Это команда vcf-compare, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
vcf-compare - сравнить файлы VCF с индексированием bgzip и tabix
СИНТАКСИС
сравнить-vcf [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] файл1.vcf файл2.vcf ...
ОПИСАНИЕ
О программе: Сравните файлы VCF с индексированием bgzip и tabix. (Например, bgzip file.vcf; tabix -p VCF
файл.vcf.gz)
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-c, --хромосомы
Такой же как -r, оставлено для обратной совместимости. Пожалуйста, не используйте, как будет
упал в будущем.
-d, --отлаживать
Отладочная информация. Предоставление опции несколько раз увеличивает многословие
-H, --cmp-гаплотипы
Сравните гаплотипы, а не только позиции
-m, --имя-отображение
Использовать с -H при сравнении файлов с разными именами столбцов. Аргумент этому
options - это список, разделенный запятыми, или одно отображение на строку в файле. Имена
разделены двоеточием и должны располагаться в том же порядке, что и файлы в командной строке.
-R, --refseq
Сравните фактическую последовательность, а не только позиции. Использовать с -w сравнить индели.
-r, - регионы
Обработка заданных регионов (список, разделенный запятыми, или по одному региону на строку в файле).
-s, - образцы
Обрабатывайте только перечисленные образцы. Исключение нежелательных образцов может увеличить
производительность значительно.
-w, --победить
В повторяющихся последовательностях один и тот же indel может вызываться в разных позициях.
Считайте записи так далеко друг от друга совпадающими (будь то SNP или indel).
-h, - ?, --Помогите
Это справочное сообщение.
Используйте vcf-compare онлайн с помощью сервисов onworks.net
