Это команда vina, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
vina - стыковка малых молекул с белками
ОПИСАНИЕ
Входной сигнал:
рецептор аргумент
жесткая часть рецептора (PDBQT)
--флекс аргумент
гибкие боковые цепи, если есть (PDBQT)
--лиганд аргумент
лиганд (PDBQT)
Поиск космосе (требуется):
--center_x аргумент
Координата X центра
--center_y аргумент
Координата Y центра
--center_z аргумент
Координата Z центра
--size_x аргумент
размер по оси X (Ангстрем)
--size_y аргумент
размер по оси Y (Ангстрем)
--size_z аргумент
размер по оси Z (Ангстрем)
Результат (необязательный):
--из аргумент
выходные модели (PDBQT), по умолчанию выбирается на основе имени файла лиганда
--бревно аргумент
опционально, записать файл журнала
Разное (необязательный):
--Процессор аргумент
количество используемых ЦП (по умолчанию нужно попытаться определить количество ЦП или,
в противном случае используйте 1)
--семя аргумент
явное случайное начальное число
- исчерпывающий arg (= 8) полнота глобального поиска (примерно
пропорционально времени): 1+
--num_modes arg (= 9)
максимальное количество режимов привязки для генерации
- диапазон_энергии arg (= 3)
отображается максимальная разница в энергии между лучшим режимом связывания и худшим
(Ккал / моль)
Конфигурация файл (необязательный):
--config аргумент
вышеупомянутые варианты могут быть помещены здесь
Информация (необязательный):
--Помогите отображать сводку использования
--help_advanced
отображать сводку использования с расширенными параметрами
--версия
отображать версию программы
Используйте vina онлайн с помощью сервисов onworks.net
