showpepe - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

showpep - отображает последовательности белков с функциями в красивом формате

СИНТАКСИС

Showpep -последовательность Seqall -формат список -вещи список [-верхний регистр ассортимент] [-выделять ассортимент]
[-аннотация ассортимент] [-исходное соответствие string] [-соответствие типов string] [-минсчет плавать]
[-maxscore плавать] [-tagmatch string] [-valuematch string] [-строгие теги логический]
-трое письмо логический -число логический -ширина целое -длина целое
-прибыль целое -имя логический -описание логический -компенсировать целое -html логический
-выходной файл Outfile

Showpep -Помощь

ОПИСАНИЕ

Showpep это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Показать».

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

вход .
-последовательность Seqall

необходимые .
-формат список
Значение по умолчанию: 2

-вещи список
Укажите список из одного или нескольких кодовых символов в том порядке, в котором вы хотите, чтобы
будут отображаться друг над другом вниз по странице. Например, если вы хотите увидеть вещи
отображается в следующем порядке: последовательность, строка делений, пустая строка; тогда вы должны войти
«S, T, B». Значение по умолчанию: B, N, T, S, A, F

дополнительный .
-верхний регистр ассортимент
Регионы вводить в верхнем регистре. Если оставить поле пустым, регистр последовательности остается
в одиночестве. Набор регионов определяется набором пар позиций. Позиции
целые числа. Они разделяются любыми нецифровыми, не альфа-символами. Примеры региона
спецификации: 24-45, 56-78 1:45, 67 = 99; 765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-выделять ассортимент
Области для раскрашивания при форматировании для HTML. Если оставить поле пустым, то последовательность будет
остался один. Набор регионов определяется набором пар позиций. В
позиции - целые числа. За ними следует любой допустимый цвет шрифта HTML. Примеры
характеристики региона: 24-45 синий 56-78 оранжевый 1-100 зеленый 120-156 красный Файл
диапазоны цвета (по одному диапазону на строку) можно указать как '@filename'.

-аннотация ассортимент
Области, которые нужно аннотировать с помощью маркировки. Если оставить поле пустым, аннотации не добавляются. А
набор регионов определяется набором пар позиций, за которыми следует необязательный текст.
Позиции целые. За ними следует любой текст (но не цифры, когда на
командная строка). Примеры спецификаций региона: 24-45 новый домен 56-78 соответствует
Mouse 1-100 Первая часть 120-156 oligo Файл диапазонов для аннотирования (один диапазон на строку)
можно указать как "@ имя файла".

Особенность дисплей кредита
-исходное соответствие string
По умолчанию отображается любой источник функции в таблице функций. Вы можете установить это в соответствии с
любой источник функции, который вы хотите показать. Название источника обычно является либо названием
программа, которая обнаружила функцию, или это таблица функций (например, EMBL), которая
особенность пришла из. Источник может быть обозначен символом "*". Если вы хотите показать больше
чем один источник, разделите их имена знаком "|", например: ген * | embl По умолчанию
ценить: *

-соответствие типов string
По умолчанию в таблице функций отображается любой тип объекта. Вы можете установить это в соответствии с
любой тип объекта, который вы хотите показать. Видеть http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ для списка
типов элементов EMBL и см. Приложение A руководства пользователя Swissprot в
http://www.expasy.org/sprot/userman.html для списка типов объектов Swissprot.
Тип может быть заменен символом "*". Если вы хотите показать более одного типа,
разделяйте их имена символом '|', например: * UTR | intron Значение по умолчанию: *

-минсчет плавать
Минимальная оценка отображаемой функции (см. Также maxscore) Значение по умолчанию: 0.0

-maxscore плавать
Максимальный балл отображаемой функции. Если и minscore, и maxscore равны нулю (
по умолчанию), то любой результат игнорируется. Значение по умолчанию: 0.0.

-tagmatch string
Теги - это типы дополнительных значений, которые может иметь функция. По умолчанию любой тег функции
в таблице функций отображается. Вы можете установить это так, чтобы соответствовать любому тегу функции, который вы хотите
Показать. Тег может быть дополнен символом "*". Если вы хотите показать более одного тега,
разделяйте их имена символом '|', например: ген | метка Значение по умолчанию: *

-valuematch string
Значения тегов - это значения, связанные с тегом объекта. Теги - это типы дополнительных
значения, которые может иметь функция. По умолчанию любое значение тега объекта в таблице объектов
Показано. Вы можете установить это так, чтобы оно соответствовало любому значению тега функции, которое вы хотите показать. Тег
значение может быть заменено символом "*". Если вы хотите показать более одного значения тега,
разделяйте их имена символом '|', например: pax * | 10 Значение по умолчанию: *

-строгие теги логический
По умолчанию, если какая-либо пара тег / значение в функции соответствует указанному тегу и значению,
тогда будут отображены все пары тегов / значений этой функции. Если это установлено на
true, то только те пары тег / значение в функции, которые соответствуют указанному тегу и
значение будет отображаться. Значение по умолчанию: N

Фильтр .
-трое письмо логический
Значение по умолчанию: N

-число логический
Значение по умолчанию: N

-ширина целое
Значение по умолчанию: 60

-длина целое

-прибыль целое
Значение по умолчанию: 10

-имя логический
Установите значение false, если вы не хотите отображать имя идентификатора последовательности. По умолчанию.
значение: Y

-описание логический
Установите значение false, если вы не хотите отображать описание последовательности.
Значение по умолчанию: Y

-компенсировать целое
Значение по умолчанию: 1

-html логический
Значение по умолчанию: N

Результат .
-выходной файл Outfile

Используйте showpepe онлайн с помощью сервисов onworks.net