sortmerna - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

sortmerna - инструмент для фильтрации, отображения и выбора OTU, которые читает NGS

СИНТАКСИС

Сортмерна --ref db.fasta, db.idx - читает файл.fa --выровнен base_name_output [ОПЦИИ]

ОПИСАНИЕ

SortMeRNA - это инструмент анализа биологической последовательности для фильтрации, картирования и выбора OTU.
NGS читает. Основной алгоритм основан на приблизительных начальных числах и позволяет быстро и быстро
чувствительный анализ нуклеотидных последовательностей. Основное применение SortMeRNA - фильтрация
рРНК из метатранскриптомических данных. Дополнительные приложения включают выбор OTU и
присвоение таксономии доступно в QIIME v1.9 + (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA принимает в качестве входных данных файл чтений (формат fasta или fastq) и одну или несколько рРНК.
файл (ы) базы данных и сортирует рРНК и отклоненные чтения в два файла, указанные в
Пользователь. Необязательно, он может обеспечить высококачественное локальное выравнивание считываний рРНК против
База данных рРНК. SortMeRNA работает с данными Illumina, 454, Ion Torrent и PacBio и может
производить юстировки SAM и BLAST.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

ОБЯЗАТЕЛЬНОЕ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--ref STRING, STRING
Справочный файл FASTA, индексный файл
Пример:
--ref /путь/к/file1.fasta,/путь/к/index1
При передаче нескольких файлов ссылочной последовательности разделите их символом ':'
Пример:
--ref /путь/f1.fasta,/путь/index1:/путь/f2.fasta,путь/index2

- читает STRING
FASTA / FASTQ читает файл

--выровнен STRING
выровненный читает путь к файлу + базовое имя файла (будет добавлено соответствующее расширение)

ОБЩИЙ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--Другие STRING
отклонено чтение путь к файлу + базовое имя файла (будет добавлено соответствующее расширение)

--fastx BOOL
вывод FASTA / FASTQ fil (по умолчанию: выключено, для выровненных и / или отклоненных чтений)

--Сэм BOOL
вывести SAM alignmen (по умолчанию: выключено, только для выровненного чтения)

--КВ BOOL
добавить теги SQ в файл SAM (по умолчанию: выключено)

--взрыв INT
выравнивание вывода в различных форматах, подобных Blast
0 - попарно
1 - табличный (Blast -m Формат 8 г.)
2 - табличный + столбец для СИГАР
3 - таблица + столбцы для CIGAR и охвата запросов

--бревно BOOL
вывод общей статистики (по умолчанию: выключено)

--num_alignments INT
сообщать о первых выравниваниях INT за чтение, достигающее E-значения (по умолчанию: -1,
--num_alignments 0 означает, что все выравнивания будут выведены)

or (По умолчанию)

--Лучший INT
сообщать INT о лучших выравниваниях на чтение, достигающих E-значения (по умолчанию: 1) путем поиска
--min_lis INT кандидаты выравнивания (--Лучший 0 означает все выравнивания кандидатов
будут обыскиваться)

--min_lis INT
искать все выравнивания, имеющие первый самый длинный INT LIS (по умолчанию: 2) LIS означает
Самая длинная возрастающая подпоследовательность, рассчитывается с использованием позиций семян для расширения
попадает в более длинные матчи до выравнивания Смит-Уотерман.

--print_all_reads
выводить строки нулевого выравнивания для невыровненных чтений (по умолчанию: выключено) в SAM и / или
Табличные файлы BLAST

--paired_in BOOL
оба парных чтения входят в --выровнен файл fasta / q (по умолчанию: выключено, чтение с чередованием)
только, см. раздел 4.2.4 Руководства пользователя)

--paired_out BOOL
оба парных чтения входят в --Другие файл fasta / q (по умолчанию: выключено, чтение с чередованием)
только, см. раздел 4.2.4 Руководства пользователя)

--соответствие INT
Оценка SW (положительное целое число) для совпадения (по умолчанию: 2)

--несоответствие INT
Штраф SW (отрицательное целое число) за несоответствие (по умолчанию: -3)

--gap_open INT
Штраф SW (положительное целое число) за введение пробела (по умолчанию: 5)

--gap_ext INT
Штраф SW (положительное целое число) за увеличение разрыва (по умолчанию: 2)

-N INT Штраф SW за неоднозначные буквы (N) (по умолчанию: оценивается как --несоответствие)

-F BOOL
искать только прямую цепочку (по умолчанию: выключено)

-R BOOL
искать только обратную комплементарную цепочку (по умолчанию: выключено)

-a INT количество используемых потоков (по умолчанию: 1)

-e ДВОЙНОЙ
Порог E-value (по умолчанию: 1)

-m INT INT Мбайт для загрузки операций чтения в память (по умолчанию: 1024, максимум -m INT - это
5872)

-v BOOL
подробный (по умолчанию: выключено)

ОТУ ВЫБОР ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--я бы ДВОЙНОЙ
Порог подобия% id (выравнивание все еще должно проходить порог E-value,
по умолчанию: 0.97)

- охват ДВОЙНОЙ
% порогового значения охвата запроса (выравнивание должно по-прежнему превышать порог E-value,
по умолчанию: 0.97)

--de_novo_otu BOOL
Файл FASTA / FASTQ для чтения соответствующей базы данных <% id
(установить с помощью --я бы) и <% cov (устанавливается с помощью - охват)
(выравнивание должно по-прежнему превышать порог значения E, по умолчанию: выключено)

--otu_map BOOL
вывод карты OTU (ввод в make_otu_table.py QIIME, по умолчанию: выключено)

ADVANCED ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
см. руководство пользователя SortMeRNA для получения более подробной информации.

--пропуски INT
три интервала, через которые помещается семя в считывающее устройство (L - длина семени, установленная в
indexdb_rna(1), по умолчанию: L, L / 2,3)

- кромки INT
количество (или процент, если после INT следует знак%) нуклеотидов, добавляемых к каждому краю
чтение до локального выравнивания SW (по умолчанию: 4)

--num_seeds INT
количество семян, сопоставленных перед поиском кандидата LIS (по умолчанию: 2)

--full_search BOOL
поиск всех совпадений начального числа с 0 и 1 ошибкой в ​​индексе, а не остановка
после обнаружения совпадения с 0 ошибками (<1% повышение чувствительности с четырехкратным снижением
по скорости, по умолчанию: выключено)

--пид BOOL
добавить pid в имена выходных файлов (по умолчанию: выключено)

-h BOOL
помощь

--версия BOOL
Номер версии SortMeRNA

Используйте sortmerna онлайн с помощью сервисов onworks.net