Это команда reprof, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
reprof - предсказать вторичную структуру белка и доступность растворителя
СИНТАКСИС
reprof -i [query.blastPsiMat] [ОПЦИИ]
reprof -i [query.fasta] [ОПЦИИ]
reprof -i [query.blastPsiMat|query.fasta] --mutations [mutations.txt] [ОПЦИИ]
ОПИСАНИЕ
Прогнозируйте вторичную структуру белка и доступность растворителя.
Результат Формат
Формат вывода не требует пояснений, т. е. столбцы вывода описаны в
сам выходной файл.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-я, --Вход=ФАЙЛОВ
Входной файл матрицы BLAST PSSM (из опции Blast -Q) или входной (одиночный) файл FASTA.
-о, --из=ФАЙЛОВ
Либо выходной файл, либо каталог. Если он не указан или каталог, суффикс
имя входного файла (т. е. .fasta или .blastPsiMat) заменяется для создания выходного файла.
имя файла.
--мутации=[все|ФАЙЛ]
Либо ключевое слово «все», чтобы предсказать все возможные мутации, либо файл, содержащий
мутации по одной на строку, например, «C12M» для C мутирован на M в позиции 12:
C30Y
R31W
G48D
Этот код мутации также присоединяется к имени выходного файла с помощью «_». Вдобавок
окончание файла "_ORI" содержит предсказание, не использующее эволюционную информацию, даже если
Была предоставлена матрица BLAST PSSM.
--modeldir=DIR
Каталог, в котором хранятся файлы модели и объектов. По умолчанию: /usr/доля/репроф.
Используйте reprof онлайн с помощью сервисов onworks.net