scrm - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

scrm - точный симулятор слияния для последовательностей в масштабе генома

СИНТАКСИС

схватка нсамп локусы [-hvL] [-r REC L [-l l] [-ср b REC] ...] [-I нпоп s1 ... sn [M] [-eI t s1
... sn [M]] ... [-M M] [-Эм t M] ... [-m i j M] [-Эм t i j M] ... [-ма M11 M21 ... Мнн]
[-эма t M11 M21 ... Мнн] ... [-es t i p] ... [-нет t i j] ...] [-n i n] [-en t i n] ...
[-eN t i n] ... [-g i a] [-например t i a] ... [-G t a] [-например t a] ... [-t тета [-ОСФС] [-st b
тета] ...] [-семена семя [семя2 семя3]] [-p цифры]

ОПИСАНИЕ

схватка is a сливающийся имитатор для биологический последовательности. Другой в аналогичный программы, это
может аппроксимировать Граф рекомбинации предков с произвольной точностью. Это позволяет
вы можете быстро моделировать длинные последовательности с существенно правильной генетической связью между
сайтов.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Рекомбинация:
-r R L Установите скорость рекомбинации на R и длину локуса на L.

-ср p R
Измените скорость рекомбинации R в позиции последовательности p.

-l l Установите длину окна аппроксимации равной l.

Население Конструкция:
-I нпоп s1 ... sn [M]
Используйте модель острова с населением npop,

где из каждой популяции отбираются от s1 до sn особи. Необязательно предположить
симметричная скорость миграции M.

-eI t s1 ... sn [M]
Образец s1 для sn частные лица из их

соответствующие популяции в момент времени t.

-M M Предположите симметричную скорость миграции M / (npop-1).

-Эм t M
Измените симметричную скорость миграции на M / (npop-1) в момент времени t.

-m i j M
Установите скорость миграции из популяции j в популяцию i на M

-Эм t i j M
Установите скорость миграции из популяции j на

население от i до M в момент времени t.

-ма M11 M21 ...
Устанавливает (назад) матрицу миграции.

-эма t M11 M21 ...
Изменяет матрицу миграции в момент времени t

-es t i p
Примесь населения. Заменяет часть 1-p популяции i особями a
от населения npop + 1, которое впоследствии игнорируется (вперед во времени).

-нет t i j
Событие видообразования в момент времени t. Создает популяцию j из особей популяции i.

Население Размер Изменения:
-n i n Установите нынешний размер популяции i равным n * N0.

-en t i n
Измените размер популяции i на n * N0 в момент времени t.

-eN t n
Установите текущий размер всех популяций на n * N0.

-g i a Установите экспоненциальный темп роста населения i равным a.

-например t i a
Измените экспоненциальный темп роста населения i на a в момент времени t.

-G a Установите экспоненциальный темп роста всех популяций на a.

-например t a
Измените экспоненциальную скорость роста всех популяций на a в момент времени t.

Итого Статистика:
-t THETA
Установите скорость мутации THETA = 4N_0u, где u - нейтральная скорость мутации на
локус.

-T Распечатайте местные родословные в формате newick.

-O Распечатайте местные родословные в формате Ориентированного леса.

-L Выведите TMRCA и длину локального дерева для каждого сегмента.

-ОСФС Распечатайте частотный спектр сайта. Требуется установить частоту мутаций.

-SC [мс | отн | абс]
Масштабирование позиций последовательностей. Либо относительно длины геометрического места от 0 до 1
(отн.), абсолютное значение в парах оснований (абс.) или мс-подобное (мс).

Дополнительно :
-семена SEED [СЕМЕНА2 СЕМЕНА3]
Случайное начальное число для использования. Занимает три целых числа.

-v, --версия
Печатает версию scrm.

-h, --Помогите
Печатает этот текст.

-p цифры
Количество значащих цифр, используемых при выводе.

Примеры

Пять независимые места для 10 лиц через Кингмана Коалесцентный:
10 5 -t 10

A последовательность of 10kb от 4 лиц недооценивают ее точный Аргумент:
4 1 -t 10 -r 4 10000

A последовательность of 100Mb через SMC ' приближение:
4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 0

Одна и та же as Выше, но по существу исправить связь:
4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 300000

Используйте scrm онлайн с помощью сервисов onworks.net