Это приложение для Linux под названием Alphafold, последний выпуск которого можно загрузить как Alphafoldv2.3.2.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием Alphafold бесплатно с OnWorks.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
Альфафолд
ОПИСАНИЕ
Этот пакет обеспечивает реализацию конвейера вывода AlphaFold v2.0. Это совершенно новая модель, которая была введена в CASP14 и опубликована в Nature. Для простоты в остальной части документа мы будем называть эту модель AlphaFold. Любая публикация, раскрывающая результаты использования этого исходного кода или параметров модели, должна цитировать статью AlphaFold. См. Также дополнительную информацию для подробного описания метода. Вы можете использовать немного упрощенную версию AlphaFold с этой записной книжкой Colab или версии, поддерживаемые сообществом. Общий размер загружаемых полных баз данных составляет около 415 ГБ, а общий размер в распакованном виде составляет 2.2 ТБ. Убедитесь, что у вас достаточно места на жестком диске, пропускной способности и времени для загрузки. Мы рекомендуем использовать SSD для повышения производительности генетического поиска.
Особенности
- AlphaFold требуется несколько генетических баз данных (последовательностей) для работы
- Хотя код AlphaFold находится под лицензией Apache 2.0 License, параметры AlphaFold доступны для некоммерческого использования.
- 5 моделей, которые использовались во время CASP14 и были тщательно проверены на качество прогнозирования структуры
- 5 моделей pTM, которые были настроены для производства pTM
- Самый простой способ запустить AlphaFold - использовать предоставленный скрипт Docker.
- По умолчанию Alphafold пытается использовать все видимые устройства GPU.
Язык программирования
Питон
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
