RNAeffective - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

RNAeffective - расчет эффективного числа ортологичных мишеней miRNA

СИНТАКСИС

РНКэффективный [-час] [-д частотный_файл] [-ф с до] [-к размер образца] [-л среднее, стандартное] [-м
максимальная_целевая_длина] [-н максимальная_длина_запроса] [-у iloop_upper_limit] [-в bloop_upper_limit]
[-с] [-т целевой_файл] [-q файл_запроса] [запрос]

ОПИСАНИЕ

РНКэффективный представляет собой инструмент для определения эффективного числа ортологичных мишеней miRNA.
Это число можно использовать для расчета более точных p-значений суставов в многоуровневых
видовой анализ. RNAeffective ищет набор целевых последовательностей со случайными miRNA, которые
может быть задан в командной строке или иным образом генерирует случайные последовательности в соответствии с
данный размер образца, параметры распределения длин и частоты динуклеотидов. В
эмпирическое распределение совместных p-значений сравнивается с самими p-значениями, а
эффективное количество независимых целей - это то количество, которое уменьшает отклонение между
две раздачи.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-h Кратко опишите параметры командной строки.

-d частотный_файл
Сгенерируйте случайные последовательности в соответствии с частотами динуклеотидов, указанными в
частотный_файл. См. Пример каталога для примеров файлов.

-f с до
Заставляет все конструкции иметь спираль из положения к позиционировать в
с уважением к запросу. Первая база имеет позицию 1.

-k размер образца
Создайте размер образца случайные последовательности. Значение по умолчанию - 5000.

-l среднее, стандартное
Генерация случайных последовательностей с нормальным распределением средней длины значить и
стандартное отклонение станд. Значения по умолчанию - 22 и 0 соответственно.

-m максимальная_целевая_длина
Максимально допустимая длина целевой последовательности. Значение по умолчанию - 2000. Это
Параметр имеет эффект только в том случае, если целевой файл указан с параметром -t (см. ниже).

-n максимальная_длина_запроса
Максимально допустимая длина последовательности запроса. Значение по умолчанию - 30. Это
Параметр имеет эффект только в том случае, если файл запроса задан с параметром -q (см. ниже).

-u iloop_upper_limit
Максимально допустимое количество неспаренных нуклеотидов по обе стороны от внутреннего
петля.

-v bloop_upper_limit
Максимально допустимое количество неспаренных нуклеотидов в петле балджа.

-s Сгенерируйте случайные последовательности в соответствии с распределением динуклеотидов данного
запросы (либо с параметром -q, либо в командной строке. Если -q не задано, последний
аргумент для RNAeffective принимается как запрос). См. Параметр -q.

-q файл_запроса
Без опции -s каждая из последовательностей запросов в файл_запроса подлежит
гибридизация с каждой из мишеней (которые взяты из целевой_файл; см -t
ниже). Последовательности в файл_запроса должны быть в формате FASTA, т.е. одна линия
начиная с> и сразу за которым следует имя, затем одна или несколько следующих строк
с самой последовательностью. Каждая отдельная строка последовательности не должна содержать более
Символы 1000.

С параметром -s подсчитывается распределение динуклеотидов в запросе (или файле запроса),
и случайные последовательности генерируются согласно этому распределению.

Если -q не задано, случайные последовательности генерируются, как описано выше (см. -D
опция).

-t целевой_файл
См. Параметр -q выше.

Ссылки

Энергетические параметры взяты из:

Мэтьюз Д.Х., Сабина Дж., Цукер М., Тернер Д.Х. «Расширенная последовательность термодинамической зависимости
параметры улучшают предсказание вторичной структуры РНК »J Mol Biol., 288 (5), стр.
911-940, 1999

Версия

Эта страница руководства документирует версию 2.0 RNAeffective.

АВТОРЫ

Марк Ремсмайер, Петер Штеффен, Маттиас Хёхсманн.

ОГРАНИЧЕНИЯ

Зависимые от символа значения энергии определены только для [acgtuACGTU]. Все остальные персонажи
приводят в этих случаях к нулевым значениям.

Используйте RNAeffective онлайн с помощью сервисов onworks.net