Это команда search_overviewp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
search_overview - преобразует отчет парсера SearchIO в простой обзорный рисунок.
СИНТАКСИС
search_overview -i имя файла [-f формат] [-o имя выходного файла] [--labels]
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт возьмет любой анализируемый отчет Bio :: SearchIO и превратит его в простой
обзорный график отчета. Для наших целей мы предполагаем, что ВЗРЫВ и ВЗРЫВ
баллы при присвоении цветов. На выходе получается файл в формате PNG.
Это не предназначено для чрезмерно настраиваемого сценария, скорее всего, это должно быть просто
либо быстрый и приблизительный просмотр отчета, либо отправная точка для более сложных
Реализации.
Цвет определяется количеством совпадений, которое в настоящее время привязано к схеме NCBI.
что выглядит так
КРАСНЫЙ E = 200
ФИОЛЕТОВЫЙ 80-200
ЗЕЛЕНЫЙ 50-80
СИНИЙ 40-50
ЧЕРНЫЙ E 40
Опции:
-i / - input Имя входного файла, в противном случае предполагается, что вход будет из STDIN -o / - output
Имя выходного файла, это необязательно, если вы не
укажите имя выходного файла, сценарий создаст файл
используя имя последовательности запросов и обработает
все последовательности в файле. Если выходное имя файла
IS при условии, что сценарий будет отображать только изображение для
первый.
-f / - format Используемый парсер формата SearchIO, если он не указан
SearchIO угадает, основываясь на расширении файла.
-l / - labels Отображение имени последовательности попаданий в виде метки в обзоре.
Для большого количества последовательностей это сделает изображение очень длинным.
поэтому по умолчанию он выключен.
АВТОР Джейсон Стаджич
Джейсон Стаджич, jason [-at-] open-bio [-dot-] org.
Используйте search_overviewp в Интернете с помощью сервисов onworks.net
