zalign - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

zalign - параллельное локальное выравнивание биологических последовательностей

СИНТАКСИС

Zalign [-s оценки] [-S split] [-H hblk] [-V vblk] файл1 файл2

ОПИСАНИЕ

zAlign - это локальный выравниватель последовательностей, специально предназначенный для использования с большой биологической ДНК.
последовательности с более чем 1Mbp (миллионы пар оснований). Он использует точное определение Смита-Уотермана.
алгоритм с функцией стоимости аффинного разрыва для выполнения этой задачи.

Общие опции:
-h показать эту справку и выйти

-s
укажите разделенный запятыми список оценок, которые будут использоваться при вычислении алигмента
матрицы по всей программе. Список должен быть в формате
"-sMATCH, MISMATCH, GAP_OPEN, GAP_EXTENSION" (без кавычек), и анализируется в этом
ТОЧНЫЙ заказ; между значениями не допускаются пробелы. Если есть какие-либо неуказанные
параметры, для них установлены значения по умолчанию, и выдается предупреждающее сообщение;
превышающие параметры отбрасываются

Этап 2 опции:
-S
(только mpialign) количество частей, на которые нужно разделить матрицу выравнивания; после этого
На шаге применяется циклическая блочная модель, поровну разделяющая каждую часть между всеми
доступные узлы

-H
(только mpialign) количество горизонтальных подразделений, сделанных каждым узлом для своего
подматрица выравнивания; поскольку это значение определяет ширину блока, хороший выбор должен
позволяют две строки полной матрицы соответствовать страницам кеш-памяти процессора, улучшая алгоритм
производительность

-V
(только mpialign) количество вертикальных подразделений, сделанных каждым узлом до его выравнивания
подматрица; это значение напрямую влияет на количество межузловой связи и является
используется ТОЛЬКО, если 'split' установлен на 1, в противном случае он устанавливается на количество доступных
узлы

Используйте zalign онлайн с помощью сервисов onworks.net