xcrysden - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

xcrysden - визуализатор кристаллической и молекулярной структуры

СИНТАКСИС

xcrysden [специальные опции]
xcrysden [специальные опции] параметры формата файл|каталог

ОПИСАНИЕ

XCrySDen это программа визуализации кристаллической и молекулярной структуры, которая направлена ​​на
отображение изоповерхностей и контуров, которые могут быть наложены на кристаллические структуры
и интерактивно вращаются и управляются.

SPECIAL ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

-h
--Помогите
Показать справочное сообщение.

-v
--версия
Отображение информации о версии программы.

-u id
--использовать id
Загрузите XCrySDen, встроенный в окно контейнера, с идентификатором окна =id.

-r Солнце
--reducedim Солнце
Уменьшите периодический размер файла XSF до Солнце. Необходимо указать перед --xsf вариант,
например, xcrysden -r 2 --xsf файл.

-c файл
--обычай файл
Загрузить пользовательские определения из указанного файла (синтаксис такой же, как у
~ / .xcrysden / пользовательские определения).

-a файл
- атрибуты файл
Загрузить атрибуты из файла. Формат файла атрибутов следующий:

ЭЛЕМЕНТЦВЕТ
атомный номер1 red1 blue1 green1
атомный номер2 red2 blue2 green2
...
ЭЛЕМЕНТРАДИУС
атомный номер1 radius1
атомный номер2 radius2
...

-l файл
- огни файл
Загрузите параметры освещения из файла в формате XCrySDen.

ФОРМАТ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

--xsf файл
Загрузить структуру из файла в формате XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf файл
--axsf файл
Загрузить структуры из файла в формате Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf файл
Загрузите полосы из файла BXSF (Band-XSF) и визуализируйте поверхность Ферми.

--xmol файл
--xyz файл
Загрузить структуру из файла в формате XYZ.

--pdb файл
Загрузить структуру из файла в формате PDB.

--gzmat файл
Структура загрузки из гауссовой Z-матрицы (требуется программа Open-Babel).

--gaussian_out файл
--gxx_out файл
--g98_out файл
Загрузить структуру из выходного файла по Гауссу. Только одноточечный расчет и
Прогон оптимизации пока поддерживается. Для прогона оптимизации можно
рендеринг всех структур, созданных во время прогона.

--куб файл
--gXX_cube файл
--g98_cube файл
Загрузить структуру из файла куба Гаусса. Файл куба должен быть создан с
Куб = Вариант карт. Поддерживаются только файлы скалярных кубов, то есть Cube = (Cards, Density)
или Куб = (Карты, Орбитали) или Куб = (Карты, Потенциал). Обратитесь к руководству GAUSSIAN для
значение этого ключевого слова.

--crystal_inp файл
Структура нагрузки от CRYSTAL (http://http: //www.crystal.unito.it/) входной файл.

--crystal_f9 файл
Структура нагрузки от CRYSTAL (http://http: //www.crystal.unito.it/) фортран блок 9.

--wien_struct головка файла|файл|каталог
Структура нагрузки из WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file, где:

головка файла = имя файла структуры без .структура расширение,
файл = имя файла,
каталог = имя каталога дел.

--wien_kpath каталог|структурный файл
Читать структура файл и визуализируйте первую зону Бриллюэна со специальными k-точками. K-путь может быть
выбираются в интерактивном режиме щелчком мыши по специальным k-точкам. Пользователь должен указать ЭМИН
и EMAX энергии и общее количество k-точек на пути. Этот номер просто
оценка общего количества k-точек, поскольку XCrySDen пытается получить очень однородный
выборка k-точек вдоль пути (не указывайте максимально допустимое количество k-
баллов, поскольку XCrySDen может принести на несколько баллов больше).

--wien_renderde density каталог
Читать структура, выходнойи ро файлы и визуализирует кристаллическую структуру и предварительно вычисленные
плотность заряда.

--wien_de density справочник
Либо 2D, либо 3D область для расчета плотности заряда интерактивно выбирается
щелчок мышью. XCrySDen генерирует in5 файл (ы), вычисляет и отображает плотность заряда
в виде изолиний / цветовых плоскостей (2D) или изоповерхностей (3D).

--wien_fermisurface каталог
Всплывающее окно задачи для создания поверхности Ферми. После нескольких шагов Ферми
поверхность (надеюсь) нарисована как трехмерная изоповерхность.

--fhi_inpini файл
Структура нагрузки от FHI98MD inp.ini форматированный файл.

--fhi_coord файл
Структура нагрузки от FHI98MD координационный выход форматированный файл.

--pwi
--pw_inp файл
Структура нагрузки от pw.x вход . pw.x псевдопотенциальная программа плоских волн
распределение Квантум-ЭСПРЕССО (http://www.quantum-espresso.org/).

- два
--pw_out файл
Структура нагрузки от pw.x выходной . pw.x псевдопотенциальная программа плоских волн
распределение Квантум-ЭСПРЕССО (http://www.quantum-espresso.org/).

-s скрипт
--скрипт скрипт
Загрузить сценарий из файла, содержащего сценарий Tcl.

Используйте xcrysden в Интернете с помощью сервисов onworks.net