанными
цветовая схема. Цветовая схема может быть именем цвета или тройным RBG.
скобки или ключевое слово атом чтобы точки карты были окрашены в цвет
ближайшего атома.

Карта порождать
РасМол карта порождать команда генерирует карту из любых атомов, находящихся в настоящее время
выбирается путем суммирования плотностей электронов, аппроксимированных распределениями Гаусса.
Высота каждого гауссиана определяется настройкой карта лестница команда.
По умолчанию масштаб карты истинен, каждый гауссиан имеет пропорциональный по высоте элемент.
тип атома. Если указан необязательный параметр LRSurf или если масштаб карты
false, каждый гауссиан масштабируется так, чтобы уровень контура Гаусса
1 находится в радиусе Ван-дер-Ваальса. В любом случае стандартное отклонение определяется
по самому последнему заданному распространению или разрешению. Если ненулевой спред
был задан радиус атома, умноженный на разброс, чтобы найти
среднеквадратичное отклонение. По умолчанию 2/3. Если было дано разрешение,
разброс определяется как 2/3 разрешения.

Например, если разрешение задано как 1., а рассматриваемый атом - это углерод
с радиусом Ван-дер-Ваальса, равным 468 единицам расмоля (1.87 ангстрем), предполагаемый
скорость равна 6667, а стандартное отклонение гауссианы принято равным 1.25
Ангстремы.

Если спред был установлен равным нулю, спред для каждого атома определяется из
радиус Ван-дер-Ваальса и радиус зондирующего атома для моделирования эффекта Ли-
Поверхность Ричардса.

Если селектором не задана конкретная карта, новой карте присваивается следующий
доступный номер карты.

Если конкретная карта была задана селектором карт, новая карта заменяет эту карту. Если
селектором было задано более одной карты, новая карта заменяет самую низкую
пронумерованы выбранных карт. В любом случае новая карта становится текущей.
выбранная карта.

Карта отображается в виде точек, сетки или поверхности, в зависимости от последней карты.
выбран режим рендеринга или режим, выбранный в самой команде.

Карта уровень
РасМол карта уровень команда устанавливает уровень контура, который будет использоваться при создании
последующие представления сгенерированных или загруженных карт. Если ключевое слово MEAN в
Используемый уровень относится к среднему значению картографических данных. В противном случае уровень
абсолют.

Как правило, более низкий уровень приводит к тому, что карта содержит больше отображаемого объема,
в то время как более высокий уровень дает карту, содержащую меньший отображаемый объем.

Карта загрузка
РасМол карта загрузка команда загружает файл карты в RasMol. Допустимые форматы:
Формат карты CCP4 и формат imgCIF.

Если селектором не задана конкретная карта, новой карте присваивается следующий
доступный номер карты.

Если конкретная карта была задана селектором карт, новая карта заменяет эту карту. Если
селектором было задано более одной карты, новая карта заменяет самую низкую
пронумерованы выбранных карт. В любом случае новая карта становится текущей.
выбранная карта.

Карта отображается в виде точек, сетки или поверхности в зависимости от последней визуализации карты.
выбран режим.

Карта маска
РасМол карта маска команда определяет маску, которая будет использоваться для ограничения отображаемого пространства
используется для представления других карт или удаляет более раннюю маску
спецификация.

Опция 'selected' указывает, что маска должна быть создана из текущего
выбранные атомы. ' 'опция указывает, что маска должна быть скопирована из
карта указанного номера. Опция 'none' удаляет ранее
указанная маска, если таковая имеется.

Селектор карты указывает карту или карты, для которых указанная маска будет
применяемый. Например, «выбрана следующая маска» указывает, что текущая
выбранные атомы должны использоваться для создания маски, которая будет применяться к любым созданным картам.
последующими командами «загрузка карты» или «создание карты».

В качестве маски можно использовать любую карту. Части карты маски больше чем или
равное среднему значению карты маски позволяет значения маскируемой карты
будет использоваться как дано. Части карты маски ниже среднего значения
карта маски приводит к тому, что значения маскируемой карты обрабатываются так, как если бы они были
равняется наименьшему значению данных маскируемой карты.

Карта разрешающая способность
РасМол карта разрешающая способность команда указывает разрешение в единицах RasMol или, если
дано число, содержащее десятичную точку, используемое разрешение в Ангстремах
в создании и представлении карт.

Разрешение используется в интервале карты для представления карт, указывая
расстояние между уровнями контура (см. карта расстояние команда) и сделать вывод
разворот карты, который будет использоваться в сгенерированных картах из выбранных атомов (см. карта распространение
команда). Размах карты установлен на две трети указанного разрешения.

Карта ограничивать
РасМол карта ограничивать команда выбирает определенные карты, чтобы сделать их активными для
последующие команды карты. Это похоже на карта выберите команда, но делает
отключает отображение невыбранных карт.

Карта спасти
РасМол карта спасти команда сохраняет файл карты imgCIF.

Если с помощью селектора карт не было задано никакой конкретной карты, текущие выбранные карты и
их маски записываются в файл, по одной паре карты и маски на блок данных.

Карта лестница
РасМол карта лестница команда выбирает масштабирование псевдогауссианов в карта
порождать команды. По умолчанию масштаб карты истинен, каждый гауссиан имеет высоту
пропорциональный элемент типа атома. Если был выполнен масштаб карты false, каждый
Гауссиан масштабируется так, чтобы уровень гауссова контура 1 находился на уровне Ван-дер-Ваальса.
радиус. В любом случае стандартное отклонение, определяемое самым последним
используется указанный разброс или разрешение.

Карта выберите
РасМол карта выберите команда выбирает определенные карты, чтобы сделать их активными для
последующие команды карты. Это похоже на карта ограничивать команда, но не
отключить отображение карт, которые не были выбраны.

Если необязательный атом задан параметр, команда выбирает атомы с центрами
ближайшие к карте точки. Радиус поиска может быть задан
параметр радиус_поиска. По умолчанию ищутся атомы в пределах 4 Ангстремов плюс
радиус зонда. Если необязательный одной задан параметр, новый выбор
взяты из выбранных в данный момент атомов. Если варианты параметр
учитывая, что новое выделение добавляется к текущим выбранным атомам. По умолчанию
искать по всем атомам.

Карта произошел
РасМол карта произошел команда вызывает информацию о картах, указанных картой
селектор, который будет записан в командное окно.

Карта расстояние
РасМол карта расстояние команда определяет интервал, который будет использоваться между контурами
линий при создании изображений карт. Расстояние обычно составляет
указывается в Ангстремах с десятичной запятой, но также может быть указано в единицах RasMol.
(250-ые ангстома) как целое число. Для карт, загруженных в координатах сетки,
расстояние параллельно краям ячеек. По умолчанию интервал составляет половину Ангстрема.

Карта распространение
РасМол карта распространение команда указывает обратное число стандартного
отклонения на радиус, которые будут использоваться при создании карт как суммы гауссиан с центром
по атомным позициям. По умолчанию разброс составляет одну две трети (т.е. каждый радиус покрывает
1.5 стандартных отклонения).

Если спред был установлен равным нулю, спред для каждого атома определяется из
радиус Ван-дер-Ваальса и радиус зондирующего атома для моделирования эффекта Ли-
Поверхность Ричардса.

Карта затирать
РасМол карта затирать команда удаляет данные и представления карт
указывается селектором карты. Номера карт, которые не были удалены.
не меняются.

молекула
РасМол молекула команда выбирает одну из 5 ранее загруженных молекул для
активная манипуляция. Пока все молекулы отображаются и их можно вращать
коллективно (см. вращать ВСЕ команда), только одна молекула в каждый момент времени
активен для манипуляции командами, которые управляют деталями рендеринга.

Монитор
РасМол монитор Команда позволяет отображать дистанционные мониторы. Расстояние
монитор представляет собой пунктирную (пунктирную) линию между произвольной парой атомов, необязательно
обозначается расстоянием между ними. Команда РасМол монитор
добавляет такой монитор расстояния между двумя атомами, заданными атомом
серийные номера, указанные как параметры

Дистанционные мониторы выключаются командой Мониторы выкл. По умолчанию
мониторы отображают расстояние между двумя конечными точками в виде метки в центре.
монитора. Эти метки расстояний можно отключить с помощью команды набор
Мониторы выкл, и снова включите с помощью команды набор Мониторы о. Как и большинство других
представления, цвет монитора берется из цвета его конечных точек
если не указано в цвет Мониторы команда.

Мониторы расстояния также могут быть добавлены к молекуле в интерактивном режиме с помощью мыши.
используя набор сбор монитор команда. Щелчок по атому приводит к его появлению.
определяется в командной строке rasmol. Вдобавок каждый выбранный атом увеличивает
счетчик по модулю, так что в режиме монитора каждый второй атом отображает расстояние
между этим атомом и предыдущим. Клавишу Shift можно использовать для определения расстояния
контролирует между фиксированным атомом и несколькими последовательными позициями. Монитор расстояния
также можно удалить (переключить), выбрав соответствующую пару конечных точек атома
второй раз.

Не переключать
РасМол НетToggle команда включает или отключает использование возможности переключения, которая
используется некоторыми другими командами RasMol. Если логическое значение не указано,
Режим NoToggle ВКЛЮЧЕН. Когда режим NoToggle ВКЛЮЧЕН, все функции переключения
выключен. Чтобы выключить его, необходимо явно установить не переключать выкл.

Некоторые команды, использующие функцию переключения: Цветной режим. Больше функций, которые
использовать эту возможность может быть добавлена ​​позже.

пауза РасМол Пауза команда используется в файлах сценария для остановки файла сценария для локального
манипулирование мышью, пока не будет нажата какая-либо клавиша для перезапуска файла сценария. Подожди
является синонимом Пауза. Эта команда может быть выполнена в файлах сценария RasMol, чтобы
приостановить последовательное выполнение команд и позволить пользователю проверить
текущее изображение. Когда РасМол выполняет Пауза команда в файле сценария, она приостанавливает
выполнение остальной части файла, обновляет изображение на экране и позволяет
манипулирование изображением с помощью мыши и полос прокрутки или изменение размера
графическое окно. После нажатия клавиши управление возвращается к файлу сценария в
строка, следующая за Пауза команда. Пока сценарий приостановлен, молекула может быть
повернут, переведен, масштабирован, нарезан и выбран как обычно, но все команды меню
отключен.

Играть РасМол играть команда указывает носитель записи, с которого следует воспроизвести
кино. Время начала кадра воспроизведения указывается в секундах с точностью до миллисекунды.
Поскольку мы работаем на компьютерах, носитель указывается как набор файлов, каждый
отмечены временем начала кадра воспроизведения в миллисекундах как часть имени. В
место в имени, по которому искать время начала кадра воспроизведения в
миллисекунды отмечены символами «ssssss» с соответствующим количеством
цифры. RasMol принимает символы верхнего или нижнего регистра s или десятичные цифры для обозначения
место для времени. Команды play off и play eject эффективно удаляют
указанный носитель от использования. Если среда не указана, воспроизведение приостанавливается.
и играть на возобновляет игру. Обычно игра начинается сразу и длится до конца
среды. Однако, если плей-офф и / или какая-то комбинация игры от и
играть до тех пор, пока не будет введено до играть напишите Средняя, эти настройки будут использоваться.

Начиная с версии 2.7.5, RasMol поддерживает воспроизведение из скриптов и файлов данных.

Печать РасМол Распечатать команда отправляет текущее отображаемое изображение в локальное значение по умолчанию
принтер, используя собственный драйвер принтера операционной системы. Примечание: эта команда
еще не поддерживается в UNIX или VMS. Он предназначен для использования Microsoft
Драйверы принтера для Windows и Apple Macintosh. Например, это позволяет изображениям быть
напечатаны непосредственно на матричном принтере.

При использовании RasMol в системе UNIX или VMS эта функциональность может быть достигнута с помощью
либо создание файла PostScript с помощью RasMol записывать ps or записывать Vectps
команды и печать этого или создание файла растрового изображения и использование служебной программы для
сбросьте это на локальный принтер.

Выход Выход из программы РасМол. Команды RasMol выход и выход синонимы,
кроме вложенных скриптов. В этом случае, выход завершает только текущий
уровень, в то время как выход завершает все вложенные уровни скриптов.

Запись РасМол запись Команда указывает носитель записи, на котором будет храниться фильм. С
мы работаем на компьютерах, носитель указан как шаблон для набора
файлы, каждый из которых отмечен временем начала кадра воспроизведения в миллисекундах (а не
в секундах, чтобы не вставлять десятичную точку) как часть имени. Место в
имя, которое будет заменено временем начала кадра воспроизведения в миллисекундах:
помечены символами «ssssss» с соответствующим количеством цифр. РасМол
принимает верхние или строчные буквы s или десятичные цифры для обозначения места для
время. Команды выключения записи исключают использование указанного носителя. Если нет среды
указано, запись выключена приостанавливает запись, а запись при возобновлении записи с
в следующий доступный раз на том же носителе. Экран является средним по умолчанию и
по умолчанию включен. Запись на диск должна быть явно указана, чтобы диск
не заполняется непреднамеренно. Тип носителя записи может быть
тип изображения, такой как gif, pict или png для записи фактических изображений экрана или сценарий для
запишите команды RasMol, используемые для создания кадров.

Обычно запись начинается в момент начала кадра воспроизведения 0 секунд. Ненулевой
время начала в секундах можно указать с помощью запись к команда как в запись
к 25 or запись к 37.25 помочь в организации сцен из фильмов, которые нужно смонтировать
позже в соответствующем порядке. В запись до команда позволяет установить верхний предел
можно установить время записи в секундах. По умолчанию ограничений нет. Выдача
команды

запись к 600

запись до 1800

приведет к созданию 20-минутного фрагмента фильма, который начнется через 10 минут после начала
более длинный фильм. Эти команды позволяют управлять перезаписью выбранных временных сегментов.

обновление
РасМол обновление команда перерисовывает текущее изображение. Это полезно в скриптах для
обеспечить применение сложного списка изменений параметров.

перенумеровать
РасМол перенумеровать команда последовательно нумерует остатки в макромолекулярном
цепь. Необязательный параметр указывает значение первого остатка в
последовательность. По умолчанию это значение равно единице. Для белков каждая аминокислота пронумерована.
последовательно от конца N до конца C. Для нуклеиновых кислот каждое основание
пронумерован от конца 5 'до конца 3'. Все цепочки в текущем
база данных перенумерована, а пробелы в исходной последовательности игнорируются. Стартовый
значение для нумерации может быть отрицательным.

Сброс РасМол сброс команда восстанавливает исходную трансформацию просмотра и центр
вращение. Для шкалы установлено значение по умолчанию, зум 100 году центр вращения
устанавливается в геометрический центр загруженной в данный момент молекулы, центр все, этой
центр переводится в середину экрана, а точка обзора устанавливается на
ориентация по умолчанию.

Эту команду не следует путать с RasMol. затирать команда, которая удаляет
сохраненная в данный момент молекула, возвращающая программу в исходное состояние.

ограничивать
РасМол ограничивать обе команды определяют текущий выбранный регион
молекулы и отключает представление (большей части) тех частей молекулы
больше не выбран. Все последующие команды RasMol, которые изменяют цвет молекулы
или представление влияет только на текущий выбранный регион. Параметр а
ограничивать команда - это выражение атома RasMol, которое вычисляется для каждого атома
текущая молекула. Эта команда очень похожа на RasMol. выберите команда,
кроме ограничивать отключает каркас заполнение космоса и позвоночник представительства в
невыбранный регион.

Введите "help expression" для получения дополнительной информации о выражениях атомов RasMol или см.
. Atom Выражения.

Ленты
РасМол ленты команда отображает загруженный в данный момент белок или нуклеиновую кислоту как
гладкая твердая «ленточная» поверхность, проходящая вдоль остова белка. В
лента проведена между каждой аминокислотой, чей альфа-углерод выбран в данный момент.
Цвет ленты меняет РасМол. цвет лента команда. Если
текущий цвет ленты нет (по умолчанию), цвет берется из альфа
углерод в каждой позиции по длине.

Ширина ленты в каждой позиции определяется необязательным параметром в
обычные блоки РасМол. По умолчанию ширина ленты берется из
вторичная структура белка или постоянное значение 720 (2.88 Ангстрем) для
нуклеиновых кислот. По умолчанию ширина альфа-спиралей и бета-листов белка составляет 380.
(1.52 Ангстрем) и 100 (0.4 Ангстрем) для витков и случайной катушки. Вторичный
назначение структуры либо из файла PDB, либо рассчитывается с помощью DSSP
алгоритм, используемый Структура команда. Эта команда похожа на RasMol
команду пряди что делает биомолекулярную ленту параллельной
кривые.

Поворот Поверните молекулу вокруг указанной оси. Допустимые значения для оси
Параметром являются «x», «y», «z» и «bond». Целочисленный параметр указывает угол в
градусов, чтобы конструкция поворачивалась. Для осей X и Y положительные значения перемещаются
ближайшая точка вверх и вправо, а отрицательные значения перемещают ее вниз и влево,
соответственно. Для оси Z положительное вращение действует по часовой стрелке, а отрицательное.
угол против часовой стрелки.

В качестве альтернативы эту команду можно использовать, чтобы указать, какие повороты мыши или
циферблаты будут контролировать. Если вращать связь правда выбран, горизонтальная полоса прокрутки
будет управлять вращением вокруг оси, выбранной связь SRC DST выбирать команда.
If вращать ВСЕ правда выбрано, и было загружено несколько молекул, тогда все
молекулы будут вращаться вместе. Во всех остальных случаях мышь и диски управляют
вращение молекулы, выбранное молекула n команда.

Русский
РасМол Русский Команда устанавливает меню и сообщения на русские версии.

Эта команда может работать неправильно, если не установлены соответствующие шрифты.
Команды Болгарский, Китайский, Английский, Французский, Итальянский, Русский и Испанский май
используется для выбора болгарского, китайского, английского, французского, итальянского, японского, русского языков.
меню и сообщения на испанском языке, если установлены соответствующие шрифты.

Сохранено Сохраните текущий выбранный набор атомов в банке данных белков (PDB), MDL,
Файл формата Alchemy (tm) или XYZ. Разница между этой командой и
РасМол записывать команда была отброшена. Единственная разница в том, что без формата
спецификатор спасти команда генерирует PDB файла и записывать команда генерирует
GIF изображения.

Сценарий РасМол скрипт команда читает набор команд RasMol последовательно из текста
файл и выполняет их. Это позволяет изменять последовательности часто используемых команд.
хранится и выполняется одной командой. Файл сценария RasMol может содержать дополнительный
команда сценария с максимальной "глубиной" 10, позволяя сложные последовательности
действия, которые необходимо выполнить. RasMol игнорирует все символы после первого символа '#'
на каждой строке, позволяющей аннотировать сценарии. Файлы сценариев часто также
аннотируется с помощью RasMol эхо команда.

Наиболее распространенный способ создания файла сценария RasMol - использовать записывать скрипт or
записывать расмол команд для вывода последовательности команд, необходимых для
восстановить текущий вид, представление и окраску текущего
отображается молекула.

Команда РасМол источник является синонимом скрипт команда.

Выберите Определите выбранную в данный момент область молекулы. Все последующие РасМол
команды, которые управляют молекулой или изменяют ее цвет или представление только
влияет на текущий выбранный регион. Параметр а выберите команда - это РасМол
выражение, которое вычисляется для каждого атома текущей молекулы. В настоящее время
выделенной (активной) областью молекулы являются те атомы, которые вызывают выражение
оценить верно. Чтобы выделить всю молекулу, используйте команду RasMol. выберите все.
Поведение выберите команда без параметров определяется
РасМол гетеро и Гидрирование параметры.

Введите "help expression" для получения дополнительной информации о выражениях атомов RasMol или см.
. Atom Выражения.

Поставьте РасМол набор команда позволяет пользователю изменять различные внутренние параметры программы
например, те, которые управляют параметрами рендеринга. Каждый параметр имеет свой набор или
допустимые варианты параметров. Обычно, если опустить параметр, этот параметр сбрасывается.
значение по умолчанию. Список допустимых имен параметров приведен ниже.

Показать РасМол произошел команда отображает подробную информацию о состоянии загруженного в данный момент
молекула. Команда произошел информация перечисляет название молекулы, классификацию,
Код PDB и количество содержащихся в нем атомов, цепочек, групп. Если водородная связь,
дисульфидные мостики или вторичная структура, количество
Также отображаются hbonds, ssbonds, спирали, лестницы и повороты соответственно. В
команду произошел центр показывает любые ненулевые значения центрирования, выбранные центр
[CenX, CENY, ценз] команда. Команда произошел фипси показаны углы phi и psi
выбранные в настоящее время остатки и омега-углы цис-пептидных связей. В
команду произошел РамПринт (или 'показать RPP' или 'показать RamachandranPrinterPlot') показывает
простой сюжет на принтере Рамачандрана в стиле "fisipl" Фрэнсис Бернстайн.
программа. Команда произошел вращение (или 'показать гниль' или 'показать' повернуть ') показывает
текущие выбранные значения z, y, x и поворотов связей, если таковые имеются. Команда произошел
выбранный (или 'показать выбранную группу', или 'показать выбранную цепочку', или 'показать выбранную
atom ') показывает группы (по умолчанию), цепочки или атомы текущего выделения. В
команду произошел последовательность перечисляет остатки, которые составляют каждую цепь молекулы.
Команда произошел симметрия показывает пространственную группу и элементарную ячейку молекулы. В
команду произошел перевод показывает любые ненулевые значения перевода, выбранные
переведите команда. Команда произошел зум показывает любое ненулевое масштабирование
значение, выбранное зум команда.

Плита РасМол горбыль команда включает, отключает или позиционирует плоскость отсечения z
молекула. Программа рисует только те части молекулы, которые находятся дальше
от зрителя, чем от плоскости перекрытия. Целочисленные значения находятся в диапазоне от нуля в
от самой задней части молекулы до 100, что полностью перед молекулой.
Промежуточные значения определяют процент отрисовываемой молекулы.

Эта команда взаимодействует с глубина команда, которая прикрепляется к задней части
заданной плоскости z-отсечения.

Заполнение пространства
РасМол заполнение космоса команда используется для представления всех выбранных в данный момент
атомы как твердые сферы. Эта команда используется для создания как объединения сфер, так и
шариковые модели молекулы. Команда, заполнение космоса правда, по умолчанию,
представляет каждый атом как сферу радиуса Ван-дер-Ваальса. Команда заполнение космоса
от отключает представление выбранного атома в виде сфер. Радиус сферы
может быть указано как целое число в единицах RasMol (1/250 Angstrom) или значение
с десятичной точкой. Значение 500 (2.0 Ангстрема) или больше приводит к
Ошибка «Значение параметра слишком велико».

В температура опция устанавливает радиус каждой сферы равным значению, хранящемуся в ее
температурное поле. Нулевые или отрицательные значения не действуют, а значения больше
2.0 усечены до 2.0. В пользователь опция позволяет радиусу каждой сферы быть
указывается дополнительными строками в файле PDB молекулы с использованием ЦВЕТА Raster 3D.
расширение записи.

Команда РасМол холодный полярный континентальный воздух является синонимом заполнение космоса команда.

Команда РасМол cpknew является синонимом заполнение космоса команда, за исключением того, что
используется немного другой набор цветов.

Испанский
РасМол Испанский Команда устанавливает меню и сообщения на испанские версии.

Эта команда может работать неправильно, если не установлены соответствующие шрифты.
Команды Болгарский, Китайский, Английский, Французский, Итальянский, Русский и Испанский май
используется для выбора болгарского, китайского, английского, французского, итальянского, японского, русского языков.
меню и сообщения на испанском языке, если установлены соответствующие шрифты.

ССБоблигации
РасМол облигации команда используется для представления дисульфидных мостиков
молекула белка в виде пунктирных линий или цилиндров между соединенными
цистеины. В первый раз, когда облигации используется команда, программа ищет
структура белка, чтобы найти пары полуцистеина (цистеины, сера которых
находятся в пределах 3 Ангстрем друг от друга) и сообщает количество мостов
Пользователь. Команда облигации on отображает выбранные «связи» в виде пунктирных линий, а
команду облигации от отключает отображение ssbonds в выбранной в данный момент области.
Выбор дисульфидных мостиков идентичен нормальным связям и может быть изменен.
с помощью RasMol набор бонда команда. Цвет дисульфидных связей может быть
изменено с помощью цвет облигации команда. По умолчанию каждая дисульфидная связь имеет
цвета его связанных атомов.

По умолчанию между атомами серы в цистеине протягиваются дисульфидные связи.
группы. Используя набор облигации командовать положением альфа цистеина
вместо них можно использовать атомы углерода.

Звезда РасМол звезда команда используется для представления всех выбранных в данный момент атомов как
звезды (шесть штрихов, по одному в направлениях x, -x, y, -y, z и -z). В
команды выберите связанный последующей звезда 75 полезны для маркировки несвязанных атомов в
a каркасные дисплей с меньшими накладными расходами, чем предусмотрено заполнение космоса 75. Это может быть
выполняется автоматически для всех последующих отображений каркаса с помощью команды набор
бонда связаны.

Команда звезда правда, по умолчанию представляет каждый атом в виде звезды со штрихами
длина равна радиусу Ван-дер-Ваальса. Команда звезда от выключает
представление выбранного атома в виде звезд. Длина хода звезды может быть указана
как целое число в единицах RasMol (1/250 Angstrom) или значение, содержащее десятичную дробь
точка. Значение 500 (2.0 Ангстрема) или больше приводит к "значению параметра".
большая "ошибка".

В температура опция устанавливает длину штриха каждой звезды равной значению, хранящемуся в
его температурное поле. Нулевые или отрицательные значения не действуют, а значения больше
чем 2.0 усекаются до 2.0. В пользователь опция позволяет длину хода каждого
звездочка должна быть указана дополнительными строками в файле PDB молекулы с использованием Raster
Расширение записи 3D COLOR.

РасМол заполнение космоса можно использовать для более художественного рендеринга атомов как
сферы.

Стерео РасМол стерео Команда обеспечивает параллельное стерео отображение изображений. Стерео
просмотр молекулы можно включить (или выключить) либо выбрав Стерео к
Возможности меню или набрав команды стерео on or стерео выкл.

Начиная с RasMol версии 2.7.2.1, Стерео выбор меню и команда
стерео без аргументов цикл из начального состояния стерео от в стерео on in
косоглазый режим на стерео on в режиме пристального взгляда, а затем обратно в стерео выкл.

Угол разделения между двумя видами можно регулировать с помощью набор стерео [-]
команда, где положительные значения приводят к пересечению глаз, а отрицательные
значения при расслабленном (пристальном) просмотре. Включение [-] в стерео
команда, например, в стерео 3 or стерео -5, также контролирует угол и
направлении.

Стереокоманда реализована лишь частично. Когда стерео включен,
изображение не обновлено должным образом. (Это можно сделать с помощью переведите x -
команда.) Он не поддерживается в векторных выходных файлах PostScript, не сохраняется
записывать скрипт команда, и в целом еще не должным образом взаимодействует с
несколько других возможностей программы.

Пряди
РасМол пряди команда отображает загруженный в данный момент белок или нуклеиновую кислоту как
гладкая «лента» изогнутых по глубине кривых, проходящая вдоль основы белка.
Лента состоит из ряда прядей, идущих параллельно друг другу.
вдоль пептидной плоскости каждого остатка. Лента протягивается между каждой аминокислотой.
кислота, альфа-углерод которой выбран в настоящее время. Цвет ленты изменен
расмол цвет лента команда. Если текущий цвет ленты - нет (
по умолчанию), цвет берется из альфа-углерода в каждой позиции вдоль его
длина. Центральные и крайние пряди могут быть окрашены независимо друг от друга с помощью
цвет ribbon1 и цвет ribbon2 команды соответственно. Количество прядей в
ленту можно переделать с помощью РасМол набор пряди команда.

Ширина ленты в каждой позиции определяется необязательным параметром в
обычные блоки РасМол. По умолчанию ширина ленты берется из
вторичная структура белка или постоянное значение 720 для нуклеиновых кислот
(что дает ленту шириной 2.88 Ангстрем). Ширина по умолчанию для белка альфа
спиралей и бета листов составляет 380 (1.52 Ангстрем) и 100 (0.4 Ангстрем) для витков
и случайная катушка. Назначение вторичной структуры либо из файла PDB, либо
рассчитывается с использованием алгоритма DSSP, используемого Структура команда. Эта команда
похожа на команду RasMol ленты что превращает биомолекулярную ленту в
гладкая затененная поверхность.

Структура
РасМол Структура команда вычисляет назначения вторичной структуры для
загруженный в настоящее время белок. Если исходный файл PDB содержал структурное присвоение
записи (HELIX, SHEET и TURN) отбрасываются. Первоначально водородные связи
текущей молекулы, если это еще не было сделано. Вторичный
Затем структура определяется с использованием алгоритма DSSP Кабша и Сандера. Один раз
Программа завершила отчет о количестве найденных спиралей, прядей и витков.

Поверхность
РасМол поверхность команда визуализирует молекулярную поверхность Ли-Ричардса, полученную в результате
катание пробного атома по выбранным атомам. Данное значение указывает радиус
зонда. Если задано в первой форме, эволюция поверхности зонда
(поверхность без растворителя). Если дан во второй форме, конверт
положений центра зонда (растворитель доступен
поверхность).

Прослеживать РасМол прослеживать команда отображает гладкий сплайн между последовательными альфа-углеродными
позиции. Этот шлиц не проходит точно через альфа-углеродную позицию
каждый остаток, но следует по тому же пути, что и ленты пряди и мультфильмы. Внимание
что остатки могут отображаться как ленты пряди мультфильмы или как проследить.
Включение одного из этих представлений отключает другие. Однако остаток может
отображаться одновременно как основа и как одно из вышеуказанных представлений.
Это может измениться в будущих версиях RasMol. До версии 2.6 прослеживать законопроект
синоним магистральная.

Прослеживать температура отображает позвоночник как более широкий цилиндр при высокой температуре
факторов и тоньше на более низком уровне. Это представление полезно для рентгеновского
кристаллографы и спектроскописты ЯМР.

Переведите
РасМол переведите команда перемещает положение центра молекулы на
экран. Параметр оси указывает, по какой оси должна располагаться молекула.
перемещено, а целочисленный параметр указывает абсолютное положение молекулы
центр от середины экрана. Допустимые значения для параметра оси:
«x», «y» и «z». Значения смещения должны быть от -100 до 100, что
соответствуют перемещению текущей молекулы за пределы экрана. Положительный «х»
смещение перемещает молекулу вправо, а положительное смещение "y" перемещает
молекула вниз по экрану. Пара команд переведите x 0 и переведите y 0
центрирует молекулу на экране.

Не связывать Команда РасМол развязать удаляет обозначенную облигацию из
Рисунок.

Команда развязать без аргументов удаляет связь, ранее выбранную связь
выбирать команда.

каркасные
РасМол каркасные команда представляет каждую связь в выбранной области
молекула в виде цилиндра, линии или вектора глубины. Отображение облигаций как
векторы с глубиной (темнее, чем дальше от зрителя) включаются
команда каркасные or каркасные о. Выбранные облигации отображаются как
цилиндров, указав радиус как целое число в единицах RasMol или содержащий
десятичная точка как значение в Ангстремах. Значение параметра 500 (2.0 Ангстрем)
или выше приводит к ошибке «Значение параметра слишком велико». Облигации могут быть окрашены
используя цвет облигации команда.

Если в выбранных связях участвуют атомы альтернативных конформеров, то связи имеют вид
сужается посередине до радиуса 8 указанного радиуса (или до радиуса
указывается как необязательный второй параметр).

Несвязанные атомы, которые могут стать невидимыми в обычном каркасные дисплей может
быть отмеченным предшествующим набор бонда связанный команда. Если почти коллинеарен
связи с атомами делают их трудноразличимыми на каркасном изображении, набор
бонда ВСЕ команда добавит маркеры для ВСЕ атомы в последующих каркасные команду
казни.

Написать Записать текущее изображение в файл стандартного формата. Поддерживаемое в настоящее время изображение
форматы файлов включают BMP (Растровое изображение Microsoft) и GIF (Компьютерный GIF), ирис (ИРИС
RGB), частей на миллион (Портативное растровое изображение), РАН (Растровый файл Sun), ps и EPSF (Инкапсулированный
постскриптум), монопы (Монохромный инкапсулированный PostScript), пикт (яблочный пикт), Vectps
(Векторный постскриптум). В записывать command также может использоваться для генерации команды
скрипты для других графических программ. Формат скрипт записывает файл, содержащий
РасМол скрипт команды для воспроизведения текущего изображения. Формат молскрипт
записывает команды, необходимые для визуализации текущего вида молекулы, как
ленты в программе Пера Краулиса Molscript и формате кинемаг команды для
Программа Дэвида Ричардсона «Маг». Следующие форматы полезны для дальнейшего
Обработка: поврай (POVRay 2), поврай3 (POVRay 3 - в разработке), VRML (ВРМЛ
файл). Наконец, предоставляется несколько форматов для предоставления данных phi-psi для перечисления
или фипси (данные phi-psi в виде аннотированного списка с цис-омегами), Рамачан и RDF
и РамачандранДанныеФайл (данные phi-psi в виде столбцов чисел для gnuplot), RPP и
РамачандранПринтерСюжет (данные phi-psi в виде графика на принтере).

Различие между этой командой и RasMol спасти команда была отброшена.
Единственное отличие состоит в том, что без спецификатора формата спасти команда генерирует
PDB файла и записывать команда генерирует GIF изображения.

затирать Удаляет содержимое текущей базы данных и сбрасывает переменные параметров на
их исходное состояние по умолчанию.

Zoom Измените увеличение отображаемого в данный момент изображения. Логические параметры
либо увеличить, либо сбросить масштаб текущей молекулы. Целочисленный параметр
указывает желаемое увеличение в процентах от масштаба по умолчанию. В
минимальное значение параметра - 10; максимальное значение параметра зависит от
размер отображаемой молекулы. Для белков среднего размера это около 500.

УСТАНОВКА ПАРАМЕТРЫ

RasMol имеет ряд внутренних параметров, которые можно изменить с помощью набор команда.
Эти параметры управляют рядом опций программы, например опциями рендеринга и мышью.
сопоставления кнопок.

выбор play.fps радиуса record.aps

Поставьте окружающий
РасМол окружающий параметр используется для управления количеством окружающего (или
окружающий) свет в сцене. В окружающий значение должно быть от 0 до 100. Это
контролирует процентную интенсивность самого темного оттенка объекта. Для прочного
объект, это интенсивность поверхностей, обращенных в сторону от источника света или в
тень. Для объектов с глубиной это интенсивность объектов, наиболее удаленных от
Зритель.

Этот параметр обычно используется для корректировки мониторов с другой гаммой.
значения "(яркость), чтобы изменить то, насколько светлым или темным будет печатное изображение, когда
напечатаны или изменить ощущение глубины каркасных или ленточных представлений.

Поставьте Топоры
РасМол Оси Параметр управляет отображением ортогональных осей координат на
текущий дисплей. Оси координат используются в файле данных молекулы, и
начало координат - центр ограничивающей рамки молекулы. В набор Оси команда
аналогично командам набор ограниченный ящик и набор ячейка которые отображают ограничивающую рамку
и кристаллографическая элементарная ячейка соответственно.

Поставьте Обратное затухание
РасМол затухание параметр используется для управления затуханием до указанного
цвет фона, а не черный. Это контролируется командами набор
затухание on и набор затухание выкл. Например, это можно использовать для генерации глубины
изображения, которые переходят в белый цвет, а не в черный.

Поставьте проверка данных
РасМол фон параметр используется для установки цвета «холста»
фон. Цвет может быть указан как название цвета или через запятую.
тройка компонентов красного, зеленого и синего (RGB), заключенная в квадратные скобки. Набрав
команду помощь цвета предоставит список предопределенных названий цветов, распознаваемых
РасМол. При работе под X Windows RasMol также распознает цвета в X
база данных названий цветов сервера.

Команда набор фон является синонимом команды RasMol фон.

Поставьте Режим связи
РасМол набор бонда команда управляет механизмом выбора отдельных
связывает и изменяет отображение связанных и несвязанных атомов последующими
каркасные команды.

При использовании выберите и ограничивать команды, данная связь будет выбрана, если i)
режим облигации or и выбран любой из связанных атомов, или ii)
бонда и и выбраны оба атома, соединенные связью. Следовательно
отдельная облигация может быть однозначно идентифицирована с помощью команды набор бонда и
и затем однозначно выбирая атомы на обоих концах.

В бонда [все | нет | связаны] команды добавить звезда 75 or заполнение космоса 75 маркеры
для обозначенных атомов в каркасные отображает. Звезды используются, когда указано
радиус каркаса равен нулю.

Поставьте Облигации
РасМол облигации параметр используется для управления отображением двойных и тройных связей как
несколько линий или цилиндров. В настоящее время заявки на облигации читаются только в молдавских леях.
файлы, файлы формата Sybyl Mol2, файлы формата Tripos Alchemy, CIF и mmCIF, а также
подходящие файлы PDB. Двойные (и тройные) облигации указываются в некоторых файлах PDB как
указание данной облигации дважды (и трижды) в записях CONECT. Команда
набор облигации on позволяет отображать заявки на облигации, а команда набор облигации от
отключает их.

Поставьте Связанная коробка
РасМол ограниченный ящик параметр управляет отображением текущей молекулы
ограничивающая рамка на дисплее. Ограничивающая рамка ортогональна файлу данных.
исходные оси координат. В набор ограниченный ящик команда похожа на команды набор
Оси и набор ячейка которые отображают ортогональные оси координат и ограничивающую рамку,
соответственно.

Поставьте Мультфильм
РасМол мультфильм параметр используется для управления отображением мультипликационной версии
ленты отображать. По умолчанию C-конец бета-листов отображается как
стрелки. Это можно включить или отключить с помощью набор мультфильмы
команда. Глубину мультфильма можно отрегулировать с помощью мультфильмы
команда. набор мультфильмы команда без каких-либо параметров возвращает эти два параметра
в
их значения по умолчанию.

Поставьте ЦисАнгл
РасМол прямоугольник Параметр контролирует угол отсечки для идентификации цис-пептида
облигации. Если значение не указано, отсечка устанавливается на 90 градусов.

Поставьте Дисплей
Эта команда управляет режимом отображения в RasMol. По умолчанию, набор дисплей
нормальный RasMol отображает молекулу в представлении, указанном пользователем.
Команда набор дисплей выбранный изменяет режим отображения таким образом, что молекула
временно нарисован, чтобы указать выбранную в данный момент часть молекулы. В
цветовая схема, заданная пользователем, и представление остается неизменным. В этом
представление: все выбранные атомы показаны желтым, а все невыбранные атомы
показаны синим цветом. Цвет фона также меняется на темно-серый, чтобы
указывают на изменение режима отображения. Эта команда обычно используется только
внешние графические интерфейсы пользователя (GUI).

Поставьте Размер шрифта
РасМол набор размер шрифта команда используется для управления размером символов, которые
формируют метки атомов. Это значение соответствует высоте отображаемого символа.
в пикселях. Максимальное значение размер шрифта составляет 48 пикселей, а значение по умолчанию - 8
пикселей в высоту. Фиксированный или пропорциональный интервал можно выбрать, добавив "FS"
или модификаторы "PS" соответственно. По умолчанию - «FS». Чтобы отобразить метки атомов на
экран используйте РасМол этикетка команду и изменить цвет отображаемых
ярлыки, используйте цвет этикетки команда.

Поставьте ШрифтШтрих
РасМол набор шрифт команда используется для управления размером ширины штриха
символов, образующих метки атомов. Это значение представляет собой радиус в пикселях
цилиндры, используемые для формирования штрихов. По умолчанию используется специальное значение "0".
для нормальной ширины штриха в один пиксель, что позволяет быстро рисовать и
поворот изображения. Ненулевые значения предусмотрены для более художественного
метки атома для публикации за счет дополнительного времени на рендеринг изображения.

Если используются более широкие штрихи, рекомендуется использовать шрифт большего размера, например, с помощью
РасМол набор размер шрифта 24 PS команда, за которой следует набор шрифт 2

Для отображения меток атомов на экране используйте RasMol этикетка команда, и изменить
цвет отображаемых меток используйте цвет этикетки команда.

Поставьте HОблигации
РасМол облигации определяет, проводятся ли водородные связи между
донорные и акцепторные атомы водородной связи, набор облигации боковая цепь или между
альфа-атомами углерода основной цепи белка и между атомами фосфора
остов нуклеиновой кислоты, набор облигации магистральная. Фактическое отображение водородных связей
контролируется облигации команда. Рисование водородных связей между альфа-белком
атомы углерода или фосфора нуклеиновой кислоты полезны, когда остальная часть молекулы
показан только в схематическом представлении, например позвоночник ленты or пряди.
Этот параметр аналогичен RasMol облигации Параметр.

Поставьте Гетеро
РасМол гетеро параметр используется для изменения поведения RasMol по умолчанию.
выберите команда, т.е. поведение выберите без каких-либо параметров. Когда это
Значение ложный, по умолчанию выберите область не включает никаких гетерогенных атомов
(см. предопределенный набор гетеро ). Когда это значение правда, по умолчанию выберите
область может содержать гетероатомы. Этот параметр аналогичен RasMol Гидрирование
параметр, который определяет, следует ли включать атомы водорода в стандартную
установленный. Если оба гетеро и Гидрирование правда, выберите без каких-либо параметров
что эквивалентно выберите все.

Поставьте Песочные часы
РасМол песочные часы параметр позволяет пользователю включать и отключать использование
Курсор "песочные часы", используемый RasMol, чтобы указать, что программа в данный момент занята
рисование следующего кадра. Команда набор песочные часы on включает индикатор, в то время как
набор песочные часы от предотвращает изменение курсора RasMol. Это полезно, когда
вращение молекулы, выполнение последовательности команд из файла сценария или использование
межпроцессное взаимодействие для выполнения сложных последовательностей команд. В этих случаях
«мигающий» курсор может отвлекать.

Поставьте Водород
РасМол Гидрирование параметр используется для изменения поведения "по умолчанию"
РасМол выберите команда, т.е. поведение выберите без каких-либо параметров. Когда
это значение ложный, по умолчанию выберите регион не содержит водорода,
атомы дейтерия или трития (см. предопределенный набор Гидрирование ). Когда это значение
is правда, по умолчанию выберите область может содержать атомы водорода. Этот параметр
похож на РасМол гетеро параметр, который определяет, будут ли гетерогенные атомы
должен быть включен в набор по умолчанию. Если оба Гидрирование и гетеро правда, выберите
без каких-либо параметров эквивалентно выберите все.

Поставьте Кинемаг
РасМол набор кинемаг команда управляет количеством деталей, хранящихся в Kinemage
выходной файл, созданный RasMol записывать кинемаг команда. Выходной кинемаг
файлы предназначены для отображения программой Дэвида Ричардсона Mage. набор
кинемаг ложный, по умолчанию, сохраняет только текущее отображаемое представление в
сгенерированный выходной файл. Команда набор кинемаг правда, порождает более сложные
Kinemage, который содержит как каркасные, так и базовые представления, а также
оси координат, ограничивающий прямоугольник и элементарная ячейка кристалла.

Поставьте Меню
РасМол набор Меню Команда включает кнопки меню окна холста или строку меню.
Эта команда обычно используется только в графических пользовательских интерфейсах или для создания как
как можно больше увеличить изображение при использовании Microsoft Windows.

Поставьте Монитор
РасМол набор монитор команда позволяет мониторы. Этикетки монитора расстояния могут
быть выключенным командой набор монитор выкл, и снова включите с помощью команды набор
монитор о.

Поставьте мышь
РасМол набор мышь команда устанавливает поворот, перемещение, масштабирование и масштабирование
привязки мыши. Значение по умолчанию - расмол который подходит для двухкнопочных мышей
(для трехкнопочных мышей вторая и третья кнопки являются синонимами); XY вращение
управляется первой кнопкой, а перемещение XY - второй. Дополнительный
функции управляются удерживанием клавиши-модификатора на клавиатуре. [Shift] и
первая кнопка выполняет масштабирование, [сдвиг], а вторая кнопка выполняет Z-
вращение, а [control] и первая кнопка мыши управляют плоскостью отсечения. В
понимание и кванты опции обеспечивают те же привязки мыши, что и другие пакеты для
опытные пользователи.

Поставьте Сбор
РасМол набор сбор серия команд влияет на то, как пользователь может взаимодействовать с
молекула отображается на экране в RasMol.

Включение / отключение Atom Идентификация Сбор: Щелчок мышью по атому
приводит к идентификации и отображению его названия остатка, номера остатка, атома
имя, серийный номер атома и цепочка в командном окне. Такое поведение может быть
отключен командой набор сбор нет и восстановил командой набор
сбор идент. Команда набор сбор согласовывать добавляет атомные координаты
атом на дисплей.

Отключение выбора с помощью набор сбор от полезно при выполнении Пауза
в скриптах RasMol, так как она предотвращает отображение ложного сообщения на
командная строка, пока сценарий приостановлен.

Измерение Расстояния, Углы и Торсионы: Интерактивное измерение расстояний,
углы и кручения достигаются с помощью команд: набор сбор расстояние, набор
сбор монитор набор сбор угол и набор сбор кручение соответственно. В этих
режимах, нажатие на атом приводит к его идентификации с помощью команды rasmol
линия. Вдобавок каждый выбранный атом увеличивает счетчик по модулю, так что в
режим расстояния, каждый второй атом отображает расстояние (или монитор расстояния)
между этим атомом и предыдущим. В угловом режиме каждый третий атом отображает
угол между предыдущими тремя атомами и в торсионном режиме каждый четвертый атом
отображает кручение между последними четырьмя атомами. Удерживая нажатой клавишу Shift
при выборе атома этот счетчик по модулю не увеличивается и позволяет,
Например, отображаемые расстояния между последовательными атомами от фиксированного атома. Видеть
монитор команда для управления отображением линий монитора расстояния и
этикетки.

Маркировка атомы Мышь: Мышь также можно использовать для переключения отображения
метка атома на данном атоме. Команда РасМол набор сбор этикетка удаляет метку
от выбранного атома, если он уже есть, или отображает краткую метку на этом атоме
положение иначе.

Центрирование Вращение Мышь: Молекула может быть центрирована на указанном атоме.
положение с помощью команд RasMol набор сбор центр or набор сбор центра. In
В этом режиме выбор атома приводит к тому, что все последующие вращения будут происходить вокруг этой точки.

Сбор a Облигация as a Вращение Оси: В качестве оси вращения можно выбрать любую облигацию.
для части молекулы, находящейся за вторым выбранным атомом. Эта особенность
следует использовать с осторожностью, так как, естественно, изменяет конформацию
молекула. После выполнения набор сбор связь или используя эквивалент "Pick Bond" в
в меню «Настройки», связка, которую нужно повернуть, выбирается такой же мышью.
щелчки используются для выбора атомов для измерения расстояния. Обычно это
должно быть выполнено там, где существует облигация, но если облигации нет, она будет добавлена. В
Связку нельзя использовать для вращения, если она является частью кольца любого размера. Все облигации
выбранные для ротации запоминаются, чтобы их можно было правильно сообщить, когда
написания сценария, но только последняя выбранная облигация может активно вращаться.

Включение Атом / Группа / Сеть Выбор Сбор: Атомы, группы и цепочки могут быть
выбрано (как если бы выберите команда), с набор сбор атом, набор сбор
группа, набор сбор цепь команды. Для каждой из этих команд клавиша Shift может
использоваться для добавления нового выделения к старому, и можно использовать клавишу управления
чтобы удалить новую выборку из старой. Когда набор сбор атом команда
учитывая, что мышь можно использовать, чтобы выбрать или перетащить рамку вокруг атомов, для которых
выбор желателен. Когда набор сбор группы дается команда, выбирая любой
атом вызовет выбор всех атомов, которые совпадают по номеру остатка с
выбранный атом, даже если он находится в разных цепочках. Когда набор сбор цепь команда
Учитывая, что выбор любого атома вызовет выбор всех атомов, которые согласуются в цепочке
идентификатор с выбранным атомом.

Поставьте Играть
РасМол набор играть.fps команда дает количество кадров в секунду для воспроизведения
не провела обыск играть команда (по умолчанию 24 кадра в секунду).

В текущем выпуске RasMol время воспроизведения не контролируется этим
Параметр.

Поставьте Радиус
РасМол набор radius команда используется для изменения поведения RasMol точек
команда в зависимости от значения растворитель параметр. Когда растворитель is правда,
radius Параметр определяет, создается ли истинная поверхность Ван-дер-Ваальса
точек команда. Если значение radius отличное от нуля, это значение
используется как радиус каждого атома вместо его истинного значения vdW. Когда значение
растворитель is правда, этот параметр определяет радиус «сферы зонда» (растворителя).
Параметр может быть целым числом в единицах расмола или содержать десятичную дробь.
точка в Ангстремах. Значение этого параметра по умолчанию определяется значением
of растворитель и меняется растворитель перезагружается radius на новое значение по умолчанию.

Поставьте Запись
РасМол набор запись.aps дает максимальную скорость на экране в Ангстремах за
второй при анимации перемещений, поворотов и масштабов (по умолчанию 10 А / сек).

РасМол набор запись.aps команда дает количество кадров в секунду для записи
не провела обыск запись команда (по умолчанию 24 кадра в секунду).

РасМол набор запись. колодец команда устанавливает время в секундах, чтобы задержаться на изменении
по внешнему виду (по умолчанию 5 сек).

Поставьте ТеньСила
В сила тени параметр (взят из RasTop) определяет перераспределение оттенков
(контраст), используемый при визуализации твердых объектов. Это значение от 0 до 100.
регулирует затенение на поверхности объекта, ориентируясь по направлению к свету
источник. Изменение параметра мощности тени не меняет максимум или
минимальные значения этого затенения, как и изменение окружающий параметр. Ценность
100 концентрирует свет на верхней части сфер, давая зеркальный, зеркальный
рендеринг (см. спецмощность параметр). Значение 0 распределяет свет на
весь объект.

Эта реализация shadepower отличается от RasTop только выбором
диапазона (от 0 до 100 против -20 до 20 в RasTop).

Поставьте Shadow
РасМол набор тень команда включает и отключает трассировку лучей текущего
визуализированное изображение. В настоящее время затеняется только представление, заполняющее пространство, или может
отбрасывать тени. Включение затенения автоматически отключит Z-обрезку.
(перекрытие) плоскости с помощью команды горбыль выкл. Трассировка лучей обычно занимает около
несколько секунд для белка среднего размера. Рекомендуется затенение
быть обычно отключенным, пока молекула трансформируется или манипулируется, и
включается только после выбора подходящей точки обзора, чтобы обеспечить большую
впечатление глубины.

Поставьте Режим плиты
РасМол Slabmode параметр управляет методом рендеринга объектов, вырезанных
плоскость перекрытия (z-отсечения). Допустимые параметры slabmode: "отклонить", "наполовину",
«пустотелый», «сплошной» и «секционный».

Поставьте растворитель
РасМол набор растворитель команда используется для управления поведением RasMol точек
команда. В зависимости от стоимости растворитель параметр, точек команда либо
создает поверхность Ван-дер-Ваальса или доступную для растворителя поверхность вокруг текущего
выбранный набор атомов. Изменение этого параметра автоматически сбрасывает значение
РасМол radius параметр. Команда набор растворитель ложный, значение по умолчанию,
указывает, что поверхность Ван-дер-Ваальса должна быть создана, и сбрасывает значение
radius к нулю. Команда набор растворитель правда указывает, что "Коннолли" или
Поверхность, доступная для растворителя Ричардса, должна быть нарисована и radius
параметр, радиус растворителя, до 1.2 Ангстрем (или 300 единиц RasMol).

Поставьте зеркальный
РасМол набор зеркальный команда включает и отключает отображение зеркального
выделения на твердых объектах, нарисованных РасМолом. Зеркальные блики выглядят как белые
отражение источника света на поверхности объекта. Текущий РасМол
реализация использует функцию приближения для создания этого выделения.

Зеркальные блики на поверхностях твердых объектов можно изменить с помощью
коэффициент зеркального отражения, который изменяется с помощью RasMol набор
спецмощность команда.

Поставьте Спецмощность
В спецмощность Параметр определяет яркость твердых объектов, визуализируемых
РасМол. Это значение от 0 до 100 регулирует коэффициент отражения, используемый в
расчет бликов. Зеркальные блики включены и отключены
расмол набор зеркальный команда. При значениях около 20 или 30 получается пластиковый вид.
поверхности. Высокие значения соответствуют более блестящим поверхностям, таким как металлы, а более низкие.
значения создают более размытые / тусклые поверхности.

Поставьте ССБоблигации
РасМол облигации Параметр определяет, разводятся ли дисульфидные мостики
между атомами серы в боковой цепи (по умолчанию) или между альфа
атомы углерода в основной цепи остатков цистеина. Фактическое отображение
дисульфидные мостики контролируются облигации команда. Рисование дисульфидных мостиков
между альфа-атомами углерода полезен, когда остальная часть белка показана только в
схематическое представление, такое как позвоночник ленты or пряди. Этот параметр
похож на РасМол облигации Параметр.

Поставьте Стерео
РасМол набор стерео параметр управляет разделением между левым и правым
изображений. Включение и выключение стерео не изменяет положение центра молекулы.

Стерео просмотр молекулы можно включить (или выключить), выбрав Стерео
из Возможности меню или набрав команды стерео on or стерео выкл.

Угол разделения между двумя видами можно регулировать с помощью набор стерео [-]
команда, где положительные значения приводят к пересечению глаз, а отрицательные
значения при расслабленном (пристальном) просмотре. В настоящее время просмотр стереозвука не поддерживается.
in вектор PostScript выходные файлы.

Поставьте Пряди
РасМол пряди параметр контролирует количество параллельных прядей, которые
отображаются на ленте представления белков. Допустимые значения для
этот параметр - 1, 2, 3, 4, 5 и 9. Значение по умолчанию - 5. Количество
strands постоянно для всех отображаемых лент. Однако ширина ленты
(разделение между нитями) может контролироваться по остатку на основе остатка
с помощью RasMol ленты команда.

Поставьте Прозрачность
РасМол прозрачный параметр управляет записью прозрачных GIF-файлов
записывать GIF команда. Это может контролироваться набор прозрачный on и
набор прозрачный от команды.

Поставьте Ячейка
РасМол ячейка Параметр управляет отображением кристаллографического блока
ячейка на текущем дисплее. Кристаллическая ячейка включается только в том случае, если
Информация о симметрии кристалла содержится в файле данных PDB, CIF или mmCIF. В
Команда RasMol произошел симметрия отображать детали пространственной группы и единицы кристалла
оси ячеек. В набор ячейка команда похожа на команды набор Оси и набор
ограниченный ящик которые отображают ортогональные оси координат и ограничивающую рамку,
соответственно.

Поставьте ВектПС
РасМол Vectps параметр используется для управления способом, которым RasMol записывать
Команда создает векторные файлы вывода PostScript. Команда набор Vectps on позволяет
использование черных контуров вокруг сфер и цилиндрических связей, создающих "мультяшный"
как "вывод с высоким разрешением. Однако текущая реализация RasMol
неправильно изображает сферы, которые пересекаются более чем одной сферой.
Следовательно, модели "мяч и клюшка" отображаются правильно, но не заполняют большое пространство.
модели сфер. Мультяшные контуры могут быть отключены по умолчанию с помощью команды набор
Vectps выкл.

Поставьте Написать
РасМол записывать параметр управляет использованием спасти и записывать команды внутри
сценарии, но его можно запускать только из командной строки. По умолчанию это значение
is ложный, запрещение генерации файлов в любых скриптах, выполняемых при запуске
(например, запускаемые из браузера WWW). Однако аниматоры могут запустить РасМол.
интерактивно: введите набор записывать on а затем выполнить скрипт для генерации каждого кадра
используя исходную команду.

ATOM ВЫРАЖЕНИЯ

Выражения атомов RasMol однозначно идентифицируют произвольную группу атомов в молекуле.
Выражения Atom состоят из примитивных выражений, предопределенных наборов, сравнения
операторы, одной выражения или логические (логические) комбинации вышеуказанного выражения
типы.

Логические операторы позволяют создавать сложные запросы из более простых, используя
стандартные логические связки а также, or и не. Они могут быть сокращены символами
"&", "|" и "!" соответственно. Круглые скобки (скобки) могут использоваться для изменения приоритета
операторов. Для удобства можно также использовать запятую для логической дизъюнкции.

Выражение атома вычисляется для каждого атома, поэтому белок и позвоночник выбирает белок
атомы остова, а не атомы протеина и [нуклеиновой] кислоты!

Примитивный Expressions
Примитивные выражения RasMol - это фундаментальные строительные блоки атома.
выражения. Есть два типа примитивных выражений. Используется первый тип
для идентификации данного числа остатков или диапазона чисел остатков. Единственный остаток
идентифицируется по его номеру (позиции в последовательности), а диапазон определяется
нижняя и верхняя границы разделены дефисом. Например выберите 5,6,7,8
Также выберите 5-8. Обратите внимание, что при этом выбираются заданные номера остатков во всех
цепи макромолекул.

Второй тип примитивного выражения определяет последовательность полей, которые должны
совпадение для данного атома. Первая часть указывает остаток (или группу остатков)
и необязательная вторая часть определяет атомы внутри этих остатков. Первое
часть состоит из названия остатка, за которым может следовать номер остатка и / или
идентификатор цепи.

Вторая часть состоит из символа точки, за которым следует имя атома. Атом
имя может содержать до четырех буквенных или цифровых символов. Необязательная точка с запятой
за которым может быть добавлен альтернативный идентификатор подтверждения. Необязательный
Также можно добавить косую черту, за которой следует номер модели.

Звездочка может использоваться как подстановочный знак для всего поля, а вопросительный знак - как
односимвольный подстановочный знак.

сравнение Операторы
Части молекулы также можно различать с помощью равенства, неравенства и
упорядочивание операторов по их свойствам. Формат такого выражения сравнения:
имя свойства, за которым следует оператор сравнения, а затем целочисленное значение.

Свойства атома, которые могут использоваться в RasMol, следующие: атомно для серийного атома
номер, Elemno для атомного номера (элемента) атома, Resno для остатка
номер, radius для радиуса заполнения пространства в единицах RasMol (или ноль, если не представлен
как сфера) и температура для значения изотропной температуры PDB.

Оператор равенства обозначается либо «=», либо «==». Оператор неравенства как
либо «<>», «! =», либо «/ =». Операторы упорядочения: «<» для меньшего, «<=» для
меньше или равно, ">" означает больше и ">" больше или равно.

В Expressions
РасМол одной выражение позволяет выбирать атомы по их близости к
другой набор атомов. А одной выражение принимает два параметра, разделенных запятой
и заключен в круглые скобки. Первый аргумент - это целочисленное значение, называемое
"отсечка" внутреннего выражения, и второй аргумент может быть любым.
выражение атома. Расстояние отсечения выражается в целых единицах RasMol.
или Angstroms, содержащие десятичную точку. Атом выбирается, если он находится в пределах
отсечка любого из атомов, определяемых вторым аргументом. Это позволяет
сложные выражения, которые должны быть построены, содержащие вложенные одной выражения.

Например, команда выберите внутри (3.2, магистраль) выбирает любой атом в пределах 3.2
Радиус Ангстрема любого атома в основной цепи белка или нуклеиновой кислоты. В
выражения особенно полезны для выбора атомов вокруг активного сайта.

предопределенный Наборы пигментов
Выражения атома RasMol могут содержать предопределенные наборы. Эти наборы представляют собой отдельные ключевые слова
которые представляют собой части интересующей молекулы. Предопределенные наборы часто
сокращения примитивных выражений атома. В некоторых случаях использование предопределенных
наборы позволяют выбрать области молекулы, которые иначе не могли бы быть
выдающийся. Список предопределенных на данный момент наборов приведен ниже. В
Помимо перечисленных здесь наборов, RasMol также обрабатывает имена элементов (и их
множественного числа) как предопределенные наборы, содержащие все атомы этого типа элемента, т. е.
команду выберите кислород эквивалентно команде выберите elemno = 8.

предопределенный Наборы пигментов

AT Поставьте Этот набор содержит атомы в дополнительных нуклеотидах аденозина и
тимидин (А и Т соответственно). Все нуклеотиды классифицируются как набор
at или набор cg Этот набор эквивалентен выражениям атома РасМола в, и
нуклеиновый и кг.

Кислотным Поставьте
Набор кислых аминокислот. Это остатки типов Asp и Glu. Все амино
кислоты классифицируются как кислая, основной or нейтральный. Этот набор эквивалентен
выражения атома РасМола жерех глу и амино- и (базовая or нейтральный).

ациклический Поставьте
Набор атомов в аминокислотах, не содержащий цикла или кольца. Все аминокислоты
классифицируется как циклический or ациклический. Этот набор эквивалентен атому РасМола.
выражение амино- и циклический.

алифатический Поставьте
Этот набор содержит алифатические аминокислоты. Это аминокислоты Ala, Gly,
Иль, Лей и Вал. Этот набор эквивалентен выражению атома RasMol аля, гли
и, лея, вал.

Альфа Поставьте
Набор альфа-углеродов в молекуле белка. Этот набор примерно
эквивалентно выражению атома RasMol * .CA. Эту команду не следует путать
с предопределенным набором спираль который содержит атомы в аминокислотах
альфа-спирали белка.

Амино- Поставьте
Этот набор содержит все атомы, содержащиеся в аминокислотных остатках. Это полезно
для отличия белка от нуклеиновой кислоты и гетерогенных атомов в
текущая база данных молекул.

ароматический Поставьте
Набор атомов в аминокислотах, содержащих ароматические кольца. Это амино
кислоты His, Phe, Trp и Tyr. Поскольку они содержат ароматические кольца, все члены
этот набор является членом предопределенного набора циклический. Этот набор эквивалентен
Выражения атома RasMol его, фе, тп, Тир и циклический и Pro.

Позвоночник Поставьте
Этот набор содержит четыре атома каждой аминокислоты, которые образуют полипептид NC-
Основа CO белков и атомы сахарно-фосфатного остова нуклеиновой кислоты.
кислоты. Используйте предопределенные наборы RasMol белок и нуклеиновый различать
две формы позвоночника. Атомы в нуклеиновых кислотах и ​​белках либо позвоночник
or боковая цепь. Этот набор эквивалентен выражению RasMol (белок or нуклеиновая)
и боковая цепь.

Предопределенный набор главная цепь является синонимом набора магистральная.

Базовый Поставьте
Набор основных аминокислот. Это остатки типов Arg, His и Lys. Все
аминокислоты классифицируются как кислая, основной or нейтральный. Этот набор
эквивалентно выражениям атома RasMol аргумент, его, лилия и амино- и (кислая
or нейтральный).

Связанный Поставьте
Этот набор содержит все атомы в текущей базе данных молекул, которые связаны с
хотя бы еще один атом.

Похороненный Поставьте
Этот набор содержит атомы тех аминокислот, которые имеют тенденцию (предпочитают) быть захороненными.
внутри белка, вдали от контакта с молекулами растворителя. Этот набор относится к
предпочтение аминокислот, а не фактическая доступность растворителя для текущего
белок. Все аминокислоты классифицируются как поверхность or похоронен. Этот набор
эквивалентно выражению атома RasMol амино- и поверхность.

CG Поставьте Этот набор содержит атомы в дополнительных нуклеотидах цитидина и гуанозина.
(C и G соответственно). Все нуклеотиды классифицируются как набор at или
набор cg Этот набор эквивалентен выражениям атома РасМола c, g и нуклеиновый и
AT.

Заряженный Поставьте
Этот набор содержит заряженные аминокислоты. Это аминокислоты, которые
или кислый or основной. Аминокислоты классифицируются как заряженный or
нейтральный. Этот набор эквивалентен выражениям атома РасМола кислый or основной и
амино- и нейтральный.

циклический Поставьте
Набор атомов в аминокислотах, содержащий цикл или кольца. Все аминокислоты
классифицируется как циклический or ациклический. Этот набор состоит из аминокислот His,
Phe, Pro, Trp и Tyr. Члены предопределенного набора ароматический являются членами
этот набор. Единственная циклическая, но неароматическая аминокислота - это пролин. Этот набор
эквивалентно выражениям атома RasMol его, фе, профессионал, тп, Тир и ароматический or
PRO и амино- и ациклический.

цистин Поставьте
Этот набор содержит атомы остатков цистеина, которые входят в состав дисульфида.
мостик, т.е. полуцистины. РасМол автоматически определяет дисульфидные мостики, если
ни предопределенный набор цистин ни РасМол облигации команда была использована
так как молекула была загружена. Набор свободных цистеинов можно определить с помощью
выражение атома РасМола Cys и цистин.

винтовая линия Поставьте
Этот набор содержит все атомы, которые составляют часть альфа-спирали белка, как определено.
либо автором файла PDB, либо алгоритмом DSSP Кабша и Сандера. По умолчанию,
RasMol использует определение вторичной структуры, указанное в файле PDB, если оно
существуют. В противном случае он использует алгоритм DSSP, используемый RasMol. Структура
команда.

Этот предопределенный набор не следует путать с предопределенным набором альфа , которые
содержит альфа-атомы углерода белка.

Гетеро Поставьте
Этот набор содержит все гетерогенные атомы в молекуле. Это атомы
описывается записями HETATM в файле PDB. Обычно они содержат воду,
кофакторы и другие растворители и лиганды. Все гетеро атомы классифицируются как
лиганд or растворитель атомы. Эти разнородные растворитель атомы далее классифицируются
как либо воды or ионов.

Водород Поставьте
Этот предопределенный набор содержит все атомы водорода, дейтерия и трития
текущая молекула. Этот предопределенный набор эквивалентен выражению атома RasMol
elemno = 1.

гидрофобный Поставьте
Этот набор содержит все гидрофобные аминокислоты. Это аминокислоты Ала,
Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met и Trp. Все аминокислоты классифицируются как
гидрофобный or полярный. Этот набор эквивалентен выражениям атома РасМола аля,
лея, вал, и, профессионал, фе, встретились, ГТО и амино- и полярный.

Ионы Поставьте
Этот набор содержит все гетерогенные ионы фосфата и сульфата в текущем
файл данных молекулы. Большое количество этих ионов иногда связано с
структуры белков и нуклеиновых кислот, определенные с помощью рентгеновской кристаллографии. Эти
атомы имеют тенденцию загромождать изображение. Все гетеро атомы классифицируются как лиганд or
растворитель атомы. Все растворитель атомы классифицируются как воды or ионов.

Большой Поставьте
Все аминокислоты классифицируются как мал, средний or большой. Этот набор
эквивалентно выражению атома RasMol амино- и (маленький or Средняя).

лиганд Поставьте
Этот набор содержит все гетерогенные кофакторные и лигандные части, которые
содержится в текущем файле данных молекулы. Этот набор определяется как все гетеро
атомы, которые не растворитель атомы. Следовательно, этот набор эквивалентен атому РасМола
выражение гетеро и растворитель.

Средний Поставьте
Все аминокислоты классифицируются как мал, средний or большой. Этот набор
эквивалентно выражению атома RasMol амино- и (большой or небольшой).

Нейтральные Поставьте
Набор нейтральных аминокислот. Все аминокислоты классифицируются как кислая,
основной or нейтральный. Этот набор эквивалентен выражению атома RasMol амино- и
(кислая or базовый).

Нуклеиновые Поставьте
Набор всех атомов в нуклеиновых кислотах, состоящий из четырех нуклеотидных оснований.
аденозин, цитидин, гуанозин и тимидин (A, C, G и T соответственно). Все
Нуклеотиды классифицируются как пуриновых or пиримидин. Этот набор эквивалентен
к выражениям атома РасМола а, в, г, т и пуриновых or пиримидин. Символы для
Нуклеотиды РНК (U, + U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU,
и PSU) также признаются членами этого набора.

Полярный Поставьте
Этот набор содержит полярные аминокислоты. Все аминокислоты классифицируются как
гидрофобный or полярный. Этот набор эквивалентен выражению атома RasMol амино-
и гидрофобный.

Белкове продукты Поставьте
Набор всех атомов в белках. Он состоит из предопределенного набора RasMol амино-
и общие пост-переводческие модификации.

пурина Поставьте
Набор пуриновых нуклеотидов. Это основания аденозин и гуанозин (A и
G соответственно). Все нуклеотиды либо пурины or пиримидины. Этот набор
эквивалентно выражениям атома RasMol а, г и нуклеиновый и пиримидин.

пиримидинов Поставьте
Набор пиримидиновых нуклеотидов. Это основания цитидин и тимидин (C
и T соответственно). Все нуклеотиды либо пурины or пиримидины. Этот набор
эквивалентно выражениям атома РасМола с, т и нуклеиновый и пурин.

Выбранный Поставьте
Этот набор содержит набор атомов в выбранной в данный момент области. В настоящее время
выбранный регион определяется предыдущим выберите or ограничивать команда, а не
выражение атома, содержащее выбранный ключевое слово.

Простыня Поставьте
Этот набор содержит все атомы, которые составляют часть бета-листа белка, как определено
либо автор файла PDB, либо алгоритм DSSP Кабша и Сандера. По умолчанию,
RasMol использует определение вторичной структуры, указанное в файле PDB, если оно
существуют. В противном случае он использует алгоритм DSSP, используемый RasMol. Структура
команда.

Боковая цепь Поставьте
Этот набор содержит функциональные боковые цепи любых аминокислот и основание каждой
нуклеотид. Эти атомы не входят в основную цепь полипептида NCCO.
белки или сахарно-фосфатный остов нуклеиновых кислот. Используйте РасМол
предопределенные наборы белок и нуклеиновый различать две формы
боковая цепь. Атомы в нуклеиновых кислотах и ​​белках либо позвоночник or боковая цепь.
Этот набор эквивалентен выражению RasMol (белок or нуклеиновая) и
магистральная.

Поставьте
Все аминокислоты классифицируются как мал, средний or большой. Этот набор
эквивалентно выражению атома RasMol амино- и (Средняя or большой).

растворитель Поставьте
Этот набор содержит атомы растворителя в файле координат молекулы. Эти
гетерогенные молекулы воды, фосфат- и сульфат-ионы. Все гетеро атомы
классифицируется как лиганд or растворитель атомы. Все растворитель атомы классифицируются как
или воды or ионов. Этот набор эквивалентен выражениям атома РасМола гетеро
и лиганд и воды or ионов.

Поверхность Поставьте
Этот набор содержит атомы тех аминокислот, которые имеют тенденцию (предпочитают) находиться на
поверхность белков, контактирующая с молекулами растворителя. Этот набор относится к
предпочтение аминокислот, а не фактическая доступность растворителя для текущего
белок. Все аминокислоты классифицируются как поверхность or похоронен. Этот набор
эквивалентно выражению атома RasMol амино- и похоронен.

Тёрн Поставьте
Этот набор содержит все атомы, которые входят в состав белковых витков, как определено
либо автор файла PDB, либо алгоритм DSSP Кабша и Сандера. По умолчанию,
RasMol использует определение вторичной структуры, указанное в файле PDB, если оно
существуют. В противном случае он использует алгоритм DSSP, используемый RasMol. Структура
команда.

Вода Поставьте
Этот набор содержит все гетерогенные молекулы воды в текущей базе данных. А
большое количество молекул воды иногда связано с белком и нуклеиновым
кислотные структуры, определенные с помощью рентгеновской кристаллографии. Эти атомы имеют тенденцию загромождать
изображение. Все гетеро атомы классифицируются как лиганд or растворитель атомы. В
растворитель атомы далее классифицируются как воды or ионов.

Поставьте Итого
В таблице ниже кратко изложена классификация распространенных аминокислот РасМолом.

ЦВЕТ СХЕМЫ

РасМол цвет позволяет использовать различные объекты (например, атомы, связи и ленту).
сегментов), чтобы получить заданный цвет. Обычно это цвет RasMol.
предопределенное название цвета или тройка RGB. Дополнительно RasMol также поддерживает альт, амино,
цепи, обвинять, кпк, группа, модели, стройный, состав, температура or пользователь цветовые схемы
для атомов и облигация напишите цветовая схема водородных связей и электростатический потенциал
цветовое решение для точечных поверхностей. 24 предустановленных на данный момент цветовых названия: черный, синий,
Синий оттенок, коричневый, голубой, золотой, серый, зеленый, зеленый, синий, зеленый оттенок, горячий розовый, пурпурный, оранжевый,
Розовый, PinkTint, Пурпурный, Красный, Красно-оранжевый, Морской зеленый, Небесно-голубой, Фиолетовый, Белый, Желтый и
Желтый оттенок

Если вы часто хотите использовать заранее не определенный цвет, вы можете написать однострочный скрипт.
Например, если вы сделаете файл серый.цвет содержащий строку, цвет [180,180,180]
#серый, тогда команда скрипт серый.цвет окрашивает текущий выбранный набор атомов в серый цвет.

другой Цвета
РасМол альт Цветовая схема (Альтернативный преобразователь) кодирует базовую структуру с
один цвет и применяет ограниченное количество цветов к каждому альтернативному конформеру. В
RasMol, созданный для 8-битных цветовых систем, 4 цвета разрешены для альтернативных
конформеры. В остальном доступно 8 цветов.

Амино- Цвета
РасМол амино- цветовая схема окрашивает аминокислоты в соответствии с традиционными аминокислотами
кислотные свойства. Цель окраски - выявить аминокислоты в необычном
или удивительное окружение. Видны внешние полярные части белка.
(яркие) цвета и неполярные остатки темнее. Большинство цветов освящены
традиция. Эта цветовая схема похожа на стройный схемы.

цепь Цвета
РасМол цепь цветовая схема присваивает каждой макромолекулярной цепи уникальный цвет.
Эта цветовая схема особенно полезна для различения частей
мультимерная структура или отдельные «нити» цепи ДНК. цепь может быть
выбрано из RasMol Цвета .

Заряд Цвета
РасМол заряд цветовая схема цветовая кодировка каждого атома в соответствии с зарядом
значение, хранящееся во входном файле (или поле бета-фактора файлов PDB). Высокие ценности
окрашены в синий (положительный) цвет, а меньшие значения - в красный (отрицательный). Скорее
чем использовать фиксированную шкалу, эта схема определяет максимальное и минимальное значения
заряд / температура и соответственно интерполируется от красного к синему. Следовательно,
зеленый цвет не может считаться зарядом «без начислений».

Разница между заряд и температура цветовые схемы - это то, что увеличивается
значения температуры переходят от синего к красному, в то время как увеличение значений заряда идет
от красного к синему.

Если в поле заряда / температуры хранятся разумные значения, можно использовать
РасМол цвет точек потенциал команда для цветового кодирования точечной поверхности (сгенерированная
точек команду) электростатическим потенциалом.

КФК Цвета
РасМол холодный полярный континентальный воздух цветовая гамма основана на цветах популярного пластика
модели заполнения пространства, которые были разработаны Кори, Полингом и позже улучшены
Култун. Эта цветовая схема раскрашивает объекты «атом» по типу атом (элемент). Этот
это схема, традиционно используемая химиками. Назначение наиболее часто встречающихся
Используемые типы элементов для цветов приведены ниже.

В группе Цвета
РасМол группы цветовая схема цветовая кодировка остатков по их положению в
макромолекулярная цепь. Каждая цепочка изображена в виде плавного спектра от синего до
от зеленого, желтого и оранжевого до красного. Отсюда N-конец белков и 5'-конец
нуклеиновых кислот окрашены в красный цвет, а С-конец белков и 3'-конец
нуклеиновые кислоты показаны синим цветом. Если в цепочке большое количество разнородных
связанных с ней молекул, макромолекула не может быть нарисована полностью
«диапазон» спектра. В группе можно выбрать из RasMol Цвета .

Если с цепью связано большое количество разнородных молекул,
макромолекула не может быть нарисована во всем диапазоне спектра. Когда РасМол
выполняет групповую окраску, он определяет диапазон цветов, которые он использует, от остатка
нумерация указана в файле PDB. Следовательно, наименьший остаток отображается в
синий, а самый высокий остаток отображается красным. К сожалению, если PDB
файл содержит большое количество гетероатомов, таких как молекулы воды, которые занимают
высокие числа остатков, белок отображается в сине-зеленом конце
спектра и воды в желто-красном конце спектра. Это усугубляется
тем, что молекул воды обычно намного больше, чем аминокислотных остатков. В
решение этой проблемы - использовать команду набор гетеро от перед применением
цветовая схема группы. Этого также можно добиться, переключив Гетеро атомы на
Возможности меню перед выбором В группе на Цвет меню. Эта команда инструктирует
RasMol использовать только негетеро-остатки в групповой шкале цвета.

ЯМР Модель Цвета
РасМол модель Цветовая схема кодирует каждую модель ЯМР отдельным цветом. В
Номер модели ЯМР принимается как числовое значение. Высокие значения выделены синим цветом и
меньшие значения окрашены в красный цвет. Вместо использования фиксированного масштаба эта схема определяет
максимальное значение номера модели ЯМР и интерполируется от красного к синему
соответственно.

стройный Цвета
РасМол стройный цветовая схема цветовая кодировка остатков по аминокислотным свойствам. Этот
Схема основана на «Фигурных моделях» Боба Флеттерика. Каждая аминокислота и нуклеиновая кислота
кислотному остатку придается уникальный цвет. В стройный цветовую схему использовал Дэвид
Программа Bacon Raster3D. Эта цветовая схема похожа на амино- цветовая схема.

Структура Цвета
РасМол Структура цветовая схема окрашивает молекулу по вторичному белку
состав. Альфа-спирали окрашены в пурпурный цвет, [240,0,128], бета-листы - в
желтого цвета, [255,255,0], витки бледно-голубого цвета, [96,128,255] и все
остальные остатки окрашены в белый цвет. Вторичная структура либо считывается из
PDB-файл (записи HELIX, SHEET и TURN), если они есть, или определенные с помощью Kabsch
и алгоритм DSSP Сандера. РасМол Структура команда может использоваться для принудительного
Используемая структура DSSP.

Температура Цвета
РасМол температура цветовая схема цветовая кодировка каждого атома в соответствии с
значение анизотропной температуры (бета), хранящееся в файле PDB. Обычно это дает
мера подвижности / неопределенности положения данного атома. Высокие ценности
окрашены в более теплые (красные) цвета, а более низкие значения - в более холодные (синие) цвета. Этот
функция часто используется, чтобы связать значение "шкалы" [например, изменчивость аминокислот
в вирусных мутантах] с каждым атомом в файле PDB и раскрасьте молекулу
соответственно.

Разница между температура и заряд цветовые схемы - это то, что увеличивается
значения температуры переходят от синего к красному, в то время как увеличение значений заряда идет
от красного к синему.

Информация о пользователе Цвета
РасМол пользователь цветовая схема позволяет RasMol использовать цветовую схему, хранящуюся в
PDB файл. Цвета для каждого атома хранятся в записях COLO, помещенных в PDB.
файл данных. Это соглашение было введено программой Дэвида Бэкона Raster3D.

HBond Тип Цвета
РасМол напишите цветовая схема применяется только к водородным связям, поэтому используется в
команду цвет облигации тип. Эта схема кодирует цветом каждую водородную связь в соответствии с
на расстояние вдоль белковой цепи между донором и акцептором водородной связи.
Это схематическое изображение было введено Бельхадж-Мостефой и Мильнером-Уайтом.
Это представление дает хорошее представление о вторичной структуре белка (hbonds
образующие альфа-спирали выглядят красными, формирующие листы - желтыми, а те
образующиеся витки выглядят пурпурными).

Потенциал Цвета
РасМол потенциал цветовая схема применяется только к точечным поверхностям, поэтому используется в
команда цвет точек потенциал. Эта схема окрашивает каждый отображаемый в данный момент
точка электростатическим потенциалом в этой точке пространства. Этот потенциал
рассчитывается по закону Кулона с учетом поля температуры / заряда входного сигнала.
как заряд, связанный с этим атомом. Это та же интерпретация
используется цвет заряд команда. Словно заряд низкие значения цветовой схемы
синий / белый и высокие значения - красный.

Амино- Кислота Коды
В следующей таблице перечислены названия, однобуквенные и трехбуквенные коды каждого
аминокислот.

Булевы
Логический параметр - это значение истины. Допустимые логические значения - истина и ложь,
и их синонимы «включено» и «выключено». Логические параметры обычно используются RasMol
для включения или отключения представления или опции.

ФАЙЛОВ ФОРМАТЫ

Белкове продукты Данные Банк Файлы

Если у вас нет документации PDB, вы можете найти следующее резюме PDB
формат файла полезен. Protein Data Bank - это компьютерная архивная база данных для
макромолекулярные структуры. База данных была создана в 1971 году Brookhaven National
Лаборатория, Аптон, Нью-Йорк, в качестве общедоступного хранилища разрешенных кристаллографических
конструкции. Банк использует единый формат для хранения координат атомов и частичной связи.
взаимосвязи, полученные из кристаллографических исследований. В 1999 году Банк данных о белках
перешел в Научно-исследовательское объединение структурной биологии.

Записи файла PDB состоят из записей по 80 символов каждая. Используя аналогию с перфокартой,
столбцы с 1 по 6 содержат идентификатор типа записи, столбцы с 7 по 70 содержат данные. В
старые записи, столбцы с 71 по 80 обычно пусты, но могут содержать информацию о последовательности
добавлены программами управления библиотекой. В новых записях, соответствующих формату PDB 1996 г.,
в этих столбцах есть другая информация. Первые четыре символа записи
идентификатора достаточно для однозначной идентификации типа записи, а синтаксис каждого
запись не зависит от порядка записей в любой записи для конкретной
макромолекула.

Единственные типы записей, которые представляют наибольший интерес для программы RasMol, - это ATOM и
Записи HETATM описывают положение каждого атома. Записи ATOM / HETATM содержат
стандартные имена атомов и аббревиатуры остатков, а также идентификаторы последовательностей,
координаты в единицах Ангстрема, заселенность и факторы теплового движения. Точные детали
приведены ниже в формате FORTRAN. Столбец "fmt" указывает на использование
поле во всех форматах PDB, в форматах 1992 года и ранее или в формате 1996 года и позже
форматов.

Остатки расположены в порядке, начиная с N-концевого остатка для белков и 5'-конца.
для нуклеиновых кислот. Если последовательность остатков известна, некоторые порядковые номера атомов могут быть
опущено, чтобы в будущем можно было вставить любые отсутствующие атомы. Внутри каждого остатка атомы
заказываются стандартным образом, начиная с остова (NCCO для белков) и
происходит по мере удаления от альфа-углерода вдоль боковой цепи.

Записи HETATM используются для определения посттрансляционных модификаций и кофакторов.
связанный с основной молекулой. Записи TER интерпретируются как перерывы в основных
позвоночник молекулы.

Если присутствует, RasMol также проверяет HEADER, COMPND, HELIX, SHEET, TURN, CONECT, CRYST1,
МАСШТАБ, МОДЕЛЬ, ENDMDL, EXPDTA и КОНЕЦ записи. Такая информация, как имя, код базы данных,
дата пересмотра и классификация молекулы взяты из HEADER и COMPND
записи, начальные назначения вторичной структуры берутся из HELIX, SHEET и TURN
записей, а конец файла может быть обозначен записью END.

РасМол Интерпретация of PDB поля
Предполагается, что атомы, расположенные в 9999.000, 9999.000, 9999.000, являются псевдонимом Insight.
атомов и игнорируются RasMol. Имена атомов, начинающиеся с Q, также считаются
псевдоатомы или маркеры положения.

Когда файл данных содержит структуру ЯМР, несколько конформаций могут быть помещены в
один файл PDB, разделенный парами записей MODEL и ENDMDL. РасМол отображает
все модели ЯМР, содержащиеся в файле.

Названия остатков «CSH», «CYH» и «CSM» считаются псевдонимами цистеина «CYS».
Названия остатков «WAT», «H20», «SOL» и «TIP» считаются псевдонимами для воды.
«HOH». Название остатка «D20» означает «DOD» тяжелой воды. Название остатка "SUL"
считается сульфат-ионом «SO4». Название остатка «CPR» считается цис-
пролин и переводится как «ПРО». Название остатка "TRY" считается
псевдоним триптофана «ГТО».

RasMol использует поля HETATM для определения наборов гетеро, воды, растворителя и лиганда.
Любая группа с названием «HOH», «DOD», «SO4» или «PO4» (или связанная с одним из них
имен по предыдущим правилам) считается растворителем и считается
определяется полем HETATM.

RasMol учитывает только записи о подключении CONECT в файлах PDB, содержащих менее
256 атомов. Более подробно это объясняется в разделе, посвященном определению молекулы
возможность подключения. Записи CONECT, которые определяют связь более одного раза, интерпретируются как
указание порядка связи этой связи, то есть связка, указанная дважды, является двойной
облигация и облигация, указанные три (или более) раза, являются тройной связью. Это не
стандартная функция PDB.

PDB Цвет Схема Спецификация
RasMol также принимает дополнительный тип записи COLO в файлах PDB. Этот
формат записи был введен программой Дэвида Бэкона Raster3D для указания
цветовая схема, которая будет использоваться при визуализации молекулы. Это расширение не
в настоящее время поддерживается PDB. Запись COLO имеет тот же базовый тип записи, что и
записи ATOM и HETATM, описанные выше.

Цвета назначаются атомам с помощью процесса сопоставления. Поле Маска используется в
процесс сопоставления выглядит следующим образом. Сначала РасМол читает и запоминает все АТОМ,
HETATM и COLO записывают в порядке ввода. Когда определяемый пользователем ('Пользовательский') цвет
схема выбрана, РасМол перебирает каждую запомненную запись ATOM / HETATM по очереди,
и ищет запись COLO, которая соответствует всем столбцам с 7 по 30.
первая найденная такая COLO-запись определяет цвет и радиус атома.

Обратите внимание, что красный, зеленый и синий компоненты находятся в тех же положениях, что и X, Y,
и Z компоненты записи ATOM или HETA, а радиус Ван-дер-Ваальса входит в
место проживания. Красный, зеленый и синий компоненты должны все быть в
диапазон от 0 до 1.

Чтобы одна запись COLO могла предоставить спецификации цвета и радиуса для большего количества
чем один атом (например, на основе остатка, типа атома или любого другого критерия, для которого
метки могут быть указаны где-нибудь в столбцах с 7 по 30), символ безразличия,
используется решетка "#" (число или острый знак). Этот персонаж, если его найти в
Запись COLO, соответствует любому символу в соответствующем столбце в ATOM / HETATM
записывать. Все остальные символы должны совпадать одинаково, чтобы считаться совпадением. Как
расширение спецификации, любой атом, который не соответствует записи COLO, считается
отображается белым цветом.

Многочисленные ЯМР Модели
RasMol загружает все модели ЯМР из файла PDB независимо от того, какая команда используется:
загрузка PDB or загрузка nmpdb

После загрузки нескольких конформаций ЯМР ими можно манипулировать с помощью
расширения выражения атома, описанные в Примитивный Выражения. В частности,
команду ограничивать * / 1 ограничит отображение только первой моделью.

CIF и ммCIF Формат Файлы
CIF - это стандарт IUCr для представления малых молекул, а mmCIF предназначен
в качестве замены формата PDB с фиксированным полем для представления
макромолекулярные структуры. RasMol может принимать наборы данных в любом формате.

Во всемирной паутине есть много полезных сайтов, где можно найти информационные инструменты и
можно найти программное обеспечение, относящееся к CIF, mmCIF и PDB. Следующие хорошие
отправные точки для исследования:

Международный союз кристаллографии (IUCr) предоставляет доступ к программному обеспечению,
словари, заявления о политике и документация, относящиеся к CIF и mmCIF по адресу:
IUCr, Честер, Англия (www.iucr.org/iucr-top/cif/) со множеством зеркальных сайтов.

Проект базы данных нуклеиновых кислот предоставляет доступ к своим записям, программному обеспечению и
документация со страницей mmCIF, дающей доступ к словарю, и mmCIF
программные инструменты в Университете Рутгерса, Нью-Джерси, США
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) со многими зеркальными сайтами.

Эта версия RasMol ограничивает значения тегов CIF или mmCIF практически одинаковыми
соглашения, используемые для формата PDB с фиксированным полем. Таким образом, идентификаторы цепочек и
альтернативные идентификаторы конформации ограничены одним символом, имена атомов
ограничены 4 символами и т. д. RasMol интерпретирует следующие CIF и mmCIF
теги: поиск выполняется по нескольким блокам данных для желаемых тегов, поэтому
один набор данных может состоять из нескольких блоков данных, но несколько наборов данных
не могут находиться в одном файле.

ДЛЯ МАШИНЫ ПОДДЕРЖКA

В следующих разделах поддержка Монохромный X-Windows, Tcl / Tk МПК, UNIX розетки
основанный МПК, составление РасВин Борланд и МетроВеркс описаны.

Монохромный X-Windows Поддержка
RasMol поддерживает множество монохромных рабочих станций UNIX, которые обычно встречаются в академических кругах,
такие как рабочие станции SUN начального уровня и X-терминалы NCD. Версия RasMol для X11
(при компиляции в 8-битном режиме) теперь обнаруживает черно-белые дисплеи X-Windows и
включает дизеринг автоматически. Использование дизеринга диффузии ошибок во время выполнения
означает, что все режимы отображения RasMol доступны в монохромном режиме. Для
наилучших результатов, пользователи должны поэкспериментировать с командой set ambient, чтобы убедиться, что
максимальная контрастность получаемых изображений.

Tcl / Tk IPC поддержка
Версия 4 графической библиотеки Tk изменила протокол, используемый для связи между
Тк приложения. RasMol версии 2.6 был модифицирован таким образом, чтобы он мог обмениваться данными
с этим новым протоколом и протоколом предыдущей версии 3, поддерживаемым RasMol
v2.5. Хотя приложения Tcl / Tk 3.x могут взаимодействовать только с другими 3.x
приложений и приложений Tcl / Tk 4.x с другими приложениями 4.x эти изменения
позволяют RasMol обмениваться данными между процессами с обоими протоколами (потенциально
одновременно).

UNIX розетки основанный IPC
Реализация RasMol для UNIX поддерживает связь через сокеты в стиле BSD. An
идентичный механизм сокета также разрабатывается для VMS, Apple Macintosh и
Системы Microsoft Windows. Это должно позволить RasMol интерактивно отображать
результаты вычислений на удаленном хосте. Текущий протокол действует как TCP / IP.
сервер на порту 21069, который выполняет командные строки до тех пор, пока команда выход or
команда выход набирается. Команда exit с сервера RasMol, команда
выход оба отключают текущий сеанс и завершают RasMol. Эта функциональность
можно протестировать с помощью команды UNIX Telnet 21069.

составление РасВин Борланд и МетроВеркс
При переходе с версии 2.5 в исходный код внесен ряд изменений.
до 2.6, чтобы версия RasMol для Microsoft Windows могла компилироваться с использованием
Компилятор Borland C / C ++. Эти исправления включают изменение имени стандартной библиотеки.
и специальный код, чтобы избежать ошибки в _fmemset. Дополнительные изменения были внесены в
переход с 2.6 на 2.7 для возможности компиляции с помощью компиляторов MetroWerks.

БИБЛИОГРАФИЯ

Молекулярный Графика

[1] Нельсон Макс, "Компьютерное представление молекулярных поверхностей", Компьютерная графика IEEE.
and Applications, стр 21-29, август 1983 г.

[2] Артур М. Леск, «Белковая архитектура: практический подход», издательство IRL Press,
1991.

Молекулярный Графика Программы

[3] Пер Дж. Краулис, "MOLSCRIPT: программа для создания как подробных, так и схематических графиков
Структуры белков », Журнал прикладной кристаллографии, том 24, стр. 946-950, 1991.

[4] Дэвид Бэкон и Уэйн Ф. Андерсон, «Быстрый алгоритм для визуализации заполнения пространства.
Изображения молекул », Журнал молекулярной графики, том 6, № 4, стр 219-220, декабрь 1988 г.

[5] Дэвид С. Ричардсон и Джейн С. Ричардсон, «Кинемаг: инструмент для научных
Коммуникация », Наука о белках, том 1, № 1, стр. 3–9, январь 1992 г.

[6] Майк Карсон, "RIBBONS 2.0", Журнал прикладной кристаллографии, том 24, стр.958-961,
1991.

[7] Конрад К. Хуанг, Эрик Ф. Петтерсен, Тери Э. Кляйн, Томас Э. Феррин и Роберт
Лэнгридж, "Conic: быстрый рендерер для молекул, заполняющих пространство с тенями", Journal of
Molecular Graphics, Vol.9, No. 4, pp.230-236, December 1991.

Молекулярный Биология Алгоритмы

[8] Вольфганг Кабш и Кристиан Сандер, "Словарь вторичной структуры белка:
Распознавание образов связанных водородом и геометрических элементов ", Биополимеры, Том 22,
С. 2577-2637, 1983.

[9] Майкл Л. Коннолли, "Доступные для растворителей поверхности белков и нуклеиновых кислот",
Science, Vol.221, No.4612, pp.709-713, август 1983 г.

[10] Халед Бельхадж-Мостефа, Рон Поэт и Э. Джеймс Милнер-Уайт, "Displaying Inter-Main"
Паттерны цепных водородных связей в белках ", Журнал молекулярной графики, том 9, № 3,
С. 194-197, сентябрь 1991 г.

[11] Майк Карсон, «Ленточные модели макромолекул», Журнал молекулярной графики, том 5,
No 2, стр.103-106, июнь 1987 г.

[12] Майк Карсон и Чарльз Э. Багг, "Алгоритм для ленточных моделей белков", Журнал
of Molecular Graphics, Vol.4, No. 2, pp.121-122, June 1986.

[13] Х. Иидзима, Дж. Б. Данбар-младший и Г. Маршалл, "Калибровка эффективного ван-дер-Ваальса"
Радиусы атомных контактов для белков и пептидов », Белки: структура, функции и
Генетика, Том 2, стр 330-339,1987, XNUMX.

Графика Алгоритмы

[14] Дж. Фоули, А. ван Дам, С. Файнер и Дж. Хьюз, "Компьютерная графика: принципы и
Практика », 2-е издание, Addison Wesley Publishers, 1990.

[15] Дж. Клири и Дж. Вивилл, "Анализ алгоритма быстрой трассировки лучей с использованием Uniform
Space Subdivision ", The Visual Computer, Vol.4, pp.65-83, 1988.

[16] Томас Портер, «Сферическое затенение», Компьютерная графика, том 12, ACM SIGGRAPH,
С. 282-285, 1978.

[17] Жан-Мишель Сенс, "Точный расчет видимости для молекулярных моделей, заполняющих пространство",
Журнал молекулярной графики, том 9, номер 3, стр. 191-193, сентябрь 1991 г.

[18] Крис Шафмайстер, «Быстрый алгоритм генерации изображений CPK на графике.
Рабочие станции ", Журнал молекулярной графики, том 8, номер 4, стр.201-206, декабрь 1990 г.

[19] Брюс А. Джонсон, "MSURF: Быстрая и общая программа по представлению
Молекулярные поверхности », Журнал молекулярной графики, том 5, № 3, стр. 167–169, сентябрь
1987.

Файл Форматы

[20] Фрэнсис С. Бернштейн и др., "Банк данных белков: компьютерный архивный файл.
для макромолекулярных структур », Journal of Molecular Biology, Vol.112, pp.535-542, 1977.

[21] Артур Долби, Джеймс Г. Норс, У. Дуглас Хауншелл, Энн К.И. Гушерст, Дэвид Л.
Гриер, Бертон А. Лиланд и Джон Лауфер, "Описание нескольких форматов химических файлов.
Используется компьютерными программами, разработанными в Molecular Design Limited ", Journal of Chemical
Информация и компьютерные науки, Том 32, Номер 3, стр 244-255, 1992.

[22] Adobe Systems Inc., «Справочное руководство по языку PostScript», Addison-Wesley
Издатели, Ридинг, Массачусетс, 1985.

[23] Филип Э. Борн и др., "Файл макромолекулярной кристаллографической информации".
(mmCIF) ", Meth. Enzymol. (1997) 277, 571-590.

[24] Сидней Р. Холл, "Файл STAR: новый формат для электронной передачи данных и
Архивирование », Journal of Chemical Information and Computer Sciences, Vol. 31, 326-333, 1991.

Используйте rasmol-gtk онлайн с помощью сервисов onworks.net