Это приложение для Linux под названием BarraCUDA Fast Short Read Aligner, последний выпуск которого можно загрузить как barracuda_0.7.107h.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием BarraCUDA Fast Short Read Aligner с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
BarraCUDA Fast Short Read Aligner
ОПИСАНИЕ
Barracuda - это высокоскоростной выравниватель последовательностей, основанный на BWA Сэнгера и использующий новейшую архитектуру Nvidia CUDA для ускорения выравнивания считываний последовательностей, генерируемых секвенсорами следующего поколения.
Особенности
- Исправлены проблемы с компиляцией ПО в Ubuntu 16.04.
- Доработано: ограничение на 8 ядер SAMPE теперь снято
- Программное обеспечение для отображения последовательности чтения FM-индекса с использованием ускорения NVIDIA CUDA
- Вывод в формате SAM для последующего анализа
- Требуется видеокарта NVIDIA с вычислительной мощностью 3.5 или выше и не менее 1 ГБ видеопамяти.
- Требуется NVIDIA CUDA SDK toolkit 6.x или выше и драйвер NVIDIA 340 или выше.
- BarraCUDA опубликовано в BMC Research Notes 2012, 5:27, DOI: 10.1186 / 1756-0500-5-27
- URL-адрес бумаги: http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- Этот проект поддерживается центром передового опыта CUDA при Кембриджском университете.
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
C ++, C
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
