Это команда TrimmomaticPE, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
TrimmomaticPE - гибкий инструмент обрезки чтения для данных Illumina NGS
СИНТАКСИС
Парный конечный режим:
ТриммоматикПЭ [-потоки темы] [-phred33 | -phred64] [-тримлог лог-файл] в паре выходной
1 непарный выходной 1 в паре выходной 2 непарный выходной 2 шаг 1 ...
Односторонний режим:
ТриммоматикSE [-потоки темы] [-phred33 | -phred64] [-тримлог лог-файл] выходной шаг 1
...
ОПИСАНИЕ
Trimmomatic выполняет множество полезных задач по обрезке парных и одиночных светильников Illumina.
законченные данные. Выбор шагов обрезки и связанных с ними параметров предоставляется на
командная строка.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-фред
Если показатель качества не указан, по умолчанию используется phred-64.
-тримлог
При указании файла журнала обрезки создается журнал всех обрезков чтения с указанием
следующие детали:
· Прочитанное имя
· Длина сохранившейся последовательности
· Расположение первой уцелевшей базы, ака. сумма, обрезанная с самого начала
· Расположение последней уцелевшей базы в оригинальном чтении
· Сумма, обрезанная с конца
При необходимости можно указать несколько шагов с помощью дополнительных аргументов в конце.
Для большинства шагов требуется одна или несколько настроек, разделенных символом «:» (двоеточие).
Варианты шагов:
ПОДСВЕТКА: : : :
fastaWithAdaptersEtc: указывает путь к файлу fasta, содержащему все адаптеры, последовательности PCR и т. д.
Именование различных последовательностей в этом файле определяет, как они используются. См. ниже.
seedMismatches: указывает максимальное количество несовпадений, которое по-прежнему позволяет выполнить полное сопоставление
palindromeClipThreshold: указывает, насколько точным должно быть соответствие между двумя считываниями «лигированного адаптера» для выравнивания считывания PE-палиндрома.
simpleClipThreshold: указывает, насколько точным должно быть соответствие между любой последовательностью адаптера и т. д. при чтении.
.
Адаптеры устанавливаются в системе Debian в / usr / share / trimmomatic /.
РАЗДВИЖНОЕ ОКНО: :
windowSize: указывает количество оснований для усреднения по
requiredQuality: указывает среднее требуемое качество.
ВЕДУЩИЙ:
качество: указывает минимальное качество, необходимое для хранения базы.
ТРЕЙЛИНГ:
качество: указывает минимальное качество, необходимое для хранения базы.
ОБРЕЗАТЬ:
length: количество баз, которые нужно сохранить, с начала чтения.
ГОЛОВНОЙ УБОР:
длина: количество оснований, которые нужно удалить с начала чтения.
MINLENGTH:
length: указывает минимальную длину сохраняемых чтений.
Порядок обрезки
Обрезка выполняется в том порядке, в котором шаги указаны в командной строке. это
в большинстве случаев рекомендуется, чтобы клипсация адаптера, если требуется, производилась уже
возможное.
ПРИМЕРЫ
Парный конец:
ТриммоматикПЭ s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gz lane1_forward_paired.fq.gz
Lane1_forward_unpaired.fq.gz Lane1_reverse_paired.fq.gz Lane1_reverse_unpaired.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
РАЗДВИЖНОЕ ОКНО: 4:15 МИНЛЕН: 36
Это выполнит следующее:
Удалить адаптеры
Удалите ведущие низкокачественные или N баз (ниже качества 3)
Удалите завершающие низкокачественные или N баз (качество ниже 3)
Сканируйте показания с помощью скользящего окна шириной 4 основания, обрезая, когда среднее качество на основание падает ниже 15
Падение читает ниже 36 базовых длин
Эквивалент для одностороннего чтения:
ТриммоматикSE s_1_1_sequence.txt.gz Lane1_forward.fq.gz
ILLUMINACLIP:/usr/share/trimmomatic/illuminaClipping.fa:2:40:15 LEADING:3 TRAILING:3
РАЗДВИЖНОЕ ОКНО: 4:15 МИНЛЕН: 36
Используйте TrimmomaticPE онлайн с помощью сервисов onworks.net
