Это команда smalt, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
smalt - Инструмент сопоставления и выравнивания последовательностей
ОПИСАНИЕ
SMALT эффективно сопоставляет показания секвенирования ДНК с эталонным геномом. Он читается с
широкий спектр платформ для секвенирования, например Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio
или ABI-Sanger, могут обрабатываться, включая парные чтения.
Программное обеспечение использует идеальный хеш-индекс коротких слов (длиной <20 нуклеотидов), взятых из выборки.
с равноудаленными шагами вдоль референсных геномных последовательностей.
Для каждого чтения потенциально совпадающие сегменты в ссылке идентифицируются из начального числа.
совпадает с индексом и впоследствии выровнен с считыванием с помощью полосатой диаграммы Смита-Уотермана.
алгоритм.
Сообщается о наилучшем выравнивании с промежутками для каждого считывания, включая оценку надежности.
лучшего мэппинга. Пользователь может настроить компромисс между чувствительностью и скоростью,
настройка длины и интервала между хешированными словами.
Предусмотрен режим обнаружения разделенных (химерных) чтений. Многопоточная программа
исполнение поддерживается.
СИНТАКСИС
смальта [TASK_OPTIONS] [ [ ]]
Доступен задания:
смальта
- проверяет ввод FASTA / FASTQ
смальта помощь
- печатает краткое описание этого программного обеспечения
указатель смальты
- строит указатель k-мерных слов для справки
карта смальты
- отображает одиночные или парные чтения на ссылку
образец смальты
- размеры вставки образцов для парных чтений
smalt version - выводит информацию о версии
Помощь on individual задания:
смальта -H
Используйте смальту онлайн с помощью сервисов onworks.net
