серп - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

серп - инструмент адаптивной обрезки с окнами для файлов FASTQ с использованием качества

СИНТАКСИС

серп [кредита]

ОПИСАНИЕ

## Использование

Sickle имеет два режима для работы как с парным, так и с односторонним считыванием: «Sickle se» и
`серп пе`.

Бегущий серп сам по себе распечатает справку:

серп

Выполнение серпа с помощью команд "se" или "pe" даст помощь, специфичную для тех, кто
команды:

серп
серп пе

### Серп односторонний (`серп se`)

Серп se принимает входной файл fastq и выводит обрезанную версию этого файла. Это также
есть опции для изменения пороговых значений длины и качества для обрезки, а также для отключения
5'-обрезка и включение обрезки последовательностей с Ns.

#### Примеры

серп se -f файл_входа.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq
серп se -f входной_файл.fastq -t иллюмина -o trimmed_output_file.fastq -q 33 -l 40
серп se -f файл_входа.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -x -n
серп se -t sanger -g -f файл_входа.fastq -o trimmed_output_file.fastq.gz

### Серповидный парный конец (`серп пе`)

«Серп пе» может работать с двумя типами ввода. Во-первых, это может занять два парных файла
в качестве входных и выводит два обрезанных файла с парными концами, а также «одиночный» файл. Секунда
форма начинается с одного комбинированного входного файла чтения, в котором вы уже чередовали
чтения из секвенсора. В этой форме вы также указываете одно имя выходного файла как
а также "одиночный" файл. Файл "одиночных игр" содержит чтения, прошедшие фильтр в любом из
прямое или обратное направление, но не другое. Наконец, есть опция (-M) для
создает только один выходной файл с чередованием, в котором любые чтения, не прошедшие фильтр, будут
выводить как запись FastQ с одним "N" (значение качества которого является минимально возможным
в зависимости от типа качества), таким образом сохраняя парный характер данных. Вы также можете
изменить длину и пороги качества для обрезки, а также отключить 5'-обрезку и
включить усечение последовательностей с помощью Ns.

#### Примеры

серп pe -f файл_ввода1.fastq -r файл_входа2.fastq -t sanger -o
обрезанный_выходной_файл1.fastq -p обрезанный_выходной_файл2.fastq -s обрезанный_одиночный_файл.fastq

серп pe -f файл_ввода1.fastq -r файл_входа2.fastq -t sanger -o
обрезанный_выходной_файл1.fastq -p обрезанный_выходной_файл2.fastq -s обрезанный_одиночный_файл.fastq
-q 12 -l 15

серп pe -f файл_ввода1.fastq -r файл_входа2.fastq -t sanger -o
обрезанный_выходной_файл1.fastq -p обрезанный_выходной_файл2.fastq -s обрезанный_одиночный_файл.fastq
-n

серп пе -c combo.fastq -t sanger -m combo_trimmed.fastq -s
усеченный_одиночный_файл.fastq -n

серп pe -t sanger -g -f файл_входа1.fastq -r файл_входа2.fastq -o
обрезанный_выходной_файл1.fastq.gz -p обрезанный_выходной_файл2.fastq.gz -s
файл_обрезанных_синглов.fastq.gz

серп пе -c combo.fastq -t sanger -M combo_trimmed_all.fastq

Команда: pe обрезка парно-конечной последовательности se обрезка одинарной последовательности

--Помогите, отобразите эту справку и выйдите --версия, вывести информацию о версии и выйти

Воспользуйтесь серпом онлайн с помощью сервисов onworks.net