Это команда sumatra, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
суматра - быстрое и точное сравнение и кластеризация последовательностей
СИНТАКСИС
Суматра [опции] [набор данных2]
ОПИСАНИЕ
Суматра вычисляет все попарные оценки LCS (Самая длинная общая подпоследовательность) одного
набор данных нуклеотидов или между двумя наборами данных нуклеотидов.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-h [H] elp - печать помощь
-l Длина эталонной последовательности самая короткая.
-L Длина контрольной последовательности самая большая.
-a Длина контрольной последовательности - это длина выравнивания (по умолчанию).
-n Оценка нормализована по длине эталонной последовательности (по умолчанию).
-r Исходный балл, не нормализованный.
-d Оценка выражается в расстоянии (по умолчанию: оценка выражается в сходстве).
-t ##. ##
Порог оценки. Если оценка нормализована и выражена в сходстве (по умолчанию),
это идентичность, например 0.95 для идентичности 95%. Если оценка нормализована и
выраженное в расстоянии, это (1.0 - идентичность), например 0.05 для идентичности 95%.
Если оценка не нормирована и выражена в сходстве, это длина
Самая длинная общая подпоследовательность. Если оценка не нормирована и выражена в
расстояние, то есть (справочная длина - длина LCS).
Распечатываются только пары последовательностей с подобием выше ##. ##. По умолчанию: 0.00 (нет
порог).
-p ## Количество потоков, используемых для вычислений (по умолчанию = 1).
-g n заменяются на (по умолчанию: последовательности с n отбрасываются).
-x Добавляет четыре дополнительных столбца с количеством и длиной обеих последовательностей.
набор данных1
(Первый аргумент) набор данных нуклеотидов для анализа
набор данных2
(Второй аргумент) необязательно второй набор данных нуклеотидов
РЕЗУЛЬТАТЫ
Описание таблицы результатов
столбец 1: последовательность идентификаторов 1
столбец 2: последовательность идентификаторов 2
столбец 3: Оценка
столбец 4: Счетчик последовательности 1 (только с опцией -x)
столбец 5: Счетчик последовательности 2 (только с опцией -x)
столбец 6: Длина последовательности 1 (только с опцией -x)
столбец 7: Длина последовательности 2 (только с опцией -x)
Воспользуйтесь суматрой онлайн на сервисах onworks.net
