sumtrees - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

sumtrees - Обобщение и аннотация филогенетического дерева

СИНТАКСИС

Sumtrees [-я ФОРМАТ] [-б ЗАПИСАТЬ В] [- принудительно-укорененный] [--force-без рута]

ОПИСАНИЕ

SumTrees - это программа для обобщения непараметрического бутстрапа или байесовского апостериорного анализа.
вероятностная поддержка расщеплений или клад на филогенетических деревьях.

Основа оценки поддержки обычно дается набором непараметрических
загрузите образцы дерева репликации, созданные такими программами, как GARLI или RAxML, или набором
образцов деревьев MCMC, созданных такими программами, как Mr. Bayes или BEAST. Доля
деревья из выборок, в которых обнаружено конкретное расщепление, принимается за степень
поддержка этого разделения, как указано в примерах. Образцы, лежащие в основе
поддержка может быть распределена по нескольким файлам, а возможность записи позволяет
начальное количество деревьев в каждом файле, которое будет исключено из анализа, если они не
считается полученным из истинного распределения поддержки.

Обобщение коллекций деревьев, например выборок MCMC из апостериорного распределения,
непараметрическая репликация начальной загрузки, отображение апостериорной вероятности, поддержки или частоты
которые разбиения / кластеры находятся в исходном наборе деревьев на целевом дереве.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Источник Опции:
ДЕРЕВО-ФАЙЛ
Источник (и) деревьев для подведения итогов. По крайней мере, один допустимый источник деревьев должен быть
предоставлена. Используйте '-', чтобы указать чтение из стандартного ввода (обратите внимание, что для этого требуется
формат входного файла, который должен быть явно установлен с помощью опции '--source-format').

-i ФОРМАТ, - входной формат ФОРМАТ, --исходный формат ФОРМАТ
Формат всех входных деревьев (по умолчанию для обработки NEXUS или NEWICK через
осмотр; более эффективно явно указать формат, если он известен).

-b ЗАПИСАТЬ В, --записать в ЗАПИСАТЬ В
Количество деревьев, которые нужно пропустить с начала * каждого * файла дерева при подсчете
поддержка (по умолчанию: 0).

- принудительно укорененный, - укорененный
Считайте исходные деревья корневыми.

--force-некорневой, - неукоренен
Считайте исходные деревья некорневыми.

-v, --ультраметрическая точность, - длина ветки эпсилон
Точность, используемая при проверке ультраметричности (по умолчанию: 1e-05; укажите от 0 до
отключить проверку).

- взвешенные деревья
Используйте веса деревьев (как обозначено маркером комментария '[& W m / n]') для взвешивания
вклад расщеплений, найденных на каждом дереве, в общие частоты расщепления.

--preserve-подчеркивания
Не конвертируйте незащищенные (не заключенные в кавычки) символы подчеркивания в пробелы при чтении
Деревья формата NEXUS / NEWICK.

--taxon-имя-путь к файлу ПУТЬ ФАЙЛА
Путь к файлу со списком всех названий или меток таксонов, которые будут найдены в
весь набор исходных деревьев. Этот файл должен быть простым текстовым файлом с одним
список имен в каждой строке. Этот файл читается только при многопроцессорной обработке ('-M' или '-m')
запрашивается. При многопроцессорной обработке с использованием параметров '-M' или '-m' все имена таксонов
должны быть определены до любого фактического анализа дерева. По умолчанию это сделано
путем чтения первого дерева в первом источнике дерева и извлечения названий таксонов.
В лучшем случае это неэффективно, так как предполагает постороннее чтение дерева. В
худшее, это может быть ошибочным, если первое дерево не содержит всех таксонов.
Явное указание названий таксонов с помощью этой опции может избежать этих проблем.

цель дерево Топология Опции:
-t ФАЙЛ, --target-tree-путь к файлу ФАЙЛОВ
Обобщите поддержку и другую информацию от исходных деревьев до топологии или
топологии, заданные деревом (ями), описанным в ФАЙЛ. Если цель, указанная для использования, отсутствует
указаны топологии, тогда в качестве целевой будет использоваться сводная топология. Использовать
'-s' или '--summary-target', чтобы указать тип используемого итогового дерева.

-s РЕЗЮМЕ-ТИП, --summary-цель РЕЗЮМЕ-ТИП
Постройте и обобщите поддержку и другую информацию из исходных деревьев в один
следующих сводных топологий: - 'консенсус'

Дерево консенсуса. Минимальная частота
порог включаемых клад может быть указан с помощью '-f' или
Флаги '--min-clade-freq'. Это ПО УМОЛЧАНИЮ, если заданное пользователем целевое дерево
не указывается в параметрах '-t' или '--target-tree-filepath'.

- 'mcct'
Дерево максимального доверия к кладе. Дерево из исходного набора, которое максимизирует
* произведение * апостериорных вероятностей клады.

- 'msct'
Дерево максимального доверия к кладе. Дерево из исходного набора, которое максимизирует
* произведение * апостериорных вероятностей клады.

цель дерево дополнительный Опции:
-f #. ##, --мин-консенсус-частота #. ##, --мин-частота #. ##, --min-clade-freq #. ##
Если используется стратегия резюмирования дерева консенсуса, то это минимум
частота или вероятность включения клады или раскола в результирующий
дерево (по умолчанию:> 0.5).

--allow-unknown-target-tree-taxa
Не допускайте сбоя с ошибкой, если в целевом дереве (ах) есть таксоны, которые ранее не встречались в
исходные деревья или определенные в файле обнаружения таксонов.

цель дерево Укоренение Опции:
--root-target-at-outgroup ТАКСОН-ЭТИКЕТКА
Корневое целевое дерево (я), используя указанный таксон в качестве внешней группы.

--root-target-в-средней точке
Укоренить целевое дерево (а) в середине.

--set-outgroup ТАКСОН-ЭТИКЕТКА
Поверните целевые деревья так, чтобы указанный таксон находился во внешней группе, но
не изменяйте явно корень целевого дерева.

цель дерево Edge Опции:
-e СТРАТЕГИЯ, --set-края СТРАТЕГИЯ, - кромки Стратегия
Установите длину ребер целевого или сводного дерева на основе указанного
СТРАТЕГИЯ обобщения: - 'средняя длина'

Длины кромок будут установлены равными среднему значению
длины соответствующего раскола или клады в исходных деревьях.

- "средняя длина"
Длины кромок будут установлены равными среднему значению

длины соответствующего раскола или клады в
исходные деревья.

- 'средний возраст'
Длины ребер будут скорректированы так, чтобы возраст подчиненных узлов был равен
средний возраст соответствующего раскола или клады в исходных деревьях. Исходные деревья
для этого варианта необходимо быть ультраметрическим.

- 'средний возраст'
Длины ребер будут скорректированы так, чтобы возраст подчиненных узлов был равен
средний возраст соответствующего раскола или клады в исходных деревьях. Источник
деревья должны быть ультраметрическими для этого варианта.

- служба поддержки
Длины кромок будут установлены на значение поддержки для разделения, представленного
край.

- 'хранить'
Не изменяйте существующую длину кромки. Это ПО УМОЛЧАНИЮ, если целевое дерево (а)
полученный из внешнего файла с использованием параметра '-t' или '--targettree-filepath'

- 'Чисто'
Длины ребер будут удалены из целевых деревьев, если они есть.

Обратите внимание, что настройки по умолчанию различаются в зависимости от
следующие, в порядке предпочтения: (1) Если целевые деревья указаны с помощью '-t'
or

параметр '--target-tree-filepath', затем край по умолчанию
стратегия резюмирования: «сохранить».

(2) Если целевые деревья не указаны, но
указана опция '--summarize-node-age', затем суммирование ребер по умолчанию
стратегия: «средний возраст».

(3) Если целевые деревья не указаны и
возраст узлов НЕ указывается для суммирования, тогда суммирование ребер по умолчанию
стратегия: «средняя длина».

--force-минимальная-длина-кромки FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(При установке длины кромки) установите все кромки как минимум этой длины.

--collapse-negative-края
(Если задана длина ребер) принудительно установить возраст родительского узла не ниже его возраста.
старший ребенок при суммировании возраста узлов.

цель дерево аннотирование Опции:
--summarize-node-age, --ультраметрический, - возраст узлов
Предположим, что исходные деревья ультраметичны и суммируют возраст узлов (расстояния от
чаевые).

-l {support, keep, clear}, - метки {поддержать, сохранить, очистить}
Установите метки узлов итогового или целевого дерева (й): - 'support'

Для меток узлов будет установлено значение поддержки для
кладу, представленную узлом. Это ПО УМОЛЧАНИЮ.

- 'хранить'
Не изменяйте существующие метки узлов.

- 'Чисто'
Метки узлов будут удалены из целевых деревьев, если они присутствуют.

--suppress-аннотации, --нет-аннотации
НЕ аннотируйте узлы и ребра какими-либо метаданными итоговой информации, такими как
as.support значения, сводные статистические данные о длине ребра и / или возрасте узлов и т. д.

Поддержка Выражение Опции:
-p, - проценты
Укажите поддержку ветвей в процентах (в противном случае будет отображаться в виде пропорций по
дефолт).

-d #, - десятичные числа #
Количество десятичных знаков в указании поддерживаемых значений (по умолчанию: 8).

Результат Опции:
-o ПУТЬ ФАЙЛА, --output-tree-путь к файлу ПУТЬ ФАЙЛА, --выход ПУТЬ ФАЙЛА
Путь к выходному файлу (если не указан, будет выводиться стандартный вывод).

-F {nexus, newick, phylip, nexml}, - формат дерева вывода {nexus, newick, phylip, nexml}
Формат файла дерева вывода (если не указан, по умолчанию используется формат ввода, если это
был явно указан, иначе - "нексус").

-x ПРИСТАВКА, --extended-output ПРЕФИКС
Если указано, будет сгенерирована расширенная сводная информация, состоящая из
следующие файлы: - ' .topologies.trees '

Коллекция топологий, найденных в источниках
сообщается с соответствующими апостериорными вероятностями как аннотации метаданных.

- ' .bpartitions.trees '
Набор разделений, каждое из которых представлено в виде дерева, с соответствующими
информация как метаданныеаннотации.

- ' .bpartitions.tsv '
Таблица, в которой в качестве ключевого столбца указаны двудольные разбиения, а также информация
рассматривая каждое разбиение как оставшиеся столбцы.

- ' .edge-lengths.tsv '
Список двудольных делений и соответствующих длин ребер. Генерируется, только если длина кромки
резюмируются.

- ' .node-age.tsv '
Список двудольных и соответствующих возрастов. Генерируется только в том случае, если возраст узла
суммированы.

--no-taxa-block
При записи вывода формата NEXUS не включайте блок таксонов в вывод
treefile (иначе по умолчанию будет создан блок таксонов).

--no-анализ-метаинформация, --нет-мета-комментарии
Не включайте метаинформацию, описывающую параметры резюмирования и
детали исполнения.

-c ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ_КОММЕНТАРИИ, --дополнительные комментарии ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ_КОММЕНТАРИИ
Дополнительные комментарии для добавления в сводный файл.

-r, --заменять
Заменить / перезаписать выходной файл, не спрашивая, существует ли он уже.

Параллельные Обработка Опции:
-M, --maximum-multiprocessing - максимальная многопроцессорность
Работайте в параллельном режиме, используя как можно больше процессоров, вплоть до количества
источники.

-m ЧИСЛО ПРОЦЕССОВ, - многопроцессорность ЧИСЛО ПРОЦЕССОВ
Запускать в параллельном режиме максимум с ЧИСЛО процессами ('max' или '#'
означает запускать столько процессов, сколько ядер на локальной машине; т.е.
то же самое, что и указание '-M' или '--maximummultiprocessing').

Программа Запись Опции:
-g ЖУРНАЛ-ЧАСТОТА, --log-частота ЖУРНАЛ-ЧАСТОТА
Частота регистрации хода обработки дерева (по умолчанию: 500; 0 - подавление).

-q, --тихий
Подавить ВСЕ сообщения журнала, прогресса и обратной связи.

Программа Ошибка Опции:
--ignore-отсутствует-поддержка
Игнорируйте отсутствующие файлы дерева поддержки (обратите внимание, что должен существовать хотя бы один).

Программа Информация Опции:
-h, --Помогите
Показать справочную информацию по программе и выйти.

- цитата
Показать информацию о цитировании для программы и выйти.

--использование-примеры
Показать примеры использования программы и выйти.

--описывать
Покажите информацию об установленных вами DendroPy и Python и выйдите.

АВТОРЫ

Джит Сукумаран и Марк Т. Холдер

Используйте sumtrees онлайн с помощью сервисов onworks.net