Это команда xplor2gmx, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
xplor2gmx - Преобразование ограничений расстояния XPLOR в формат Gromacs
СИНТАКСИС
xplor2gmx (остаток компенсировать) input.pdb
ОПИСАНИЕ
xplor2gmx читает входной файл XPLOR с данными ограничения расстояния, что иногда встречается в
база данных pdb (http://www.pdb.org). Из этого входного файла должны быть установлены двугранные ограничения.
удалены, так что остаются только ограничения расстояния. Скрипт может обрабатывать неоднозначные
ограничения. Он преобразует ограничения расстояния в формат GROMACS.
Файл ограничений (.dat) должен быть предоставлен на STDIN, а подходящий выходной файл (.itp) -
отправлено в STDOUT.
ПРИМЕРЫ
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb <restraints.dat> disre.itp
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
xplor2gmx требует двух параметров командной строки: во-первых, смещение остатка (целое число); второй,
имя файла .pdb. Файл pdb должен иметь правильные номера атомов.
Используйте xplor2gmx онлайн с помощью сервисов onworks.net
