Это команда seq-gen, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
seq-gen - Генератор последовательности
СИНТАКСИС
последовательность [-m МОДЕЛЬ] [-l #] [-n #] [-p #] [-s # | -d #] [-k #] [- c # 1 # 2 # 3 | -a # [-g #]]
[-fe | #] [-t # | -r #] [- z #] [-o [p] [r] [n]] [-w [a] [r]] [-x ИМЯ] [-q] [-h] [древовидный файл]
ОПИСАНИЕ
Генератор последовательности - seq-gen Версия 1.3.3
-l: # = длина последовательности [по умолчанию = 1000].
-n: # = смоделированные наборы данных на дерево [по умолчанию = 1].
-p: # = количество разделов (и деревьев) на последовательность [по умолчанию = 1].
-s: # = коэффициент масштабирования длины ветви [по умолчанию = 1.0].
-d: # = общий масштаб дерева [по умолчанию = использовать длину ветвей].
-k: # = использовать последовательность k как предков (требуется выравнивание) [по умолчанию = случайный].
Варианты модели замещения:
-m: МОДЕЛЬ = HKY, F84, GTR, JTT, WAG, PAM, BLOSUM, MTREV, GENERAL
HKY, F84 и GTR - для нуклеотидов, остальные - для аминокислот.
-a: # = shape (alpha) для неоднородности гамма-излучения [по умолчанию = none].
-g: # = количество категорий гамма-коэффициента [по умолчанию = непрерывно].
-i: # = доля неизменяемых сайтов [по умолчанию = 0.0].
Параметры, специфичные для нуклеотидной модели:
-c: # 1 # 2 # 3 = уровни неоднородности положения кодона [по умолчанию = нет].
-t: # = коэффициент перехода к трансверсии [по умолчанию = равная скорость].
-r: # 1 # 2 # 3 # 4 # 5 # 6 = общая матрица ставок [по умолчанию = все 1.0].
-f: #A #C #G #T = частоты нуклеотидов [по умолчанию = все равны].
Параметры, специфичные для модели с аминокислотами:
указать в порядке ARNDCQEGHILKMFPSTWYV
-r: # 1 .. # 190 = общая матрица ставок [по умолчанию = все 1.0].
-f: # 1 .. # 20 = частоты аминокислот e = равно [по умолчанию = частоты матрицы].
Разные варианты:
-z: # = начальное число для генератора случайных чисел [по умолчанию = сгенерировано системой].
-o: Формат выходного файла [по умолчанию = PHYLIP]
p формат PHYLIP r упрощенный формат PHYLIP n формат NEXUS
-w: Введите дополнительную информацию [по умолчанию = нет]
a Запись наследственных последовательностей для каждого узла r Скорость записи для каждого сайта
-x: NAME = текстовый файл для вставки после каждого набора данных [по умолчанию = нет].
-h: Отправить это справочное сообщение
-q: Тихий
treefile: имя файла дерева [по умолчанию = деревья на стандартном вводе]
Используйте seq-gen онлайн с помощью сервисов onworks.net
