sfetch - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

sfetch - получить последовательность из базы данных плоских файлов.

СИНТАКСИС

принести [опции] имя_последовательности

ОПИСАНИЕ

принести извлекает последовательность с именем имя_последовательности из базы данных последовательностей.

Какая база данных используется, контролируется -d и -D варианты, или "маленькие базы данных" и
«большие базы данных». Расположение каталога "больших баз данных" можно указать с помощью
переменные среды, такие как $ SWDIR для Swissprot и $ GBDIR для Genbank (см. -D для
полный список). Для "маленьких баз данных" необходимо указать полный путь к файлу. К
по умолчанию, если ни одна из опций не указана и имя выглядит как идентификатор Swissprot
(например, в нем есть символ _), переменная среды $ SWDIR используется для попытки
получить последовательность имя_последовательности от Swissprot.

Доступно множество других опций, которые позволяют извлекать подпоследовательности (-f, -t);
поиск по инвентарному номеру вместо имени (-a); переформатирование извлеченной последовательности
во множество других форматов (-F); и т.п.

Если база данных проиндексирована SSI, получение последовательности будет чрезвычайно эффективным;
иначе поиск может быть очень медленным (всю базу данных, возможно, придется прочитать в память
найти имя_последовательности). Индексирование SSI рекомендуется для всех больших или постоянных баз данных. В
программа Sindex создает индексы SSI для любого файла последовательности.

принести был первоначально назван гетсек, и был переименован из-за конфликта с программой GCG
с тем же именем.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-a Интерпретировать имя_последовательности как инвентарный номер, а не как идентификатор.

-d
Получить последовательность из файла последовательности с именем . Если индекс GSI
.gsi существует, он используется для ускорения поиска.

-f
Извлечь подпоследовательность, начиная с позиции , а не от 1. См. -т.
If больше (как указано в -t вариант), то последовательность
экстрагируется как его обратный комплемент (предполагается, что это последовательность нуклеиновой кислоты).

-h Распечатать краткую справку; включает номер версии и обзор всех опций, включая
экспертные варианты.

-o
Направьте вывод в файл с именем . По умолчанию вывод будет идти в
стандартный вывод.

-r
Переименовать последовательность на выходе после извлечения. По умолчанию
исходный идентификатор последовательности будет сохранен. Полезно, например, при получении
фрагмент последовательности; к имени можно добавить координаты фрагмента
(это то, что делает Pfam).

-t
Извлеките подпоследовательность, которая заканчивается в позиции , а не в конце
последовательность. Видеть -ф. If меньше чем (как указано в -f вариант),
затем последовательность извлекается как обратное дополнение (предполагается, что
последовательность нуклеиновой кислоты)

-D
Получить последовательность из базы данных основной последовательности закодированных . Что касается каждый
код, там is an охрана окружающей среды переменная, указывающая путь к каталогу
база данных. Распознаваемые коды и соответствующие им переменные среды: -Dsw
(Swissprot, $ SWDIR); -Дпир (PIR, $ PIRDIR); -Дем (EMBL, $ EMBLDIR); -Дгб (Генбанк,
$ GBDIR); -ДВП (Wormpep, $ WORMDIR); а также -Даул (СОВА, $ OWLDIR). Каждая база данных читается
в собственном формате плоских файлов.

-F
Переформатируйте извлеченную последовательность в другой формат. (По умолчанию последовательность
извлекается из базы данных в том же формате, что и база данных.)
форматы эмбл фаста генбанк гцг, страйдер цукер И.Г., мост, Кальмар, и в сыром виде.

ЭКСПЕРТ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

--информировать
Укажите, что файл последовательности имеет формат , вместо стандартного FASTA
формат. Общие примеры включают Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
или ФИЛИП; см. печатную документацию для получения полного списка приемлемых форматов.
имена. Этот параметр отменяет формат по умолчанию (FASTA) и формат -B Вавилонская рыба
опция автоопределения.

Используйте sfetch онлайн с помощью сервисов onworks.net