Это команда vcf-subset, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
vcf-subset - создать подмножество файла VCF
СИНТАКСИС
vcf-подмножество [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ] in.vcf.gz > out.vcf
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-c, --колонны
Файл или список столбцов, разделенных запятыми, для сохранения в файле vcf. Если файл, один
столбец в строке
-e, --exclude-ref
Исключить строки, не содержащие вариантов.
-p, --частный
Печатайте только те строки, в которых только столбцы подмножества содержат альтернативный аллель.
-r, --заменить-с-ссылкой
Замените исключенные типы ссылочным аллелем вместо точки.
-t, --тип
Список типов вариантов, разделенных запятыми, для включения в них: SNP, отступы.
-u, - не вызывается
Не исключайте строки без вызовов.
-h, - ?, --Помогите
Это справочное сообщение.
ПРИМЕРЫ
кот in.vcf | vcf-подмножество -r -t инсерций -e -c SAMPLE1> out.vcf
Использование vcf-subset в Интернете с помощью сервисов onworks.net
