tbl2asn - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

tbl2asn - подготовить представление GenBank с использованием таблицы функций ASCII

СИНТАКСИС

таблица2asn [-] [-A ул] [-C ул] [-D имя файла] [-E] [-F ул] [-G ул] [-H ул] [-J] [-K] [-L]
[-M ул] [-N n] [-O] [-P] [-Q ул] [-R] [-S] [-T] [-U] [-V ул] [-W] [-X ул]
[-Y имя файла] [-Z имя файла] [-a ул] [-b] [-c ул] [-f имя файла] [-g] [-h] [-i имя файла]
[-j ул] [-k ул] [-n ул] [-o имя файла] [-p ул] [-q] [-r ул] [-s] [-t имя файла] [-u]
[-v] [-w имя файла] [-x ул] [-y ул] [-z]

ОПИСАНИЕ

таблица2asn читает шаблон вместе с файлами последовательностей и таблиц и выводит ASN.1 для
представление в GenBank. Таким образом, отправителю не нужно читать каждый набор таблиц и
файлы последовательности в Sequin. Кроме того, файл шаблона может содержать организм и
информация об отправителе является общей для всех записей, что избавляет от необходимости вводить эти данные для
каждая пара последовательность / таблица.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Сводка опций приведена ниже.

- Распечатать сообщение об использовании

-a ул Вступление

-C ул Тег центра генома

-D имя файла
Файл дескрипторов

-E Рекурсивный

-F Ссылки идентификатора функции (o по перекрытию, p по продукту)

-G ул Флаги зазора выравнивания (поля, разделенные запятыми, например, п,-,-,-,?,. ) n Нуклеотид или p
Белок, начало, середина, символы конца пробела, отсутствующие символы, совпадение символов
Выравнивание символов среднего пробела

-H ул Держать до публикации:
y На один год
mm/dd/yyy
До указанной даты

-J Набор отложенных геномных продуктов

-K Безопасный набор Bioseq

-L Принудительно локальный идентификатор_протеина / идентификатор_транскрипта

-M ул Флаги главного генома:
n Нормальный
b Большая последовательность
p Вариант мощности
т TSA

-N n Номер версии проекта

-O Разрешить продолжающиеся ORF

-P Поиск удаленной публикации

-Q политика названия мРНК
s Специальные названия мРНК
r Названия мРНК RefSeq

-R Получение удаленной записи последовательности с идентификатора

-S Интеллектуальная аннотация функции

-T Поиск удаленной таксономии

-U Удалить ненужный ген xref

-V ул Подтверждение (объедините любые из следующих букв)
v Подтвердить с нормальной строгостью
r Подтвердить без проверки страны
c Проверка штрих-кода
b Создать плоский файл GenBank
g Создать отчет о генерации
t Подтвердить с помощью проверки TSA

-W Журнал прогресса

-X ул Дополнительные флаги (объедините любые из следующих букв)
Автоматическая генерация линии определения
C Применить комментарии в .смт файлы ко всем последовательностям
E Относитесь как к Eukarypota в отчете о несоответствиях

-Y имя файла
Прочитать строку комментария из имя файла

-Z имя файла
Напишите отчет о несоответствии имя файла

-a ул Тип файла:
a Любой (по умолчанию)
r20u Последовательности 20+ нс - это промежутки, 100 нс - длина неизвестна.
r20k Последовательности 20+ Нс - это промежутки, 100 Нс - известная длина.
r10u Последовательности 10+ нс - это промежутки, 100 нс - длина неизвестна.
r10k Последовательности 10+ Нс - это промежутки, 100 Нс - известная длина.
s Набор ФАСТА (s Партия, s1 Поп, s2 Фи, s3 Мут, s4 Эко, s9 Малый геном)
г ФАСТА Дельта
di FASTA Дельта с неявными пробелами
l FASTA + выравнивание зазора (l Партия, l1 Поп, l2 Фи, l3 Мут, l4 Эко, l9 Маленький-
геном)
z FASTA с линиями разрыва
e PHRAP / ACE -
b ASN.1 (совместно с M
)
-b Сгенерировать файл GenBank (устарело в пользу -V b)

-c ул Очистка (объедините любые из следующих букв)
d Правильные даты сбора (предположим, что сначала месяц)
D Правильные даты получения (предположим, что сначала день)
b Добавьте примечание к областям кодирования, которые перекрывают другие области кодирования с аналогичными
названия продуктов и не содержат буквы "ABC"
x Удлините частичные концы признаков на один или два нуклеотида, чтобы примыкать к промежуткам или
последовательность заканчивается
s Добавить исключение для коротких интронов
f Исправьте названия продуктов

-f имя файла
Единый файл таблицы

-g Входные данные - набор геномных продуктов.

-h Преобразование общего идентификатора в заметку

-i имя файла
Единый входной файл

-j ул Квалификаторы источника

-k ул Флаги CDS (объедините любые из следующих букв)
c Аннотировать самую длинную ORF
r Разрешить ORF для Runon
m Разрешить альтернативный старт
k Установить конфликт при несоответствии

-n ул Название организма

-o имя файла
Один выходной файл

-p ул Путь к файлам

-q Установить идентификатор последовательности из имени входного файла

-r ул Путь к результатам

-s Прочтите FASTA как набор

-t имя файла
Читать шаблон из имя файла

-u Преобразовать GenProdSet в NucProtSet

-v Проверить (устарело в пользу -V v)

-w имя файла
Единый структурированный файл комментария

-x ул Суффикс (по умолчанию = .fsa)

-y ул

-z Очистить файл журнала Комментарий

Используйте tbl2asn онлайн с помощью сервисов onworks.net