Это команда seqsearche, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
seqsearch - генерирует попадания PSI-BLAST (файл DHF) из файла DAF.
СИНТАКСИС
SEQSearch. -Режим список -inseqspath дилетант -база данных string -нитр целое -оценка плавать
-макситы целое -dhfoutdir превзойти -лог-файл Outfile
SEQSearch. -Помощь
ОПИСАНИЕ
SEQSearch. это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Белок: 3D-структура».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-Режим список
Эта опция определяет режим работы SEQSEARCH. SEQSEARCH принимает в качестве входных данных
каталог либо i. одиночные последовательности, ii. набор последовательностей (невыровненных или выровненных,
но обычно выровненные последовательности в файле выравнивания доменов)). Пользователь должен
укажите какие. Значение по умолчанию: 1
-inseqspath дилетант
Этот параметр указывает расположение последовательностей, например файлов DAF (выравнивание домена
файлы) (ввод). SEQSEARCH принимает в качестве входных данных базу данных i. одиночные последовательности, ii.
наборы невыровненных последовательностей или iii. наборы выровненных последовательностей, например выравнивание домена
файл. «Файл выравнивания доменов» содержит выравнивание последовательностей доменов, принадлежащих
того же семейства SCOP или CATH. Файл имеет формат clustal и аннотирован доменом.
информация о семейной классификации. Файлы, созданные с помощью SCOPALIGN, будут содержать
выравнивание последовательностей на основе структуры только доменов известной структуры. Такой
выравнивания могут быть расширены родственниками последовательностей (неизвестной структуры) с помощью
SEQALIGN. Значение по умолчанию: ./
-база данных string
Значение по умолчанию: swissprot.
необходимые .
-нитр целое
Эта опция указывает количество итераций PSIBLAST. Эта опция определяет
количество итераций PSIBLAST, выполняемых при поиске. Значение по умолчанию: 1
-оценка плавать
Эта опция определяет пороговое значение E для включения в семейство. Этот вариант
задает пороговое значение E для сохранения попадания PSIBLAST. Значение по умолчанию:
0.001
-макситы целое
Этот параметр указывает максимальное количество совпадений. Этот параметр указывает максимальное
количество сохраненных попаданий PSIBLAST. Обычно он должен быть установлен на высоком уровне, чтобы
ничего не отбрасывается. Значение по умолчанию: 1000
Результат .
-dhfoutdir превзойти
Этот параметр указывает расположение файлов DHF (файлы совпадений домена) (вывод). А
'файл совпадений домена' содержит совпадения (последовательности) базы данных с классификацией домена
информация в формате FASTA. Хиты являются родственниками семьи SCOP или CATH и
найдено в результате поиска в базе данных последовательностей. Файлы, содержащие обращения, полученные от
PSIBLAST генерируются с помощью SEQSEARCH. Значение по умолчанию: ./
-лог-файл Outfile
Этот параметр указывает имя файла журнала для сборки. Файл журнала содержит
сообщения об ошибках, возникающих во время выполнения SEQSEARCH. Значение по умолчанию: seqsearch.log
Используйте seqsearche в Интернете с помощью сервисов onworks.net
